
<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">Dear Mark,<div class=""><br class=""></div><div class="">to simplify i look at one image only that i have imported twice into the same server instance:</div><div class=""><br class=""></div><div class="">1) ID as shown in OMERO.web = 823 and import date = 2018-02-21 11:54:19, there is one file …/Pixels/823_pyramid of size 32 MB, time stamp is Feb 21 12:55</div><div class="">2) ID as shown in OMERO.web = 958, there is also one file …/Pixels/958_pyramid but of size 16 MB</div><div class=""><br class=""></div><div class="">In both cases the table pixels has the same value for ‚id‘ and for ‚image‘, so i guess that the pyramid files i found are the corresponding ones. The script removepyramids has the output </div><div class=""><br class=""></div><div class="">Using session ... Idle timeout: 10 min. Current group: temporary<br class="">No more than 500 pyramids will be removed<br class="">Would remove pyramid for image 963<br class="">Would remove pyramid for image 953<br class="">Would remove pyramid for image 959<br class="">Would remove pyramid for image 958</div><div class="">… and so on, there’s no line for 823 (there are only 10 lines total).</div><div class=""><br class=""></div><div class="">Table ‚dbpatch‘ shows a line with currentversion = OMERO5.4, message = Database updated, finished = 2017-10-16 10:39:35. So both times the image was imported using OMERO 5.4 - the first time using 5.4.0 and the next time using OMERO 5.4.5.</div><div class=""><br class=""></div><div class="">I do not really know how to interpret this behaviour - it could be harmless and/or working as intended, it just seemed somehow unusual to me. We did do some tests with omero.pixeldata.max_plane_heigth and omero.pixeldata.max_plane_heigth, both are currently set to 4097. Maybe that is the reason for my confusion?</div><div class=""><br class=""></div><div class="">In case the image file is helpful, i have it available here: <a href="https://uni-koeln.sciebo.de/s/RxqVWPlktOPGk4p" class="">https://uni-koeln.sciebo.de/s/RxqVWPlktOPGk4p</a> (PIN: 7428).</div><div class=""><br class=""></div><div class="">Best regards, Sascha</div><div class=""><br class=""></div><div class=""><br class=""><div class="">

<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class=""><div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class=""><div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class=""><div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class=""><div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class=""><div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class=""><div class=""><div class="">--</div><div class=""><div apple-content-edited="true" style="font-family: monospace;" class="">Sascha Neinert<br class="">CECAD RRZK IT Service</div><div apple-content-edited="true" style="font-family: monospace;" class="">Regional Computing Center (RRZK)<br class="">University of Cologne<br class="">Phone: +49-221 478-84051 / +49-221 470-89624<br class="">Mail: <a href="mailto:sascha.neinert@uni-koeln.de" class="">sascha.neinert@uni-koeln.de</a></div></div></div><div class=""><br class=""></div></div></div></div></div></div><br class="Apple-interchange-newline"></div><br class="Apple-interchange-newline"><br class="Apple-interchange-newline">

</div>

<div><br class=""><blockquote type="cite" class=""><div class="">Am 05.04.2018 um 11:02 schrieb Mark Carroll <<a href="mailto:m.t.b.carroll@dundee.ac.uk" class="">m.t.b.carroll@dundee.ac.uk</a>>:</div><br class="Apple-interchange-newline"><div class=""><div class="">Dear Sascha,<br class=""><br class=""><blockquote type="cite" class="">after upgrading to 5.4.5 i tried bin/omero admin removepyramids --endian=little --dry-run<br class="">It has found ten pyramids to remove on my test server, and without --dry-run they have successfully been removed. But i have the same 10 images imported before using OMERO version 5.4.0 - those have not been touched - and then again with 5.4.5 - those are the 10 that have had their pyramids removed. Does the command have some implicit date or version restriction or filter, or am i just missing something? All are 4096 x 4096 and uint16.<br class=""></blockquote><br class="">That's interesting, it's not obvious to me what you're missing, there<br class="">isn't a default date filter. Can you reconstruct from file times and the<br class="">dbpatch database table or suchlike under which version of OMERO the<br class="">images were originally imported? Pre-5.4 would need its pyramids so<br class="">those would be safe.<br class=""><br class="">Pyramids appear in the binary repository's Pixels/ directory as<br class="">12345_pyramid where the the 12345 corresponds to the ID of the Pixels<br class="">object which may be different from the Image ID, e.g.,<br class=""><br class="">bin/omero hql --all 'SELECT id FROM Pixels WHERE <a href="http://image.id" class="">image.id</a> = 4567'<br class=""><br class="">to find the Pixels ID of Image 4567. Does looking for pyramids in that<br class="">server directory yield any clues?<br class=""><br class="">-- Mark<br class=""><br class="">The University of Dundee is a registered Scottish Charity, No: SC015096<br class="">_______________________________________________<br class="">ome-users mailing list<br class=""><a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk" class="">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a><br class="">http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users<br class=""></div></div></blockquote></div><br class=""></div></body></html>