<div dir="ltr"><div>Hello,</div><div><br></div><div>This has been sent to both the OME user list and to the Micro-Manager list.</div><div><br></div><div>I have some general questions and comments about the ome-tiff files generated by Micro-Manager (MM), their metadata, and Bio-Formats/OMERO compatibility.</div><div><br></div><div>Question 1:</div><div>I recently finished implementing an OMERO.server with a OMERO.web interface, together with the OMERO.figure & OMERO.iviewer apps (good job BTW, users and PIs LOVE these!).</div><div>However, neither OMERO.viewer or OMERO.figure display correct time points on timelapse data we generate.</div><div>It seems like OMERO/Bio-Formats is not correctly reading (or utilizing) TimeIncrement & TimeIncrementUnit from Micro-Manager generated files, even though the deltaT value for each image is displayed correctly.</div><div>We are running both MM 1.4.23-nightly and 2.0-beta-nightly to control our microscope, depending on user preference.</div><div>I occasionally upgrade the nightlies, but the problems I describe are common for all versions tested.</div><div><br></div><div>How can I get correct TimeIncrement & TimeIncrementUnit values set for my existing Micromanager generated data in the OMERO.server/web environment?</div><div><br></div><div>Question 2:</div><div>During the setup of the MM configuration files I have been very systematic and thorough, so that all relevant data (filter bandpass, product numbers, objective NAs, etc...) is captured in the Micro-Manager metadata through informative device and property names.</div><div>As a facility manager it would be very helpful for me and my users to have easy access to this data through OMERO.</div><div><br></div><div>Is there some plugin/app/script that makes the Micro-Manager metadata accessible on the OMERO.server, or at least viewable from the web interface?</div><div>If not, I can try to implement one. I have spent some time reading through tif-tags and MM metadata for other projects, but there is no need to reinvent the wheel if there is something out there.</div><div><br></div><div>Comments:</div><div><br></div><div>It has always annoyed me that MM ome-tiff files won't display a correct frame interval when drag&dropped into ImageJ/FIJI.</div><div>On the other hand, if images are instead opened through the Bio-Formats Importer, then they loose their LUTs (but gain the lost frame intervals).</div><div>The lost LUTs is also a (minor) issue when importing MM data to OMERO.server.</div><div>I suspect that this is because ImageJ has its own TIF-tag that stores imageJ-metadata, and that there is some inconsistencies in how MM writes the tif tags here.</div><div><br></div><div><br></div><div>Anyway, thanks for great softwares everyone, let's make them even better!</div><div><br></div><div><br></div><div>Dr. Jens Eriksson, manager</div><div>Sellin Imaging Platform</div><div>Dep. Medical Biohecmistry and Microbiology</div><div>Uppsala University</div><div>Sweden</div></div>