<html>

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">

</head>

<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">

<div dir="auto" style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">

Hi Konrad,

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">Thanks for getting back to us. The fix for this issue is targetted for our next major version of</div>

<div class="">Bio-Formats 6 which has been the primary object of our efforts over the past months. We are</div>

<div class="">expecting to have Bio-Formats 6.0.0 released in the upcoming weeks including the Hamamatsu</div>

<div class="">NDPI fix.</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">The first version of OMERO including Bio-Formats 6 will also contain this fix. At this stage, this</div>

<div class="">Is likely going to be OMERO 5.5 due later in the first half of 2019.</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">Thanks for sending another sample file. We will add it to our curated QA repository to complete</div>

<div class="">the testing. Can this representative file also be made public under CC-BY license [1] ?</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">Best,</div>

<div class="">Sebastien</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">

<div>[1] <a href="https://downloads.openmicroscopy.org/images/Hamamatsu-NDPI/" class="">

https://downloads.openmicroscopy.org/images/Hamamatsu-NDPI/</a></div>

<div><br class="">

</div>

<div><br class="">

<blockquote type="cite" class="">

<div class="">On 8 Feb 2019, at 12:26, Kölble, Konrad <<a href="mailto:Konrad.Koelble@uk-erlangen.de" class="">Konrad.Koelble@uk-erlangen.de</a>> wrote:</div>

<br class="Apple-interchange-newline">

<div class="">

<div class="">Hi,<br class="">

since last October's HAMAMATSU NDP.scan 3.2 "update" (see below) between 10-30% of our brightfield *.ndpi uploads using

<br class="">

OMERO.insight-5.4.1-ice36-b75-win, Build: November 22, 2017 08:40 PM<br class="">

fail to render in OMERO.web 5.4.6-ice36-b87. <br class="">

This may be due to a NullPointerException on line 176, with the `markers` variable being null.<br class="">

<br class="">

You'll find a 2.6GB<br class="">

06-T05322_1A_HEc.ndpi<br class="">

as an example of such a fail2show under <br class="">

<a href="https://volafile.org/r/pmbwqedm" class="">https://volafile.org/r/pmbwqedm</a><br class="">

<br class="">

According to<br class="">

https://github.com/openmicroscopy/bioformats/pull/3248<br class="">

sbesson added this to the 6.0.0<br class="">

(/openmicroscopy/bioformats/milestone/64)<br class="">

milestone on 1 Nov 2018 (#event-1940568024)<br class="">

<br class="">

Any progress and/or has this issue been solved in 5.4.10?<br class="">

<br class="">

Cheers<br class="">

Konrad<br class="">

________________________________________<br class="">

Von: Kölble, Konrad<br class="">

Gesendet: Dienstag, 16. Oktober 2018 13:53<br class="">

An: OME User Support List<br class="">

Betreff: Insight uploaded BF *.ndpi fails to render in<br class="">

<br class="">

Hi,<br class="">

recently about 10% of our brightfield *.ndpi uploads using OMERO.insight-5.4.1-ice36-b75-win<br class="">

fail to render in OMERO.web 5.4.6-ice36-b87. You'll find a 2.6GB<br class="">

06-T05322_1A_HEc.ndpi<br class="">

as an example of such a fail2show under https://volafile.org/r/pmbwqedm<br class="">

<br class="">

Cheers<br class="">

Konrad<br class="">

</div>

</div>

</blockquote>

</div>

<br class="">

</div>

</div>

<br>

<span style="font-size:10pt;">The University of Dundee is a registered Scottish Charity, No: SC015096</span>

</body>

</html>