
<html>


<head>


<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">


</head>


<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">


<div dir="auto" style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">


<div dir="auto" style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">


Hi Konrad


<div class=""><br class="">


</div>


<div class="">thanks for sharing a representative example.</div>


<div class=""><br class="">


</div>


<div class="">First of all, despite their extension, both the 8 and 16 bit raw images are not OME-TIFF but simple</div>


<div class="">multi-page TIFF files.</div>


<div class=""><br class="">


</div>


<div class="">It should be possible to combining these stacks into a multi-channel image. This is a typical part of the</div>


<div class="">curation effort we sometimes do for IDR datasets. The attached picture describes an example of</div>


<div class="">combining all 12 of them into a rich multi-channel image rendered by OMERO.iviewer.</div>


<div class=""><br class="">


</div>


<div class="">Obviously a better option would be that the acquisition software exporting the data in a representation that</div>


<div class="">captures the multi-channel aspect as well as any relevant acquisition metadata. Let us know if</div>


<div class="">there is a way we can help supporting this goal.</div>


<div class=""><br class="">


</div>


<div class="">Best,</div>


<div class="">Sebastien</div>


<div class="">


<div><img apple-inline="yes" id="46B5F596-7B7B-4EE5-92D8-AD44C018CC05" width="1280" height="917" src="cid:61362AE7-7049-44BE-A943-DD6B0A393FAF" class=""><br class="">


<blockquote type="cite" class="">


<div class="">On 31 Oct 2018, at 13:51, Kölble, Konrad <<a href="mailto:Konrad.Koelble@uk-erlangen.de" class="">Konrad.Koelble@uk-erlangen.de</a>> wrote:</div>


<br class="Apple-interchange-newline">


<div class="">


<div class="">Hi,<br class="">


recently Fluidigm's Roberto Spada sent me a 12-marker human spleen FFPE 1mm2 section's Hyperion Imaging System dataset at the standard 1um2 resolution including<br class="">


<br class="">


- an original raw 2017071313_spleen50_1.txt file<br class="">


- MCD Viewer software which opens such *.txt files for analysis and generation of original .ome.tiff or false color TIFF files<br class="">


- original raw 16-bit and/or 32-bit .ome.tiff images<br class="">


<br class="">


Has someone successfully managed to OMEROze pic & metadata output from this interesting instrument


<br class="">


<a href="https://www.fluidigm.com/products/hyperion-imaging-system" class="">https://www.fluidigm.com/products/hyperion-imaging-system</a><br class="">


for multichannel viewing?<br class="">


<br class="">


You'll find the 2017071313_spleen50_1.txt, the MCD Viewer (incl. guide), the 16bit tiff and the 32bit tiff images under https://volafile.org/r/q1h07r5m<br class="">


<br class="">


Cheers<br class="">


Konrad<br class="">


_______________________________________________<br class="">


ome-users mailing list<br class="">


ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk<br class="">


http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users<br class="">


</div>


</div>


</blockquote>


</div>


<br class="">


</div>


</div>


</div>


<br>


<span style="font-size:10pt;">The University of Dundee is a registered Scottish Charity, No: SC015096</span>


</body>


</html>