<html>

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=us-ascii">

</head>

<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">

Hi Felix,

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">Thank you for reporting this problem and providing a sample file. I have been able to test and reproduce the issue as you described and it does indeed appear to be a bug.</div>

<div class="">I have opened a Trello card on the Bio-Formats board with the details and some of the initial investigation:</div>

<div class=""><a href="https://trello.com/c/EtOwZ7MH/283-nd2-incorrect-channels-and-pixel-data" class="">https://trello.com/c/EtOwZ7MH/283-nd2-incorrect-channels-and-pixel-data</a></div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">With Thanks,</div>

<div class="">David Gault</div>

<div class=""><br class="">

<div>

<blockquote type="cite" class="">

<div class="">On 26 Sep 2018, at 09:28, MEYENHOFER Felix <<a href="mailto:felix.meyenhofer@unifr.ch" class="">felix.meyenhofer@unifr.ch</a>> wrote:</div>

<br class="Apple-interchange-newline">

<div class="">

<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">

<div class="">Dear OMERO Team</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">The following image causes problems when I try to open it using Fiji and Bio-Formats. Bellow is the image shown with the NIS Elements Viewer.</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class=""><span id="cid:4C227BF7-AFCF-4F34-BC43-8CFA06A07595@unifr.ch"><Screen Shot 2018-09-26 at 10.14.16.png></span></div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">The window that is produced by Fiji shows only a part of the original image.</div>

<div class=""><span id="cid:8223363A-CA51-4152-BA6F-C7960B94687B@unifr.ch"><Screen Shot 2018-09-26 at 10.17.13.png></span></div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">A closer look, shows that the C and X-Y dimensions seem to be messed up. </div>

<div class=""><span id="cid:3B937C8B-A2AF-4D4E-82AE-13315677484B@unifr.ch"><Screen Shot 2018-09-26 at 10.17.34.png></span></div>

<div class=""><br class="">

</div>

Finally the parsing of the metadata seems to have trouble too, given that the colors are not coherent with the image acquisition and given that the scale factor too seems to be missing in the displayed image in Fiji.<br class="">

The original file can be found in the following link:<br class="">

<a href="https://drive.switch.ch/index.php/s/QsroyTOOq6cDQXy" class="">https://drive.switch.ch/index.php/s/QsroyTOOq6cDQXy</a><br class="">

<div class=""><br class="webkit-block-placeholder">

</div>

<div class="">Is there a work-around, or could you confirm this being a bug?</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">Best regards, </div>

<div class=""><br class="">

Felix </div>

</div>

_______________________________________________<br class="">

ome-users mailing list<br class="">

<a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk" class="">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a><br class="">

http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users<br class="">

</div>

</blockquote>

</div>

<br class="">

</div>

<br>

<span style="font-size:10pt;">The University of Dundee is a registered Scottish Charity, No: SC015096</span>

</body>

</html>