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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal">Hi All,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">I’m having an issue importing some Micro manager datasets with Bio Formats. If I select Plugins > Bio-formats > Bio-formats importer and select an OME TIFF file, the image opens without any issue. However, if I direct bioformats to the
metadata.txt file (which, as I understand it, is the recommended approach), the following exception is thrown:<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">(Fiji Is Just) ImageJ 2.0.0-rc-65/1.52b; Java 1.8.0_151 [64-bit]; Windows 10 10.0; 441MB of 98162MB (<1%)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">java.lang.NumberFormatException: For input string: ""<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">at java.lang.NumberFormatException.forInputString(NumberFormatException.java:65)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">at java.lang.Integer.parseInt(Integer.java:592)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">at java.lang.Integer.parseInt(Integer.java:615)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">at loci.formats.in.MicromanagerReader.parsePosition(MicromanagerReader.java:757)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">at loci.formats.in.MicromanagerReader.parsePosition(MicromanagerReader.java:433)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">at loci.formats.in.MicromanagerReader.initFile(MicromanagerReader.java:297)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">at loci.formats.FormatReader.setId(FormatReader.java:1397)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">at loci.plugins.in.ImportProcess.initializeFile(ImportProcess.java:499)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">at loci.plugins.in.ImportProcess.execute(ImportProcess.java:142)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">at loci.plugins.in.Importer.showDialogs(Importer.java:140)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">at loci.plugins.in.Importer.run(Importer.java:76)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">at loci.plugins.LociImporter.run(LociImporter.java:78)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">at ij.IJ.runUserPlugIn(IJ.java:222)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">at ij.IJ.runPlugIn(IJ.java:186)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">at ij.Executer.runCommand(Executer.java:137)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">at ij.Executer.run(Executer.java:66)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">at java.lang.Thread.run(Thread.java:748)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Some of my colleagues have reported seeing this exception regardless of whether they point bioformats to the OME TIFF file or the metadata file. Through a little investigation, I have found that the problem seems to be related to the “UserData”
property in the metadata file - deleting this resolves the problem, which leads me to believe that it is not correctly formatted:<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">“UserData”: {<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">“IJType”: {<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">“PropVal”: “1”,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">“PropType”: “String”<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">},<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">“GridRow”: {<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">“PropVal”: “0”,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">“PropType”: “String”<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">},<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">“Comment”: {<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">“PropVal”: “”,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">“PropType”: “String”<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">},<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">“UUID”: {<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">“PropVal”: “b8ff797d-4ca2-4770-bf46-17057f11bad7”,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">“PropType”: “String”<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">},<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">“Height”: {<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">“PropVal”: “2048”,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">“PropType”: “String”<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">},<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">“GridColumn”: {<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">“PropVal”: “0”,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">“PropType”: “String”<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">},<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">“CameraTimeout”: {<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">“PropVal”: “20000”,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">“PropType”: “String”<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">},<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">“Depth”: {<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">“PropVal”: “2”,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">“PropType”: “String”<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">},<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">“BitDepth”: {<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">“PropVal”: “16”,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">“PropType”: “String”<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">},<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">“KeepShutterOpenChannels”: {<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">“PropVal”: “false”,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">“PropType”: “String”<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">},<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">“PixelType”: {<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">“PropVal”: “GRAY16”,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">“PropType”: “String”<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">},<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">“Source”: {<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">“PropVal”: “Micro-Manager”,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">“PropType”: “String”<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">},<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">“TimeFirst”: {<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">“PropVal”: “false”,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">“PropType”: “String”<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">},<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">“ChColors”: {<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">“PropVal”: “[-1,-13382401,-65536,-16711834]”,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">“PropType”: “String”<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">},<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">“SlicesFirst”: {<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">“PropVal”: “false”,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">“PropType”: “String”<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">},<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">“Width”: {<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">“PropVal”: “2048”,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">“PropType”: “String”<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">},<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">“Positions”: {<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">“PropVal”: “27”,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">“PropType”: “String”<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">},<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">“ROI”: {<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">“PropVal”: “[0,0,2048,2048]”,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">“PropType”: “String”<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">}<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">}<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">If anyone could shed any light on why micro manager appears to be generating incorrectly formatted metadata files, it would be much appreciated. I have noticed that the bioformats JARS micro manager uses are somewhat outdated (formats-common-5.1.1.jar,
for example), but replacing them with more recent versions seems to cause issues.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Thanks,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Dave.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB" style="font-size:10.0pt;font-family:"Lucida Sans",sans-serif;color:gray;mso-fareast-language:EN-GB">Dave Barry,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB" style="font-size:10.0pt;font-family:"Lucida Sans",sans-serif;color:gray;mso-fareast-language:EN-GB">Image Analyst,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB" style="font-size:10.0pt;font-family:"Lucida Sans",sans-serif;color:gray;mso-fareast-language:EN-GB">Crick Advanced Light Microscopy Facility (CALM),<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB" style="font-size:10.0pt;font-family:"Lucida Sans",sans-serif;color:gray;mso-fareast-language:EN-GB">The Francis Crick Institute,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB" style="font-size:10.0pt;font-family:"Lucida Sans",sans-serif;color:gray;mso-fareast-language:EN-GB">1 Midland Road,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB" style="font-size:10.0pt;font-family:"Lucida Sans",sans-serif;color:gray;mso-fareast-language:EN-GB">London,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB" style="font-size:10.0pt;font-family:"Lucida Sans",sans-serif;color:gray;mso-fareast-language:EN-GB">NW1 1AT.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB" style="font-size:10.0pt;font-family:"Lucida Sans",sans-serif;color:gray;mso-fareast-language:EN-GB"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB" style="font-size:10.0pt;font-family:"Lucida Sans",sans-serif;color:gray;mso-fareast-language:EN-GB">T: +44 20379 60913<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB" style="font-size:10.0pt;font-family:"Lucida Sans",sans-serif;color:gray;mso-fareast-language:EN-GB">E:
<a href="mailto:david.barry@crick.ac.uk"><span style="color:#0563C1">david.barry@crick.ac.uk</span></a><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB" style="font-size:10.0pt;font-family:"Lucida Sans",sans-serif;color:gray;mso-fareast-language:EN-GB">W:
<a href="http://www.crick.ac.uk"><span style="color:#0563C1">www.crick.ac.uk</span></a><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB" style="font-size:10.0pt;font-family:"Lucida Sans",sans-serif;color:gray;mso-fareast-language:EN-GB">R: SW312<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<p style="color:rgb(112,113,115);font-family: 'Trebuchet MS', 'Lucida Grande'; font-style: italic; font-size: 10pt;">
The Francis Crick Institute Limited is a registered charity in England and Wales no. 1140062 and a company registered in England and Wales no. 06885462, with its registered office at 1 Midland Road London NW1 1AT</p>
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