<html>

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=us-ascii">

</head>

<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">

Hi Qi,

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">Im afraid the 3D Histech Mirax (.mrxs) format is not yet supported in Bio-Formats, further details as to why can be found in a previous blog post: <a href="http://blog.openmicroscopy.org/file-formats/community/2016/01/06/format-support/" class="">http://blog.openmicroscopy.org/file-formats/community/2016/01/06/format-support/</a> </div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">The lowest resolution you are seeing is due to one of the other readers being able to partially parse the .dat file (<a href="https://trello.com/c/emkRPSaE/328-3d-histech-enforce-detection" class="">https://trello.com/c/emkRPSaE/328-3d-histech-enforce-detection</a>).</div>

<div class="">Support for this format has been requested before and I have noted your issue on the Trello card on our New File Formats board (<a href="https://trello.com/c/0MRuSFky/37-3d-histech-mirax-mrxs" class="">https://trello.com/c/0MRuSFky/37-3d-histech-mirax-mrxs</a>).</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">With Thanks,</div>

<div class="">David Gault</div>

<div class=""><br class="">

<div>

<blockquote type="cite" class="">

<div class="">On 28 May 2019, at 19:13, Qi Gong <<a href="mailto:qigong@gwmail.gwu.edu" class="">qigong@gwmail.gwu.edu</a>> wrote:</div>

<br class="Apple-interchange-newline">

<div class="">

<div dir="ltr" class="">Hi everyone,

<div class=""><br class="">

</div>

<div class=""><span style="font-size:12.8px" class="">We use Bioformats to load WSI into matlab.</span></div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">Our collaborator sent us some WSI. Each WSI was saved in two parts</div>

<div class="">

<blockquote style="margin:0 0 0 40px;border:none;padding:0px" class="">

<ol class="">

<li class="">One mrxs file about 20kb</li><li class="">One folder with same name as mrxs file. It contains</li><ol class="">

<li class="">One vmsm file</li><li class="">several .dat files</li><li class="">One .ini file</li></ol>

</ol>

</blockquote>

I can use WSI viewers (Qupath, Sedeen) to open the mrxs file and view (zoom in) the WSI.</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">However, when I use bio-format to load the mrxs file, bio-format only find one layer of WSI with lowest resolution (548 x 1244). </div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">Does anyone have experience about loading mrxs image? How can I get high magnification image? Thank you.</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">Regards,</div>

<div class="">Qi </div>

<div class="">

<div class=""><br class="">

</div>

-- <br class="">

<div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature">mobile phone: 2024060862</div>

</div>

</div>

_______________________________________________<br class="">

ome-users mailing list<br class="">

<a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk" class="">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a><br class="">

https://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users<br class="">

</div>

</blockquote>

</div>

<br class="">

</div>

<br>

<span style="font-size:10pt;">The University of Dundee is a registered Scottish Charity, No: SC015096</span>

</body>

</html>