<div dir="ltr"><div>Hi David,</div><div><br></div><div>Got it. Thank you.</div><div><br></div><div>Regards,</div><div>Qi<br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Wed, May 29, 2019 at 7:03 AM David Gault (Staff) <<a href="mailto:d.gault@dundee.ac.uk">d.gault@dundee.ac.uk</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">



<div style="overflow-wrap: break-word;">
Hi Qi,
<div><br>
</div>
<div>Im afraid the 3D Histech Mirax (.mrxs) format is not yet supported in Bio-Formats, further details as to why can be found in a previous blog post: <a href="http://blog.openmicroscopy.org/file-formats/community/2016/01/06/format-support/" target="_blank">http://blog.openmicroscopy.org/file-formats/community/2016/01/06/format-support/</a> </div>
<div><br>
</div>
<div>The lowest resolution you are seeing is due to one of the other readers being able to partially parse the .dat file (<a href="https://trello.com/c/emkRPSaE/328-3d-histech-enforce-detection" target="_blank">https://trello.com/c/emkRPSaE/328-3d-histech-enforce-detection</a>).</div>
<div>Support for this format has been requested before and I have noted your issue on the Trello card on our New File Formats board (<a href="https://trello.com/c/0MRuSFky/37-3d-histech-mirax-mrxs" target="_blank">https://trello.com/c/0MRuSFky/37-3d-histech-mirax-mrxs</a>).</div>
<div><br>
</div>
<div>With Thanks,</div>
<div>David Gault</div>
<div><br>
<div>
<blockquote type="cite">
<div>On 28 May 2019, at 19:13, Qi Gong <<a href="mailto:qigong@gwmail.gwu.edu" target="_blank">qigong@gwmail.gwu.edu</a>> wrote:</div>
<br class="gmail-m_2735813224838575775Apple-interchange-newline">
<div>
<div dir="ltr">Hi everyone,
<div><br>
</div>
<div><span style="font-size:12.8px">We use Bioformats to load WSI into matlab.</span></div>
<div><br>
</div>
<div>Our collaborator sent us some WSI. Each WSI was saved in two parts</div>
<div>
<blockquote style="margin:0px 0px 0px 40px;border:medium none;padding:0px">
<ol>
<li>One mrxs file about 20kb</li><li>One folder with same name as mrxs file. It contains</li><ol>
<li>One vmsm file</li><li>several .dat files</li><li>One .ini file</li></ol>
</ol>
</blockquote>
I can use WSI viewers (Qupath, Sedeen) to open the mrxs file and view (zoom in) the WSI.</div>
<div><br>
</div>
<div>However, when I use bio-format to load the mrxs file, bio-format only find one layer of WSI with lowest resolution (548 x 1244). </div>
<div><br>
</div>
<div>Does anyone have experience about loading mrxs image? How can I get high magnification image? Thank you.</div>
<div><br>
</div>
<div>Regards,</div>
<div>Qi </div>
<div>
<div><br>
</div>
-- <br>
<div dir="ltr" class="gmail-m_2735813224838575775gmail_signature">mobile phone: 2024060862</div>
</div>
</div>
_______________________________________________<br>
ome-users mailing list<br>
<a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk" target="_blank">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a><br>
<a href="https://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users" target="_blank">https://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users</a><br>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
<br>
<span style="font-size:10pt">The University of Dundee is a registered Scottish Charity, No: SC015096</span>
</div>

_______________________________________________<br>
ome-users mailing list<br>
<a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk" target="_blank">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a><br>
<a href="https://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users" rel="noreferrer" target="_blank">https://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users</a><br>
</blockquote></div><br clear="all"><br>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature">mobile phone: 2024060862</div>