<html>

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=us-ascii">

</head>

<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">

Hi Kai,

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">Thank you for raising this issue, using the process you followed should be expected to work and does appear to be fine when exporting to other formats such as TIFF. </div>

<div class="">Unfortunately it looks like this is a bug in the ICSWriter which is not saving the custom LUT values during the export. I have opened a Bio-Formats Trello card for this bug at <a href="https://trello.com/c/LzWW3y7F/291-icswriter-not-preserving-luts" class="">https://trello.com/c/LzWW3y7F/291-icswriter-not-preserving-luts</a> </div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">With Thanks,</div>

<div class="">David Gault</div>

<div class=""><br class="">

<div>

<blockquote type="cite" class="">

<div class="">On 2 Nov 2018, at 17:47, Kai Schleicher <<a href="mailto:kai.schleicher@unibas.ch" class="">kai.schleicher@unibas.ch</a>> wrote:</div>

<br class="Apple-interchange-newline">

<div class="">Dear OME team,<br class="">

<br class="">

I wish to apply a custom LUT in ImageJ and then save the image as ICS-1 using Bio-formats.<br class="">

<br class="">

When I import the image again with Bio-formats, it does not show the LUT (see imageJ macro in below quote to reproduce the steps).<br class="">

<br class="">

Did I miss an option during import, or is there maybe a different way the LUT should be applied to the image for the exporter to save it?<br class="">

<br class="">

Thanks and cheers from Basel,<br class="">

Kai<br class="">

<br class="">

<blockquote type="cite" class="">run("M51 Galaxy (177K, 16-bits)");<br class="">

run("cool", "display=m51.tif view=net.imagej.display.DefaultDatasetView@7a6b36cd");<br class="">

run("Bio-Formats Exporter", "save=/home/kai/Desktop/m51_cool.ids");<br class="">

run("Bio-Formats Importer", "open=/home/kai/Desktop/m51_cool.ids autoscale color_mode=Default rois_import=[ROI manager] view=Hyperstack stack_order=XYCZT");<br class="">

</blockquote>

<br class="">

-- <br class="">

<blockquote type="cite" class="">

<blockquote type="cite" class="">Please note my NEW PHONE NUMBERS: +41 61 207 57 31 (direct) +41 61 207 22 50 (central)<<<br class="">

</blockquote>

</blockquote>

Kai Schleicher, PhD | Research Associate in Advanced Light Microscopy | Biozentrum, University of Basel | Klingelbergstrasse 50/70 | CH-4056 Basel |<br class="">

Phone: +41 61 207 57 31 (direct) +41 61 207 22 50 (central) | <a href="mailto:kai.schleicher@unibas.ch" class="">

kai.schleicher@unibas.ch</a> | <a href="http://www.biozentrum.unibas.ch" class="">

www.biozentrum.unibas.ch</a> | <a href="http://www.microscopynetwork.unibas.ch" class="">

www.microscopynetwork.unibas.ch</a><br class="">

<br class="">

_______________________________________________<br class="">

ome-users mailing list<br class="">

<a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk" class="">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a><br class="">

http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users<br class="">

</div>

</blockquote>

</div>

<br class="">

</div>

<br>

<span style="font-size:10pt;">The University of Dundee is a registered Scottish Charity, No: SC015096</span>

</body>

</html>