<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">
Hi,
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">did you have a chance to test whether the issue can be reproduced when writing to a local disk</div>
<div class="">or whether this only applies to non-local file systems?</div>
<div class=""><br class="">
</div>
<div class="">Sebastien<br class="">
<div class="">
<div><br class="">
<blockquote type="cite" class="">
<div class="">On 20 Nov 2018, at 14:52, Tarbox, Lawrence <<a href="mailto:LRTarbox@uams.edu" class="">LRTarbox@uams.edu</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<div class="">
<div class="WordSection1" style="page: WordSection1; caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
On second thought, it is a GPFS (aka IBM Spectrum Scale) mounted disk.  It appears as a local disk (not NFS), but in actuality it is in a shared storage system (i.e. akin to a SAN, but with a shared cluster file system).  These conversions were done on our
 supercomputer.  It normally is used to very large datasets.<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
I was also getting errors when doing conversions on my laptop going to local disk.  I switched to the cluster to take advantage of larger memory sizes (128 GB HPC versus 16 GB laptop).  I could try again on the laptop to see if I get the same error, but not
 until tomorrow.<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div class="">
<div style="border-style: solid none none; border-top-width: 1pt; border-top-color: rgb(225, 225, 225); padding: 3pt 0in 0in;" class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<b class="">From:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>Tarbox, Lawrence<span class="Apple-converted-space"> </span><br class="">
<b class="">Sent:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>Tuesday, November 20, 2018 8:48 AM<br class="">
<b class="">To:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>users OME <<a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a>><br class="">
<b class="">Subject:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>RE: [ome-users] Error when converting large .svs or .vsi images<o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Local disk.<o:p class=""></o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div class="">
<div style="border-style: solid none none; border-top-width: 1pt; border-top-color: rgb(225, 225, 225); padding: 3pt 0in 0in;" class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<b class="">From:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>ome-users <<a href="mailto:ome-users-bounces@lists.openmicroscopy.org.uk" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">ome-users-bounces@lists.openmicroscopy.org.uk</a>><span class="Apple-converted-space"> </span><b class="">On
 Behalf Of<span class="Apple-converted-space"> </span></b>Sebastien Besson (Staff)<br class="">
<b class="">Sent:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>Tuesday, November 20, 2018 4:58 AM<br class="">
<b class="">To:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>users OME <<a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a>><br class="">
<b class="">Cc:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>Tarbox, Lawrence <<a href="mailto:LRTarbox@uams.edu" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">LRTarbox@uams.edu</a>><br class="">
<b class="">Subject:</b><span class="Apple-converted-space"> </span>Re: [ome-users] Error when converting large .svs or .vsi images<o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Dear Lawrence,<span class="Apple-converted-space"> </span><o:p class=""></o:p></div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
re-reading this thread, one thing coming to mind is that we hit a very similar<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
error internally when testing large image conversions recently [1].<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
To make sure this is the same issue, are you writing the converted output to<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
a local disk or to a network file system?<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Best,<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Sebastien<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
[1] <a href="https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=https-3A__github.com_openmicroscopy_bioformats_pull_3189-23issuecomment-2D410805187&d=DwMGaQ&c=27AKQ-AFTMvLXtgZ7shZqsfSXu-Fwzpqk4BoASshREk&r=7PfGBb2SHdaGpGKqCizhwg&m=EweMJix5DTaLSZodAecdRo0mMLAECXtN4lLoeQbaLaw&s=lU99ySOWUtgtkocrUg05hdOA41P3Wh1qm8bbffva_fo&e=" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">https://github.com/openmicroscopy/bioformats/pull/3189#issuecomment-410805187</a><o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<p class="MsoNormal" style="margin: 0in 0in 12pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;">
<o:p class=""> </o:p></p>
<blockquote style="margin-top: 5pt; margin-bottom: 5pt;" class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
On 20 Nov 2018, at 05:39, Tarbox, Lawrence <<a href="mailto:LRTarbox@uams.edu" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">LRTarbox@uams.edu</a>> wrote:<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<o:p class=""> </o:p></div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
I tried changing tile size.  The error still comes up.  The conversions that are failing all stop writing the TIFF files when the size of the output file hits 1,429,209,088 bytes, consistently, regardless of the size of the input file, on both .svs and .vsi
 files.  It does seem to be a restriction in the size of the file that the TIFF writer can write.<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
 <o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="border-style: solid none none; border-top-width: 1pt; border-top-color: rgb(225, 225, 225); padding: 3pt 0in 0in;" class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<b class="">From:</b><span class="apple-converted-space"> </span>ome-users <<a href="mailto:ome-users-bounces@lists.openmicroscopy.org.uk" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">ome-users-bounces@lists.openmicroscopy.org.uk</a>><span class="apple-converted-space"> </span><b class="">On
 Behalf Of<span class="apple-converted-space"> </span></b>Tarbox, Lawrence<br class="">
<b class="">Sent:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Tuesday, November 6, 2018 11:22 AM<br class="">
<b class="">To:</b><span class="apple-converted-space"> </span>David Gault (Staff) <<a href="mailto:d.gault@dundee.ac.uk" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">d.gault@dundee.ac.uk</a>>; OME User Support List <<a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a>><br class="">
<b class="">Subject:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Re: [ome-users] Error when converting large .svs or .vsi images<o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
 <o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
These errors came up while using a compression codec.  Here is the command that I was using:<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
 <o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span style="font-family: "Courier New";" class="">/home/ltarbox/bftools/bfconvert  -no-upgrade -overwrite -compression JPEG \</span><o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span style="font-family: "Courier New";" class="">  "${FILES[MOAB_JOBARRAYINDEX-1]}" \</span><o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span style="font-family: "Courier New";" class="">  /home/ltarbox/CIR-scans/out/WSI-${MOAB_JOBARRAYINDEX}_S%s.ome.tif</span><o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
 <o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Are you thinking that switching from JPEG to JPEG-2000 or LZW would work better?<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
 <o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
The original .svs images use JPEG compression (I think) with a tile size of 256x256<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
 <o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
The original .vsi images use JPEG compression with a tile size of 512x512.<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
 <o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
I was somewhat hoping that if I requested -compression JPEG bfconvert would simply copy the already-JPEG-compressed tiles from the original images into the .ome.tif images.  But I’m game to try a different compression scheme.<o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
 <o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="border-style: solid none none; border-top-width: 1pt; border-top-color: rgb(225, 225, 225); padding: 3pt 0in 0in;" class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<b class="">From:</b><span class="apple-converted-space"> </span>David Gault (Staff) <<a href="mailto:d.gault@dundee.ac.uk" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="color: purple;" class="">d.gault@dundee.ac.uk</span></a>><span class="apple-converted-space"> </span><br class="">
<b class="">Sent:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Tuesday, November 6, 2018 9:14 AM<br class="">
<b class="">To:</b><span class="apple-converted-space"> </span>OME User Support List <<a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="color: purple;" class="">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</span></a>>;
 Tarbox, Lawrence <<a href="mailto:LRTarbox@uams.edu" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="color: purple;" class="">LRTarbox@uams.edu</span></a>><br class="">
<b class="">Subject:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Re: [ome-users] Error when converting large .svs or .vsi images<o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
 <o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Hi Lawrence,<span class="apple-converted-space"> </span><o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
 <o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
It does look like it is related to the file size of the converted file. Setting a compression codec should reduce the required size and might allow for easier conversion. <o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
 <o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
For example using:<o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
bfconvert -compression JPEG-2000 /path/to/originalFile.svs /path/to/convertedFile.ome.tiff<o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
bfconvert -compression LZW /path/to/originalFile.svs /path/to/convertedFile.ome.tiff<o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
 <o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
With Thanks,<o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
David Gault<o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
 <o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<blockquote style="margin-top: 5pt; margin-bottom: 5pt;" class="">
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
On 5 Nov 2018, at 20:19, Tarbox, Lawrence <<a href="mailto:LRTarbox@uams.edu" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="color: purple;" class="">LRTarbox@uams.edu</span></a>> wrote:<o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
 <o:p class=""></o:p></div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
I am using 5.9.2, from 3 Sept 2018.<o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
 <o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
The file sizes that are not converting range from 1.7 GB to 4.2 GB.  The .svs images that were smaller than about 1.3 GB converted without problem.<o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
 <o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
<div class="">
<div style="border-style: solid none none; border-top-width: 1pt; border-top-color: rgb(225, 225, 225); padding: 3pt 0in 0in;" class="">
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<b class="">From:</b><span class="apple-converted-space"> </span>ome-users <<a href="mailto:ome-users-bounces@lists.openmicroscopy.org.uk" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="color: purple;" class="">ome-users-bounces@lists.openmicroscopy.org.uk</span></a>><span class="apple-converted-space"> </span><b class="">On
 Behalf Of<span class="apple-converted-space"> </span></b>David Gault (Staff)<br class="">
<b class="">Sent:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Monday, November 5, 2018 7:10 AM<br class="">
<b class="">To:</b><span class="apple-converted-space"> </span>OME User Support List <<a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="color: purple;" class="">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</span></a>><br class="">
<b class="">Subject:</b><span class="apple-converted-space"> </span>Re: [ome-users] Error when converting large .svs or .vsi images<o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
 <o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Hi Lawrence,<span class="apple-converted-space"> </span><o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
 <o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
That error looks as though the buffer has been unable to successfully increase its limit for some reason.<o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
What size are the original files you are trying to convert? Also what version of Bio-Formats are you currently using?<o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
 <o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
With Thanks,<o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
David Gault<o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
 <o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
<div class="">
<blockquote style="margin-top: 5pt; margin-bottom: 5pt;" class="">
<div class="">
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
On 2 Nov 2018, at 15:21, Tarbox, Lawrence <<a href="mailto:LRTarbox@uams.edu" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="color: purple;" class="">LRTarbox@uams.edu</span></a>> wrote:<o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
 <o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
In converting large .svs or .vsi images, I get the following error:<o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
 <o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
/home/ltarbox/CIR-scans<o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
54680.svs<o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
SVSReader initializing 54680.svs<o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Reading IFDs<o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Populating metadata<o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Populating OME metadata<o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
[Aperio SVS] -> /home/ltarbox/CIR-scans/out/WSI-2_S%s.ome.tif [OME-TIFF]<o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Switching to BigTIFF (by file size)<o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Tile size = 256 x 256<o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Exception in thread "main" java.lang.IllegalArgumentException<o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
        at java.nio.Buffer.limit(Buffer.java:275)<o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
        at loci.common.NIOFileHandle.buffer(NIOFileHandle.java:636)<o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
        at loci.common.NIOFileHandle.writeSetup(NIOFileHandle.java:642)<o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
        at loci.common.NIOFileHandle.write(NIOFileHandle.java:505)<o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
        at loci.common.NIOFileHandle.write(NIOFileHandle.java:499)<o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
        at loci.common.NIOFileHandle.write(NIOFileHandle.java:487)<o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
        at loci.common.RandomAccessOutputStream.write(RandomAccessOutputStream.java:217)<o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
        at loci.formats.tiff.TiffSaver.writeIFDStrips(TiffSaver.java:987)<o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
        at loci.formats.tiff.TiffSaver.writeImageIFD(TiffSaver.java:451)<o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
        at loci.formats.tiff.TiffSaver.writeImage(TiffSaver.java:401)<o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
        at loci.formats.tiff.TiffSaver.writeImage(TiffSaver.java:277)<o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
        at loci.formats.out.TiffWriter.saveBytes(TiffWriter.java:275)<o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
        at loci.formats.out.OMETiffWriter.saveBytes(OMETiffWriter.java:218)<o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
        at loci.formats.tools.ImageConverter.convertTilePlane(ImageConverter.java:748)<o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
        at loci.formats.tools.ImageConverter.convertPlane(ImageConverter.java:634)<o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
        at loci.formats.tools.ImageConverter.testConvert(ImageConverter.java:563)<o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
        at loci.formats.tools.ImageConverter.main(ImageConverter.java:884)<o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
 <o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Smaller images convert fine.<span class="apple-converted-space"> </span><o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
 <o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
I tripled the memory size (to 40 GB), but it stll fails<o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
 <o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
Ideas?<o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
</div>
<div style="border-style: none none solid; border-bottom-width: 1pt; border-bottom-color: windowtext; padding: 0in 0in 1pt;" class="">
<div class="">
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span style="color: rgb(68, 114, 196);" class=""> </span><o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<i class=""><span style="color: rgb(68, 114, 196);" class="">Lawrence Tarbox, Ph.D., Dept. of Biomedical Informatics, Univ. of Arkansas for Medical Sciences</span></i><o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<i class=""><span style="color: rgb(68, 114, 196);" class=""><a href="mailto:LTarbox@uams.edu" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="color: rgb(149, 79, 114);" class="">mailto:LTarbox@uams.edu</span></a><span class="apple-converted-space"> </span>+1.314.681-2752</span></i><o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
</div>
<div class="">
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
 <o:p class=""></o:p></div>
</div>
</div>
</div>
<div class="MsoNormal" align="center" style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; text-align: center;">
<hr size="3" width="100%" align="center" class="">
</div>
<div class="">
<div class="">
<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<span style="font-size: 9pt; font-family: Helvetica, sans-serif;" class="">Confidentiality Notice: This e-mail message, including any attachments, is for the sole use of the intended recipient(s) and may contain confidential and privileged information. Any
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</span><a href="https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=http-3A__lists.openmicroscopy.org.uk_mailman_listinfo_ome-2Dusers&d=DwMFAg&c=27AKQ-AFTMvLXtgZ7shZqsfSXu-Fwzpqk4BoASshREk&r=7PfGBb2SHdaGpGKqCizhwg&m=r40EMcblVZoAtg0jtYbiDCk9hOS9PhHfHWfyTgcvMjE&s=AaJ76JDcXs17ypTw9JmpTKnUrJxLimF9uMYHNayZeuw&e=" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="font-size: 9pt; font-family: Helvetica, sans-serif; color: rgb(149, 79, 114);" class="">http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users</span></a><o:p class=""></o:p></div>
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<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<br class="">
<span style="font-size: 10pt;" class="">The University of Dundee is a registered Scottish Charity, No: SC015096</span><o:p class=""></o:p></div>
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<span style="font-size: 9pt; font-family: Helvetica, sans-serif;" class="">_______________________________________________<br class="">
ome-users mailing list<br class="">
</span><a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="font-size: 9pt; font-family: Helvetica, sans-serif; color: purple;" class="">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</span></a><span style="font-size: 9pt; font-family: Helvetica, sans-serif;" class=""><br class="">
</span><a href="https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=http-3A__lists.openmicroscopy.org.uk_mailman_listinfo_ome-2Dusers&d=DwMFAg&c=27AKQ-AFTMvLXtgZ7shZqsfSXu-Fwzpqk4BoASshREk&r=FQmnf-oLIEICrzyIHywOlUOTxJWIZf3tvJ8LUzIG0qM&m=3m3AIgFE_QbUasB7kt9_RCytADWjS30QJ6Al7TrUAQA&s=kfZIGmhU35jS7P0cZDCo9Svf9RFFIpFrGtbxDCbc37Y&e=" style="color: purple; text-decoration: underline;" class=""><span style="font-size: 9pt; font-family: Helvetica, sans-serif; color: purple;" class="">http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users</span></a><o:p class=""></o:p></div>
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<div style="margin: 0in 0in 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif;" class="">
<br class="">
<span style="font-size: 10pt;" class="">The University of Dundee is a registered Scottish Charity, No: SC015096</span><o:p class=""></o:p></div>
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<span style="font-size: 9pt; font-family: Helvetica, sans-serif;" class="">_______________________________________________<br class="">
ome-users mailing list<br class="">
<a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a><br class="">
<a href="https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=http-3A__lists.openmicroscopy.org.uk_mailman_listinfo_ome-2Dusers&d=DwMGaQ&c=27AKQ-AFTMvLXtgZ7shZqsfSXu-Fwzpqk4BoASshREk&r=7PfGBb2SHdaGpGKqCizhwg&m=EweMJix5DTaLSZodAecdRo0mMLAECXtN4lLoeQbaLaw&s=Rjv_maVsUwoF-4xe26PyO7zqsMSENaDBHczwe-42ap0&e=" style="color: purple; text-decoration: underline;" class="">http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users</a></span><o:p class=""></o:p></div>
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<br class="">
<span style="font-size: 10pt;" class="">The University of Dundee is a registered Scottish Charity, No: SC015096</span><o:p class=""></o:p></div>
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 mailing list</span><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none;" class="">
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<span style="font-size:10pt;">The University of Dundee is a registered Scottish Charity, No: SC015096</span>
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