<div dir="ltr">Hello David,<div><br></div><div>You are welcome. I already committed some fixes because I found out that it was not working for files > 2 GB, it should work now.</div><div><br clear="all"><div><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><span style="font-size:12.8px">Best regards,</span><br></div><div dir="ltr"><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">Johan Herz, Sales Engineer </span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px"><br></span></div><div dir="ltr">Please visit <a href="Http://FLIM.camera" target="_blank">FLIM.camera</a> for more information about the Toggel.</div><div dir="ltr"><span style="font-size:12.8px"><br></span></div><div dir="ltr"><div dir="ltr" style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">Tel: +31-50-501-8461 | Skype: lambert-</span>johan<br></div><div dir="ltr" style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">Lambert Instruments BV|Leonard Springerlaan 19 (5th floor)|9727 KB Groningen|The Netherlands</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">Dutch Chamber of Commerce nr.: 52396940 | </span><a href="http://www.lambertinstruments.com/" style="font-size:12.8px" target="_blank">www.lambertinstruments.com</a></div></div></div></div></div></div></div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">Op wo 23 jan. 2019 om 11:09 schreef David Gault (Staff) <<a href="mailto:d.gault@dundee.ac.uk">d.gault@dundee.ac.uk</a>>:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">



<div style="overflow-wrap: break-word;">
Hi Johan,
<div><br>
</div>
<div>Many thanks for opening the PR, external contributions to the project are always appreciated.</div>
<div>We have included the PR for testing with our build systems and will review it shortly.</div>
<div><br>
</div>
<div>With Thanks,</div>
<div>David Gault</div>
<div><br>
<div>
<blockquote type="cite">
<div>On 22 Jan 2019, at 17:47, Johan Herz <<a href="mailto:johan@lambertinstruments.com" target="_blank">johan@lambertinstruments.com</a>> wrote:</div>
<br class="gmail-m_482651128444881868Apple-interchange-newline">
<div>
<div dir="auto">Hello Sebastien,
<div dir="auto"><br>
</div>
<div dir="auto">Regarding UINT12, I made a pull request for updating our LiFLIMreader.java (<a href="https://github.com/openmicroscopy/bioformats/pull/3308" target="_blank">https://github.com/openmicroscopy/bioformats/pull/3308</a>)</div>
<div dir="auto"><br>
</div>
<div dir="auto">Please let me know if this is okay, many thanks in advance.</div>
<div dir="auto"><br>
</div>
<div dir="auto">Looking forward to receiving your reply.</div>
<div dir="auto"><br>
</div>
<div dir="auto">Best,</div>
<div dir="auto">Johan Herz</div>
<div dir="auto"><br>
</div>
</div>
<br>
<div class="gmail_quote">
<div dir="ltr">Op ma 21 jan. 2019 09:12 schreef Sebastien Besson (Staff) <<a href="mailto:s.besson@dundee.ac.uk" target="_blank">s.besson@dundee.ac.uk</a>:<br>
</div>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
<div style="overflow-wrap: break-word;">Good morning Johan,
<div><br>
</div>
<div>The OME handling of 12-bit data is very similar to what you do in your viewer. Shortly,</div>
<div>the model allows to define the pixel type [1] but also the significant number of bits [2] for</div>
<div>A dataset.</div>
<div><br>
</div>
<div>There is no immediate plan to extend the pixel types but you can see examples of using</div>
<div>These concepts to read 12-bit data for other file readers [3] [4].</div>
<div><br>
</div>
<div>Best,</div>
<div>Sebastien</div>
<div><br>
</div>
<div>[1] <a href="https://www.openmicroscopy.org/Schemas/Documentation/Generated/OME-2016-06/ome_xsd.html#PixelType" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.openmicroscopy.org/Schemas/Documentation/Generated/OME-2016-06/ome_xsd.html#PixelType</a> </div>
<div>[2] <a href="https://www.openmicroscopy.org/Schemas/Documentation/Generated/OME-2016-06/ome_xsd.html#Pixels_SignificantBits" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.openmicroscopy.org/Schemas/Documentation/Generated/OME-2016-06/ome_xsd.html#Pixels_SignificantBits</a> </div>
<div>[3] <a href="https://github.com/openmicroscopy/bioformats/blob/v5.9.2/components/formats-gpl/src/loci/formats/in/CanonRawReader.java#L133" rel="noreferrer" target="_blank">https://github.com/openmicroscopy/bioformats/blob/v5.9.2/components/formats-gpl/src/loci/formats/in/CanonRawReader.java#L133</a> </div>
<div>[4] <a href="https://github.com/openmicroscopy/bioformats/blob/v5.9.2/components/formats-gpl/src/loci/formats/in/ScanrReader.java#L591" rel="noreferrer" target="_blank">https://github.com/openmicroscopy/bioformats/blob/v5.9.2/components/formats-gpl/src/loci/formats/in/ScanrReader.java#L591</a> <br>
<div>
<div><br>
<blockquote type="cite">
<div>On 18 Jan 2019, at 14:16, Johan Herz <<a href="mailto:johan@lambertinstruments.com" rel="noreferrer" target="_blank">johan@lambertinstruments.com</a>> wrote:</div>
<br class="gmail-m_482651128444881868m_-5160481645704919580Apple-interchange-newline">
<div>
<div dir="ltr">Hello Sebastien,
<div><br>
</div>
<div>Thank you and your welcome.</div>
<div>one of the reasons we use uint12 is that it preserves disk space. If we finally present the data in our viewer we upscale it to 16bit. </div>
<div>When do you think uint12 will become available in the core metadata? Would it be an option to add an 'unpacker'-function to the LiFLIMReader, that unpacks and upscales the uint12 to uint16 data? But can the data still be opened virtually in that
 case?</div>
<div><br clear="all">
<div>
<div dir="ltr" class="gmail-m_482651128444881868m_-5160481645704919580m_-4377294682811180876gmail_signature">
<div dir="ltr">
<div>
<div dir="ltr">
<div dir="ltr"><span style="font-size:12.8px">Best regards,</span><br>
</div>
<div dir="ltr"><br style="font-size:12.8px">
<span style="font-size:12.8px">Johan Herz, Sales Engineer </span><br style="font-size:12.8px">
<span style="font-size:12.8px"><br>
</span></div>
<div dir="ltr">Please visit <a href="http://flim.camera/" rel="noreferrer" target="_blank">FLIM.camera</a> for more information about the Toggel.</div>
<div dir="ltr"><span style="font-size:12.8px"><br>
</span></div>
<div dir="ltr">
<div dir="ltr" style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">Tel: +31-50-501-8461 | Skype: lambert-</span>johan<br>
</div>
<div dir="ltr" style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">Lambert Instruments BV|Leonard Springerlaan 19 (5th floor)|9727 KB Groningen|The Netherlands</span><br style="font-size:12.8px">
<span style="font-size:12.8px">Dutch Chamber of Commerce nr.: 52396940 | </span><a href="http://www.lambertinstruments.com/" style="font-size:12.8px" rel="noreferrer" target="_blank">www.lambertinstruments.com</a></div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<br>
</div>
<br>
<div class="gmail_quote">
<div dir="ltr" class="gmail-m_482651128444881868m_-5160481645704919580m_-4377294682811180876gmail_attr">Op di 15 jan. 2019 om 12:29 schreef Sebastien Besson (Staff) <<a href="mailto:s.besson@dundee.ac.uk" rel="noreferrer" target="_blank">s.besson@dundee.ac.uk</a>>:<br>
</div>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
<div>Hi Johan,
<div><br>
</div>
<div>Thank you very much for opening the Pull Request and sending us representative</div>
<div>samples of the issue. We will review it at earliest and hopefully have at least this fix</div>
<div>released as part of Bio-Formats 6.</div>
<div><br>
</div>
<div>One comment regarding the data format.The pixel type is part of what we call core</div>
<div>metadata i.e. metadata mandatory for describing each image in a fileset. It can only</div>
<div>take a limited number of values [1]. This is partly why the mapping of this particular</div>
<div>metadata field is much stricter than other types of keys [2] and will need to be updated</div>
<div>In order to extend support for new data types.</div>
<div><br>
</div>
<div>
<div>Best,</div>
<div>Sebastien</div>
<div><br>
</div>
<div>[1] <font color="#0069d9"><span><u><a href="https://www.openmicroscopy.org/Schemas/Documentation/Generated/OME-2016-06/ome_xsd.html#PixelType" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.openmicroscopy.org/Schemas/Documentation/Generated/OME-2016-06/ome_xsd.html#PixelType</a></u></span></font></div>
<div>[2] <a href="https://github.com/openmicroscopy/bioformats/blob/v5.9.2/components/formats-gpl/src/loci/formats/in/LiFlimReader.java#L496" rel="noreferrer" target="_blank">https://github.com/openmicroscopy/bioformats/blob/v5.9.2/components/formats-gpl/src/loci/formats/in/LiFlimReader.java#L496</a></div>
<div><font color="#0069d9"><span><u><br>
</u></span></font></div>
<div>
<blockquote type="cite">
<div>On 14 Jan 2019, at 19:17, Johan Herz <<a href="mailto:johan@lambertinstruments.com" rel="noreferrer" target="_blank">johan@lambertinstruments.com</a>> wrote:</div>
<br class="gmail-m_482651128444881868m_-5160481645704919580m_-4377294682811180876gmail-m_-5016623549540082463Apple-interchange-newline">
<div>
<div dir="auto">
<div>Hello Sebastien,</div>
<div dir="auto"><br>
</div>
<div dir="auto">The GB file size problem persisted, and we think the following pull request will fix it: <a href="https://github.com/openmicroscopy/bioformats/pull/3303" rel="noreferrer" target="_blank">https://github.com/openmicroscopy/bioformats/pull/3303</a></div>
<div dir="auto"><br>
</div>
<div dir="auto">If you have any reconmondations please let me know.</div>
<div dir="auto"><br>
</div>
<div dir="auto">Regarding implementing the unsigned 12 bit data format, please let me know if I can be of any further help.</div>
<div dir="auto"><br>
</div>
<div dir="auto">Many thabks for your support.</div>
<div dir="auto"><br>
</div>
<div dir="auto">Best,</div>
<div dir="auto">Johan</div>
<div dir="auto"><br>
<div class="gmail_quote" dir="auto">
<div dir="ltr">Op ma 14 jan. 2019 10:57 schreef Sebastien Besson (Staff) <<a href="mailto:s.besson@dundee.ac.uk" rel="noreferrer" target="_blank">s.besson@dundee.ac.uk</a>:<br>
</div>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
<div>Hi Johan and Aaron,
<div><br>
</div>
<div>Happy New Year to you guys too. I am reincluding the Users mailing lists in this</div>
<div>conversation.</div>
<div>
<div><br>
</div>
<div>
<blockquote type="cite">
<div>On 11 Jan 2019, at 08:11, Johan Herz <<a href="mailto:johan@lambertinstruments.com" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">johan@lambertinstruments.com</a>> wrote:</div>
<br class="gmail-m_482651128444881868m_-5160481645704919580m_-4377294682811180876gmail-m_-5016623549540082463m_2790263582666838971Apple-interchange-newline">
<div>
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">Hello Sebastien and Ponti,</div>
<div dir="ltr"><br>
</div>
<div>Thank you for the follow-up, all to you too a very good 2019!</div>
<div><br>
</div>
<div>@Aaron, yes I will be available for testing, my pleasure.<br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>@Sebastien,  The FLI format for the Hi-speed is not yet very well documented, it is basically based on the original FLI format with a few new data types. We also support color cameras. But from our experience, if we added a header entry that the
 bio-formats FLI reader did not recognize, it would just ignore it. Unless it makes a collision with another key entry. <br>
<br>
</div>
<div>So basically the main issues currently are the Data type and the 2gb File size max. </div>
<div>It will become possible to open very big files virtually, right? Because we can easily make files that are 50GB or bigger so it can most of the time never fit the RAM memory.</div>
</div>
</div>
</blockquote>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>About 2GB, I assume you are referring to the issue described in this section of the</div>
<div>technical documentation [1]? Briefly, we are routinely dealing with datasets in the</div>
<div>GB-TB magnitude so file size per se should not be a problem.</div>
<div><br>
</div>
<div>Am I correct in assuming you are loading data using the ImageJ/Fiji Bio-Formats</div>
<div>Plugin? In that case opening as a virtual stack is definitely the first thing to do. For</div>
<div>images where Individual planes exceed 2GB limit (due to dimensions or pixel type),</div>
<div>you might need to use the Crop option to load images in tiles rather than whole planes.</div>
<div>
<div><br>
</div>
<div>[1] <a href="https://docs.openmicroscopy.org/bio-formats/5.9.2/about/bug-reporting.html" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">https://docs.openmicroscopy.org/bio-formats/5.9.2/about/bug-reporting.html</a></div>
</div>
<div><br>
</div>
<br>
<blockquote type="cite">
<div>
<div dir="ltr">
<div>Regarding compiling Bio-formats, I probably should have given it more time, which I did not had, unfortunately, to have given the manual a better read. What IDE are you using or are you compiling command line?</div>
</div>
</div>
</blockquote>
<div><br>
</div>
<div>Generally this documentation page is the landing page for everything related to building</div>
<div>Bio-Formats from source [2]. In general, people will use either the command-line or an IDE,</div>
<div>Eclipse being probably the most popular one. We should be able to offer guidance for both</div>
<div>paths. </div>
<div><br>
</div>
<div>Best,</div>
<div>Sebastien</div>
<div><br>
</div>
[2] <a href="https://docs.openmicroscopy.org/bio-formats/5.9.2/developers/building-bioformats.html" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">https://docs.openmicroscopy.org/bio-formats/5.9.2/developers/building-bioformats.html</a> <br>
<br>
<blockquote type="cite">
<div>
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">
<div>
<div dir="ltr" class="gmail-m_482651128444881868m_-5160481645704919580m_-4377294682811180876gmail-m_-5016623549540082463m_2790263582666838971gmail_signature">
<div dir="ltr">
<div>
<div dir="ltr">
<div>I am looking forward to receiving the fix</div>
<div dir="ltr"><br>
</div>
<div dir="ltr"><span style="font-size:12.8px">Best regards,</span><br>
</div>
<div dir="ltr"><br style="font-size:12.8px">
<span style="font-size:12.8px">Johan Herz, Sales Engineer </span><br style="font-size:12.8px">
<span style="font-size:12.8px"><br>
</span></div>
<div dir="ltr">Please visit <a href="http://flim.camera/" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">FLIM.camera</a> for more information about the Toggel.</div>
<div dir="ltr"><span style="font-size:12.8px"><br>
</span></div>
<div dir="ltr">
<div dir="ltr" style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">Tel: +31-50-501-8461 | Skype: lambert-</span>johan<br>
</div>
<div dir="ltr" style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">Lambert Instruments BV|Leonard Springerlaan 19 (5th floor)|9727 KB Groningen|The Netherlands</span><br style="font-size:12.8px">
<span style="font-size:12.8px">Dutch Chamber of Commerce nr.: 52396940 | </span><a href="http://www.lambertinstruments.com/" style="font-size:12.8px" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">www.lambertinstruments.com</a></div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<br>
</div>
<br>
<div class="gmail_quote">
<div dir="ltr">Op di 8 jan. 2019 om 18:04 schreef Sebastien Besson (Staff) <<a href="mailto:s.besson@dundee.ac.uk" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">s.besson@dundee.ac.uk</a>>:<br>
</div>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
<div>
<div>Hi Johan and Aaron,</div>
<div><br>
</div>
<div>Thanks for making example images available, we will copy them internally for testing purposes.</div>
<div>Is an amended version of the technical documentation described the format changes also available?</div>
<div><br>
</div>
<div>So far we have captured this new variant of the .fli format in the general Bio-Formats backlog [1].</div>
<div>In terms of priority, the academically-funded team will primarily focus on next-generation open formats</div>
<div>In 2019, starting with the release of Bio-Formats 6 [2]. Although we will not be able to prioritise such work,</div>
<div>we will happily review any direct community contribution to update the reader. An alternate possibility solution</div>
<div>would be to get in touch with Glencoe Software and commission the reader update.</div>
<div><br>
</div>
<div>Trying to work in incremental steps and solve the immediate blockers, Johan, could you give us more details</div>
<div>into the type of issues you ran into while compiling Bio-Formats?</div>
<div><br>
</div>
<div>Best,</div>
<div>Sebastien</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>[1] <a href="https://trello.com/c/OGGEzj7X/305-li-flim-12-bit-format" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">https://trello.com/c/OGGEzj7X/305-li-flim-12-bit-format</a></div>
<div>[2] <a href="https://blog.openmicroscopy.org/file-formats/community/2018/11/29/ometiffpyramid/" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">https://blog.openmicroscopy.org/file-formats/community/2018/11/29/ometiffpyramid/</a> </div>
<div><br>
</div>
<div><br>
<div><br>
<blockquote type="cite">
<div>On 7 Jan 2019, at 09:28, Ponti Aaron <<a href="mailto:aaron.ponti@bsse.ethz.ch" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">aaron.ponti@bsse.ethz.ch</a>> wrote:</div>
<br class="gmail-m_482651128444881868m_-5160481645704919580m_-4377294682811180876gmail-m_-5016623549540082463m_2790263582666838971gmail-m_-3361797864820958579Apple-interchange-newline">
<div>
<div class="gmail-m_482651128444881868m_-5160481645704919580m_-4377294682811180876gmail-m_-5016623549540082463m_2790263582666838971gmail-m_-3361797864820958579WordSection1" style="font-family:Helvetica;font-size:12px;font-style:normal;font-variant-caps:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;text-decoration:none">
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
Hi,<u></u><u></u></div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
<u></u> <u></u></div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
Happy new year, everyone! Sorry for the long silence about the FMI issue. I don’t think I will soon find the time to implement support for 12-but FLI files in bio-formats myself. I see that Johan replied to the thread and provided example images. Would you
 guys work together to sort out the issue? That’d be great!<u></u><u></u></div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
<u></u> <u></u></div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
Thanks a lot!<u></u><u></u></div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
a2<u></u><u></u></div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
<u></u> <u></u></div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
----<u></u><u></u></div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
<span style="color:rgb(31,73,125)">Dr. Aaron Ponti<u></u><u></u></span></div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
<span style="color:rgb(31,73,125)">Software and Data Management Engineer<u></u><u></u></span></div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
<span style="color:rgb(31,73,125)">Image Analysis Specialist<u></u><u></u></span></div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
<span style="color:rgb(31,73,125)">Single Cell Facility<u></u><u></u></span></div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
<span style="color:rgb(31,73,125)">Department of Biosystems Science and Engineering (D-BSSE)<u></u><u></u></span></div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
<span lang="DE-CH" style="color:rgb(31,73,125)">ETH Zürich<u></u><u></u></span></div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
<span lang="DE-CH" style="color:rgb(31,73,125)">Office 2.30<u></u><u></u></span></div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
<span lang="DE-CH" style="color:rgb(31,73,125)">Mattenstrasse 26<u></u><u></u></span></div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
<span lang="DE-CH" style="color:rgb(31,73,125)">4058 Basel, Switzerland<u></u><u></u></span></div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
<span lang="DE-CH" style="color:rgb(31,73,125)"><a href="mailto:aaron.ponti@bsse.ethz.ch" style="color:purple;text-decoration:underline" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank"><span style="color:rgb(5,99,193)">aaron.ponti@bsse.ethz.ch</span></a><u></u><u></u></span></div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
<span lang="DE-CH" style="color:rgb(31,73,125)">T: +41 61 387 33 74<u></u><u></u></span></div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
<span lang="DE-CH" style="color:rgb(31,73,125)">F: +41 61 387 39 93<u></u><u></u></span></div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
<u></u> <u></u></div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
<b>From:</b><span class="gmail-m_482651128444881868m_-5160481645704919580m_-4377294682811180876gmail-m_-5016623549540082463m_2790263582666838971gmail-m_-3361797864820958579Apple-converted-space"> </span>Johan Herz <<a href="mailto:johan@lambertinstruments.com" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">johan@lambertinstruments.com</a>><span class="gmail-m_482651128444881868m_-5160481645704919580m_-4377294682811180876gmail-m_-5016623549540082463m_2790263582666838971gmail-m_-3361797864820958579Apple-converted-space"> </span><br>
<b>Sent:</b><span class="gmail-m_482651128444881868m_-5160481645704919580m_-4377294682811180876gmail-m_-5016623549540082463m_2790263582666838971gmail-m_-3361797864820958579Apple-converted-space"> </span>Mittwoch, 19. Dezember 2018 17:19<br>
<b>To:</b><span class="gmail-m_482651128444881868m_-5160481645704919580m_-4377294682811180876gmail-m_-5016623549540082463m_2790263582666838971gmail-m_-3361797864820958579Apple-converted-space"> </span>OME User Support List <<a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a>><br>
<b>Cc:</b><span class="gmail-m_482651128444881868m_-5160481645704919580m_-4377294682811180876gmail-m_-5016623549540082463m_2790263582666838971gmail-m_-3361797864820958579Apple-converted-space"> </span>Lummen Tom <<a href="mailto:tom.lummen@bsse.ethz.ch" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">tom.lummen@bsse.ethz.ch</a>>;
 Ponti Aaron <<a href="mailto:aaron.ponti@bsse.ethz.ch" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">aaron.ponti@bsse.ethz.ch</a>><br>
<b>Subject:</b><span class="gmail-m_482651128444881868m_-5160481645704919580m_-4377294682811180876gmail-m_-5016623549540082463m_2790263582666838971gmail-m_-3361797864820958579Apple-converted-space"> </span>Re: [ome-users] Support for .FLI files from Capture software (HiCAM
 FLUO high-speed camera)<u></u><u></u></div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
<u></u> <u></u></div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
Hello Sebastien,<u></u><u></u></div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
<u></u> <u></u></div>
</div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
Thank you for your reply. <u></u><u></u></div>
</div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
<u></u> <u></u></div>
</div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
I have 2 files, 6 GB each.<u></u><u></u></div>
</div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
They are made with 2 different versions of Capture our Hi-speed recording software. <u></u><u></u></div>
</div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
We make use of the .fli format and we tried to be as compatible with the Bio-formats as possible.<u></u><u></u></div>
</div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
Unfortunately, we could not work around the 12 bit, hence the unsupported data format.<u></u><u></u></div>
</div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
<u></u> <u></u></div>
</div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
Personally, I have tried to get bio-formats to compile on my one machine, I made a checkout, but I ran in too many problems. It seems that you are planning to have a new release.<u></u><u></u></div>
</div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
Because I wanted to fix the problem of not being able to open files having a filesize bigger than 2 GB. <u></u><u></u></div>
</div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
<u></u> <u></u></div>
</div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
So could you take this in to account as well? To open our files virtual, FiJi supports this, right?<u></u><u></u></div>
</div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
<u></u> <u></u></div>
</div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
Is it okay for you if I share the files through Google Drive, as they are too big to upload to your server?<u></u><u></u></div>
</div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
<u></u> <u></u></div>
</div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
<u></u> <u></u></div>
<div style="border:1pt solid rgb(221,221,221);padding:4pt;max-height:18px">
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;background-color:whitesmoke">
<b><span style="font-size:10pt;font-family:Arial,sans-serif;color:rgb(34,34,34)"><a href="https://drive.google.com/a/lambertinstruments.com/file/d/1xw43lsucOssXb97ia0JJCCZ9467hV3iO/view?usp=drive_web" style="color:purple;text-decoration:underline" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank"><span style="border:1pt none windowtext;padding:0cm;text-decoration:none"><img border="0" id="gmail-m_482651128444881868m_-5160481645704919580m_-4377294682811180876gmail-m_-5016623549540082463m_2790263582666838971gmail-m_-3361797864820958579_x0000_i1025" src="https://ssl.gstatic.com/docs/doclist/images/icon_10_generic_list.png"> </span><span style="color:rgb(17,85,204);border:1pt none windowtext;padding:0cm;text-decoration:none">Recording_Capture_1.1.fli</span></a><u></u><u></u></span></b></div>
</div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
<u></u> <u></u></div>
<div style="border:1pt solid rgb(221,221,221);padding:4pt;max-height:18px">
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif;background-color:whitesmoke">
<b><span style="font-size:10pt;font-family:Arial,sans-serif;color:rgb(34,34,34)"><a href="https://drive.google.com/a/lambertinstruments.com/file/d/19NwEUveiphMxUf9QSjtSHSMBthlaPxqW/view?usp=drive_web" style="color:purple;text-decoration:underline" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank"><span style="border:1pt none windowtext;padding:0cm;text-decoration:none"><img border="0" id="gmail-m_482651128444881868m_-5160481645704919580m_-4377294682811180876gmail-m_-5016623549540082463m_2790263582666838971gmail-m_-3361797864820958579_x0000_i1026" src="https://ssl.gstatic.com/docs/doclist/images/icon_10_generic_list.png"> </span><span style="color:rgb(17,85,204);border:1pt none windowtext;padding:0cm;text-decoration:none">Recording_Capture_1.0.4.fli</span></a><u></u><u></u></span></b></div>
</div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
<u></u> <u></u></div>
</div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
Also have attached a Recording with our New FLIM system, because originally the .fli was for our FLIM system.<u></u><u></u></div>
</div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
Those files are still compatible. So for testing purposes, I included that such that you can make sure it still works.<u></u><u></u></div>
</div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
See attachment.<u></u><u></u></div>
</div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
<u></u> <u></u></div>
</div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
Please let me know if you have any further questions.<u></u><u></u></div>
</div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
<u></u> <u></u></div>
</div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
<u></u> <u></u></div>
</div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
<br clear="all">
<u></u><u></u></div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
<span style="font-size:9.5pt">Best regards,</span><u></u><u></u></div>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin:0cm 0cm 12pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
<span style="font-size:9.5pt"><br>
Johan Herz, Sales Engineer </span><u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
Please visit <a href="http://flim.camera/" style="color:purple;text-decoration:underline" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">FLIM.camera</a> for more information about the Toggel.<u></u><u></u></div>
</div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
<u></u> <u></u></div>
</div>
<div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
<span style="font-size:9.5pt">Tel: +31-50-501-8461 | Skype: lambert-johan<u></u><u></u></span></div>
</div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
<span style="font-size:9.5pt">Lambert Instruments BV|Leonard Springerlaan 19 (5th floor)|9727 KB Groningen|The Netherlands<br>
Dutch Chamber of Commerce nr.: 52396940 | <a href="http://www.lambertinstruments.com/" style="color:purple;text-decoration:underline" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">www.lambertinstruments.com</a><u></u><u></u></span></div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
<u></u> <u></u></div>
</div>
</div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
<u></u> <u></u></div>
<div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
Op ma 17 dec. 2018 om 15:41 schreef Sebastien Besson (Staff) <<a href="mailto:s.besson@dundee.ac.uk" style="color:purple;text-decoration:underline" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">s.besson@dundee.ac.uk</a>>:<u></u><u></u></div>
</div>
<blockquote style="border-style:none none none solid;border-left-width:1pt;border-left-color:rgb(204,204,204);padding:0cm 0cm 0cm 6pt;margin-left:4.8pt;margin-right:0cm">
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
Hi Aaron,<span class="gmail-m_482651128444881868m_-5160481645704919580m_-4377294682811180876gmail-m_-5016623549540082463m_2790263582666838971gmail-m_-3361797864820958579Apple-converted-space"> </span><u></u><u></u></div>
<div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
<br>
<br>
<u></u><u></u></div>
<blockquote style="margin-top:5pt;margin-bottom:5pt">
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
On 14 Dec 2018, at 10:00, Ponti Aaron <<a href="mailto:aaron.ponti@bsse.ethz.ch" style="color:purple;text-decoration:underline" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">aaron.ponti@bsse.ethz.ch</a>> wrote:<u></u><u></u></div>
</div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
<u></u> <u></u></div>
<div>
<div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
Hello,<u></u><u></u></div>
</div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
 <u></u><u></u></div>
</div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
we have .FLI files from Lambert Instruments' Capture software (version 1.0.4.0) for the high-speed camera HiCAM FLUO. Images are streamed at high speed and stored as UINT12 (2 pixels in 3 bytes) or optionally as UINT8. The FLIM reader in bio-formats (<a href="https://github.com/openmicroscopy/bioformats/blob/develop/components/formats-gpl/src/loci/formats/in/LiFlimReader.java" style="color:purple;text-decoration:underline" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank"><span style="color:rgb(149,79,114)">https://github.com/openmicroscopy/bioformats/blob/develop/components/formats-gpl/src/loci/formats/in/LiFlimReader.java</span></a>)
 does not seem to support 12-bit intensities.<span class="gmail-m_482651128444881868m_-5160481645704919580m_-4377294682811180876gmail-m_-5016623549540082463m_2790263582666838971gmail-m_-3361797864820958579Apple-converted-space"> </span><u></u><u></u></div>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
<u></u> <u></u></div>
</div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
>From the internal specification of the LI-FLIM file format which we used for the reader [1]:<u></u><u></u></div>
</div>
<div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
<u></u> <u></u></div>
</div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
"The datatype key can have one of the following 8 values: UINT8, INT8, UINT16, INT16,<u></u><u></u></div>
</div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
UINT32, INT32, REAL32 or REAL64.”<u></u><u></u></div>
</div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
<u></u> <u></u></div>
</div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
A file that would use UINT12 would probably be a new variant of the file format for which we<u></u><u></u></div>
</div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
have currently neither a format specification nor representative samples<u></u><u></u></div>
</div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
<u></u> <u></u></div>
</div>
</div>
<blockquote style="margin-top:5pt;margin-bottom:5pt">
<div>
<div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
Also, when asking bio-formats to return the metadata, the whole file is returned (which suggests that the metadata of standard FLIM .FLI files is organized -- or terminated -- differently).<u></u><u></u></div>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
<u></u> <u></u></div>
</div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
Understood. This would be consistent with the pixel type issue reported above i.e. that could<u></u><u></u></div>
</div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
indeed reflect an internal layout different from the one Bio-Formats is expecting..<u></u><u></u></div>
</div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
<u></u> <u></u></div>
</div>
<blockquote style="margin-top:5pt;margin-bottom:5pt">
<div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
 The file is binary with the first bytes containing metadata information in readable text format. One field is 'hasDarkImage'. If hasDarkImage == 1, the very last frame is a dark image that is subtracted on-the-fly in the software when displaying the frames
 (but the images are stored raw in the file). The 'exposureTime' is in micro seconds. Finally, the software seems to support 'compression', although there is no setting for turning it on in the software. The software supports binning.<u></u><u></u></div>
</div>
</div>
</blockquote>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
<br>
<br>
<u></u><u></u></div>
<blockquote style="margin-top:5pt;margin-bottom:5pt">
<div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
 Would you be interested in adding support for these files to bio-formats? We have example files that we could upload.<u></u><u></u></div>
</div>
</div>
</blockquote>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
<u></u> <u></u></div>
</div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
Over the past years, we have been working on ways to have more sustainable support for new file<u></u><u></u></div>
</div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
formats including any variants of existing file formats. We published a blog post summarizing our<u></u><u></u></div>
</div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
experience a few years ago [2] and since then more manufacturers have been engaging in this<u></u><u></u></div>
</div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
process.<u></u><u></u></div>
</div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
<u></u> <u></u></div>
</div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
Have you been in touch with Lambert Instruments to report this issue? Are they aware that the latest files<u></u><u></u></div>
</div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
produced by their software are no longer readable by Bio-Formats and any software based upon it?<u></u><u></u></div>
</div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
<u></u> <u></u></div>
</div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
Representative samples allowing to reproduce the issue are always welcome. Ideally public samples licensed<u></u><u></u></div>
</div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
under CC-BY license [3] are the most effective way to help spontaneous or sponsored contributions to the<u></u><u></u></div>
</div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
project and facilitate both the immediate software work as well as the long-term maintenance.<u></u><u></u></div>
</div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
You can upload datasets under 2GB to our QA system [4] and we can provide FTP credentials for large samples.<u></u><u></u></div>
</div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
<u></u> <u></u></div>
</div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
Best,<u></u><u></u></div>
</div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
Sebastien<u></u><u></u></div>
</div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
<u></u> <u></u></div>
</div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
<u></u> <u></u></div>
</div>
<div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
[1] <a href="https://docs.openmicroscopy.org/bio-formats/5.9.2/formats/lambert-instruments-flim.html" style="color:purple;text-decoration:underline" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">https://docs.openmicroscopy.org/bio-formats/5.9.2/formats/lambert-instruments-flim.html</a><u></u><u></u></div>
</div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
[2] <a href="https://blog.openmicroscopy.org/file-formats/community/2016/08/31/bf-partnerships/" style="color:purple;text-decoration:underline" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">https://blog.openmicroscopy.org/file-formats/community/2016/08/31/bf-partnerships/</a><u></u><u></u></div>
</div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
[3] <a href="https://downloads.openmicroscopy.org/images/" style="color:purple;text-decoration:underline" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">https://downloads.openmicroscopy.org/images/</a><u></u><u></u></div>
</div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
[4] <a href="http://qa.openmicroscopy.org.uk/qa/upload/" style="color:purple;text-decoration:underline" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">http://qa.openmicroscopy.org.uk/qa/upload/</a><u></u><u></u></div>
</div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
<u></u> <u></u></div>
</div>
</div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
<u></u> <u></u></div>
</div>
<blockquote style="margin-top:5pt;margin-bottom:5pt">
<div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
 Thanks a lot,<u></u><u></u></div>
</div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
a2<u></u><u></u></div>
</div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
 <u></u><u></u></div>
</div>
</div>
</blockquote>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
<u></u> <u></u></div>
</div>
</div>
<div>
<blockquote style="margin-top:5pt;margin-bottom:5pt">
<div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
----<u></u><u></u></div>
</div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
<span style="color:rgb(31,73,125)">Dr. Aaron Ponti</span><u></u><u></u></div>
</div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
<span style="color:rgb(31,73,125)">Software and Data Management Engineer</span><u></u><u></u></div>
</div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
<span style="color:rgb(31,73,125)">Image Analysis Specialist</span><u></u><u></u></div>
</div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
<span style="color:rgb(31,73,125)">Single Cell Facility</span><u></u><u></u></div>
</div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
<span style="color:rgb(31,73,125)">Department of Biosystems Science and Engineering (D-BSSE)</span><u></u><u></u></div>
</div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
<span lang="DE-CH" style="color:rgb(31,73,125)">ETH Zürich</span><u></u><u></u></div>
</div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
<span lang="DE-CH" style="color:rgb(31,73,125)">Office 2.30</span><u></u><u></u></div>
</div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
<span lang="DE-CH" style="color:rgb(31,73,125)">Mattenstrasse 26</span><u></u><u></u></div>
</div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
<span lang="DE-CH" style="color:rgb(31,73,125)">4058 Basel, Switzerland</span><u></u><u></u></div>
</div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
<span lang="DE-CH" style="color:rgb(31,73,125)"><a href="mailto:aaron.ponti@bsse.ethz.ch" style="color:purple;text-decoration:underline" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank"><span style="color:rgb(5,99,193)">aaron.ponti@bsse.ethz.ch</span></a></span><u></u><u></u></div>
</div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
<span lang="DE-CH" style="color:rgb(31,73,125)">T: +41 61 387 33 74</span><u></u><u></u></div>
</div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
<span lang="DE-CH" style="color:rgb(31,73,125)">F: +41 61 387 39 93</span><u></u><u></u></div>
</div>
<div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
 <u></u><u></u></div>
</div>
</div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
<span style="font-size:9pt;font-family:Helvetica,sans-serif">_______________________________________________<br>
ome-users mailing list<br>
</span><a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk" style="color:purple;text-decoration:underline" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank"><span style="font-size:9pt;font-family:Helvetica,sans-serif;color:rgb(149,79,114)">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</span></a><span style="font-size:9pt;font-family:Helvetica,sans-serif"><br>
</span><a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users" style="color:purple;text-decoration:underline" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank"><span style="font-size:9pt;font-family:Helvetica,sans-serif;color:rgb(149,79,114)">http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users</span></a><u></u><u></u></div>
</blockquote>
</div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
<u></u> <u></u></div>
</div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
<br>
<span style="font-size:10pt">The University of Dundee is a registered Scottish Charity, No: SC015096</span><u></u><u></u></div>
</div>
<div style="margin:0cm 0cm 0.0001pt;font-size:11pt;font-family:Calibri,sans-serif">
_______________________________________________<br>
ome-users mailing list<br>
<a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk" style="color:purple;text-decoration:underline" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a><br>
<a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users" style="color:purple;text-decoration:underline" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users</a><u></u><u></u></div>
</blockquote>
</div>
</div>
<span style="font-family:Helvetica;font-size:12px;font-style:normal;font-variant-caps:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;text-decoration:none;float:none;display:inline">_______________________________________________</span><br style="font-family:Helvetica;font-size:12px;font-style:normal;font-variant-caps:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;text-decoration:none">
<span style="font-family:Helvetica;font-size:12px;font-style:normal;font-variant-caps:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;text-decoration:none;float:none;display:inline">ome-users
 mailing list</span><br style="font-family:Helvetica;font-size:12px;font-style:normal;font-variant-caps:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;text-decoration:none">
<span style="font-family:Helvetica;font-size:12px;font-style:normal;font-variant-caps:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;text-decoration:none;float:none;display:inline"><a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a></span><br style="font-family:Helvetica;font-size:12px;font-style:normal;font-variant-caps:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;text-decoration:none">
<span style="font-family:Helvetica;font-size:12px;font-style:normal;font-variant-caps:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px;text-decoration:none;float:none;display:inline"><a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users</a></span></div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
<br>
<span style="font-size:10pt">The University of Dundee is a registered Scottish Charity, No: SC015096</span>
</div>
</blockquote>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
<br>
<span style="font-size:10pt">The University of Dundee is a registered Scottish Charity, No: SC015096</span>
</div>
</blockquote>
</div>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
<br>
<span style="font-size:10pt">The University of Dundee is a registered Scottish Charity, No: SC015096</span>
</div>
</blockquote>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div>
<br>
<span style="font-size:10pt">The University of Dundee is a registered Scottish Charity, No: SC015096</span>
</div>
</blockquote>
</div>
_______________________________________________<br>
ome-users mailing list<br>
<a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk" target="_blank">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a><br>
<a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users" target="_blank">http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users</a><br>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
<br>
<span style="font-size:10pt">The University of Dundee is a registered Scottish Charity, No: SC015096</span>
</div>

</blockquote></div>