<div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr">Hello,<div><br></div><div>Andor Technology maintains a software package Fusion that is used to control their Dragonfly microscopy unit. Fusion outputs acquired images in an Imaris-compatible .ims format, but as noted elsewhere (<a href="https://forum.image.sc/t/andor-dragonfly-ims-files-with-z-stack-failing-to-open-with-bioformats-5-9-2/21768">https://forum.image.sc/t/andor-dragonfly-ims-files-with-z-stack-failing-to-open-with-bioformats-5-9-2/21768</a>) this format is not identical to Imaris's format. As such this can cause issues when using third party plugins (such as BigStitcher) in FIJI to process Fusion IMS files. </div><div><br></div><div>I have updated an example file at <a href="https://www.openmicroscopy.org/qa2/qa/feedback/27456/?token=8a29b3c3c9c5596f1402ef4693e45252">https://www.openmicroscopy.org/qa2/qa/feedback/27456/?token=8a29b3c3c9c5596f1402ef4693e45252</a>. This is properly loaded by Fiji (although the console reports '[ERROR] bad version 72 at filePos 94692298'). However, when attempting to load individual frames (as with BigStitcher's method of loading multiple timepoints from the same file), those file loads with the follow error and stack trace:</div><div><br></div><div><div>java.lang.IndexOutOfBoundsException: Index: 0, Size: 0</div><div><span style="white-space:pre">  </span>at java.util.ArrayList.rangeCheck(ArrayList.java:653)</div><div><span style="white-space:pre"> </span>at java.util.ArrayList.get(ArrayList.java:429)</div><div><span style="white-space:pre">        </span>at ome.xml.model.Pixels.getPlane(Pixels.java:738)</div><div><span style="white-space:pre">     </span>at ome.xml.meta.OMEXMLMetadataImpl.getPlanePositionX(OMEXMLMetadataImpl.java:3773)</div><div><span style="white-space:pre">    </span>at net.preibisch.mvrecon.fiji.spimdata.imgloaders.LegacyStackImgLoaderLOCI.loadTileLocation(LegacyStackImgLoaderLOCI.java:527)</div><div><span style="white-space:pre">        </span>at net.preibisch.mvrecon.fiji.datasetmanager.StackListLOCI.loadTileLocationFromMetaData(StackListLOCI.java:95)</div><div><span style="white-space:pre">        </span>at net.preibisch.mvrecon.fiji.datasetmanager.StackList.loadAllTileLocations(StackList.java:188)</div><div><span style="white-space:pre">       </span>at net.preibisch.mvrecon.fiji.datasetmanager.StackList.createDataset(StackList.java:308)</div><div><span style="white-space:pre">      </span>at net.preibisch.mvrecon.fiji.plugin.Define_Multi_View_Dataset.defineDataset(Define_Multi_View_Dataset.java:134)</div><div><span style="white-space:pre">      </span>at net.preibisch.mvrecon.fiji.plugin.Define_Multi_View_Dataset.run(Define_Multi_View_Dataset.java:78)</div><div><span style="white-space:pre"> </span>at ij.IJ.runUserPlugIn(IJ.java:229)</div><div><span style="white-space:pre">   </span>at ij.IJ.runPlugIn(IJ.java:193)</div><div><span style="white-space:pre">       </span>at ij.Executer.runCommand(Executer.java:137)</div><div><span style="white-space:pre">  </span>at ij.Executer.run(Executer.java:66)</div><div><span style="white-space:pre">  </span>at java.lang.Thread.run(Thread.java:745)</div></div><div><br></div><div>It'd be awesome if these could be natively supported in Bio-Formats!</div><div><br></div><div>Let me know if you need anything else from me! I have also cc'ed Andor's support alias , in case they might be able to provide more info about how these files differ from Imaris's implementation.</div><div><br></div><div>Cheers,</div><div><br></div><div><div>Zara Weinberg, Ph.D</div><div>Postdoctoral Scholar</div><div>Puthenveedu Lab</div><div>University of Michigan</div></div></div></div></div></div></div></div>