<html>

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">

</head>

<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">

There’s a small issue with calling the bio-formats importer from a FIJI macro. It will not open a file if there is a space anywhere in the file path. For example:

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">run(“Bio-Formats”, “open=/path/to my/file”);</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">will raise the following error:</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">The specified file (/path/to) does not exist.</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">I tried replacing the spaces with “\ “ or putting the filepath in double quotes, but I get the same error.</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">This is on a freshly updated FIJI and bio-formats on OSX. There is no problem opening the file using the Bio-Formats importer from the dropdown plugins menu, only running it from a macro script.</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">Thanks!</div>

<div class="">andy <br class="">

<div class="">

<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">

<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">

<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">

<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">

<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">

<div class="">____________________<br class="">

Andrew G. CLARK, PhD<br class="">

Postdoctoral Fellow<br class="">

VIGNJEVIC Group</div>

<div class=""><br class="">

+33 (0) 156 24 67 70<br class="">

<a href="mailto:andrew.clark@curie.fr" class="">andrew.clark@curie.fr</a></div>

<div class=""><a href="http://www.andrewgclark.info" class="">www.andrewgclark.info</a></div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">Institut Curie / UMR 144<br class="">

12, Rue Lhomond<br class="">

75005 Paris<br class="">

FRANCE</div>

</div>

</div>

</div>

</div>

</div>

</div>

<br class="">

</div>

</body>

</html>