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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal">I am using the most updated version of the Abberior STED microscope software and I’m getting the following errors when I try and import the files:
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">[WARN] Could not parse description as XML<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">org.xml.sax.SAXParseException: Content is not allowed in prolog.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at org.apache.xerces.parsers.DOMParser.parse(Unknown Source)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at org.apache.xerces.jaxp.DocumentBuilderImpl.parse(Unknown Source)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at javax.xml.parsers.DocumentBuilder.parse(DocumentBuilder.java:121)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at loci.common.xml.XMLTools.parseDOM(XMLTools.java:215)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at loci.common.xml.XMLTools.parseDOM(XMLTools.java:196)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at loci.formats.in.OBFReader.initStack(OBFReader.java:379)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at loci.formats.in.OBFReader.initFile(OBFReader.java:184)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at loci.formats.FormatReader.setId(FormatReader.java:1397)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at loci.plugins.in.ImportProcess.initializeFile(ImportProcess.java:498)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at loci.plugins.in.ImportProcess.execute(ImportProcess.java:141)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at loci.plugins.in.Importer.showDialogs(Importer.java:140)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at loci.plugins.in.Importer.run(Importer.java:76)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at loci.plugins.LociImporter.run(LociImporter.java:78)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ij.IJ.runUserPlugIn(IJ.java:221)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ij.IJ.runPlugIn(IJ.java:185)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ij.IJ.runPlugIn(IJ.java:174)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at HandleExtraFileTypes.openImage(HandleExtraFileTypes.java:499)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at HandleExtraFileTypes.run(HandleExtraFileTypes.java:72)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ij.IJ.runUserPlugIn(IJ.java:221)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ij.IJ.runPlugIn(IJ.java:185)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ij.IJ.runPlugIn(IJ.java:174)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ij.io.Opener.openWithHandleExtraFileTypes(Opener.java:515)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ij.io.Opener.openImage(Opener.java:369)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ij.io.Opener.openImage(Opener.java:242)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ij.io.Opener.open(Opener.java:109)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ij.io.Opener.openAndAddToRecent(Opener.java:291)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ij.plugin.DragAndDrop.openFile(DragAndDrop.java:192)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ij.plugin.DragAndDrop.run(DragAndDrop.java:159)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at java.lang.Thread.run(Thread.java:745)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Warning: org.apache.xerces.jaxp.SAXParserImpl$JAXPSAXParser: Property 'http://www.oracle.com/xml/jaxp/properties/entityExpansionLimit' is not recognized.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Warning: org.apache.xerces.parsers.SAXParser: Feature 'http://javax.xml.XMLConstants/feature/secure-processing' is not recognized.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Warning: org.apache.xerces.parsers.SAXParser: Property 'http://javax.xml.XMLConstants/property/accessExternalDTD' is not recognized.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Warning: org.apache.xerces.parsers.SAXParser: Property 'http://www.oracle.com/xml/jaxp/properties/entityExpansionLimit' is not recognized.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Parsing schema path<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">http://www.openmicroscopy.org/Schemas/OME/2016-06/ome.xsd<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Validating OME-XML<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">[ERROR] cvc-identity-constraint.4.2.2: Duplicate key value [Channel:1] declared for identity constraint "ChannelIDKey" of element "OME".<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">[ERROR] cvc-identity-constraint.4.2.2: Duplicate key value [Channel:1] declared for identity constraint "ChannelIDKey" of element "OME".<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">[ERROR] cvc-identity-constraint.4.2.2: Duplicate key value [Channel:1] declared for identity constraint "ChannelIDKey" of element "OME".<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Error validating document: 3 errors found<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Reading header<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Finding image offsets<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">[WARN] Unknown Immersion value 'null' will be stored as "Other"<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">[WARN] Unknown Correction value 'null' will be stored as "Other"<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">[WARN] Unknown Immersion value 'null' will be stored as "Other"<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">[WARN] Unknown Correction value 'null' will be stored as "Other"<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">[WARN] Unknown Immersion value 'null' will be stored as "Other"<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">[WARN] Unknown Correction value 'null' will be stored as "Other"<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">[WARN] Unknown Immersion value 'null' will be stored as "Other"<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">[WARN] Unknown Correction value 'null' will be stored as "Other"<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">[WARN] Could not parse description as XML<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">org.xml.sax.SAXParseException: Content is not allowed in prolog.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at org.apache.xerces.parsers.DOMParser.parse(Unknown Source)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at org.apache.xerces.jaxp.DocumentBuilderImpl.parse(Unknown Source)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at javax.xml.parsers.DocumentBuilder.parse(DocumentBuilder.java:121)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at loci.common.xml.XMLTools.parseDOM(XMLTools.java:215)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at loci.common.xml.XMLTools.parseDOM(XMLTools.java:196)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at loci.formats.in.OBFReader.initStack(OBFReader.java:379)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at loci.formats.in.OBFReader.initFile(OBFReader.java:184)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at loci.formats.FormatReader.setId(FormatReader.java:1397)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at loci.plugins.in.ImportProcess.initializeFile(ImportProcess.java:498)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at loci.plugins.in.ImportProcess.execute(ImportProcess.java:141)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at loci.plugins.in.Importer.showDialogs(Importer.java:140)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at loci.plugins.in.Importer.run(Importer.java:76)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at loci.plugins.LociImporter.run(LociImporter.java:78)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ij.IJ.runUserPlugIn(IJ.java:221)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ij.IJ.runPlugIn(IJ.java:185)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ij.IJ.runPlugIn(IJ.java:174)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at HandleExtraFileTypes.openImage(HandleExtraFileTypes.java:499)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at HandleExtraFileTypes.run(HandleExtraFileTypes.java:72)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ij.IJ.runUserPlugIn(IJ.java:221)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ij.IJ.runPlugIn(IJ.java:185)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ij.IJ.runPlugIn(IJ.java:174)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ij.io.Opener.openWithHandleExtraFileTypes(Opener.java:515)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ij.io.Opener.openImage(Opener.java:369)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ij.io.Opener.openImage(Opener.java:242)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ij.io.Opener.open(Opener.java:109)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ij.io.Opener.openAndAddToRecent(Opener.java:291)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ij.plugin.DragAndDrop.openFile(DragAndDrop.java:192)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ij.plugin.DragAndDrop.run(DragAndDrop.java:159)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at java.lang.Thread.run(Thread.java:745)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Warning: org.apache.xerces.parsers.SAXParser: Feature 'http://javax.xml.XMLConstants/feature/secure-processing' is not recognized.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Warning: org.apache.xerces.parsers.SAXParser: Property 'http://javax.xml.XMLConstants/property/accessExternalDTD' is not recognized.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Warning: org.apache.xerces.parsers.SAXParser: Property 'http://www.oracle.com/xml/jaxp/properties/entityExpansionLimit' is not recognized.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Parsing schema path<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">http://www.openmicroscopy.org/Schemas/OME/2016-06/ome.xsd<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Validating OME-XML<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">[ERROR] cvc-identity-constraint.4.2.2: Duplicate key value [Channel:1] declared for identity constraint "ChannelIDKey" of element "OME".<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">[ERROR] cvc-identity-constraint.4.2.2: Duplicate key value [Channel:1] declared for identity constraint "ChannelIDKey" of element "OME".<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">[ERROR] cvc-identity-constraint.4.2.2: Duplicate key value [Channel:1] declared for identity constraint "ChannelIDKey" of element "OME".<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Error validating document: 3 errors found<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">[WARN] Could not parse description as XML<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">org.xml.sax.SAXParseException: Content is not allowed in prolog.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at org.apache.xerces.parsers.DOMParser.parse(Unknown Source)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at org.apache.xerces.jaxp.DocumentBuilderImpl.parse(Unknown Source)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at javax.xml.parsers.DocumentBuilder.parse(DocumentBuilder.java:121)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at loci.common.xml.XMLTools.parseDOM(XMLTools.java:215)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at loci.common.xml.XMLTools.parseDOM(XMLTools.java:196)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at loci.formats.in.OBFReader.initStack(OBFReader.java:379)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at loci.formats.in.OBFReader.initFile(OBFReader.java:184)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at loci.formats.FormatReader.setId(FormatReader.java:1397)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at loci.plugins.in.ImportProcess.initializeFile(ImportProcess.java:498)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at loci.plugins.in.ImportProcess.execute(ImportProcess.java:141)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at loci.plugins.in.Importer.showDialogs(Importer.java:140)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at loci.plugins.in.Importer.run(Importer.java:76)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at loci.plugins.LociImporter.run(LociImporter.java:78)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ij.IJ.runUserPlugIn(IJ.java:221)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ij.IJ.runPlugIn(IJ.java:185)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ij.IJ.runPlugIn(IJ.java:174)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at HandleExtraFileTypes.openImage(HandleExtraFileTypes.java:499)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at HandleExtraFileTypes.run(HandleExtraFileTypes.java:72)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ij.IJ.runUserPlugIn(IJ.java:221)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ij.IJ.runPlugIn(IJ.java:185)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ij.IJ.runPlugIn(IJ.java:174)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ij.io.Opener.openWithHandleExtraFileTypes(Opener.java:515)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ij.io.Opener.openImage(Opener.java:369)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ij.io.Opener.openImage(Opener.java:242)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ij.io.Opener.open(Opener.java:109)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ij.io.Opener.openAndAddToRecent(Opener.java:291)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ij.plugin.DragAndDrop.openFile(DragAndDrop.java:192)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ij.plugin.DragAndDrop.run(DragAndDrop.java:159)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at java.lang.Thread.run(Thread.java:745)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Warning: org.apache.xerces.parsers.SAXParser: Feature 'http://javax.xml.XMLConstants/feature/secure-processing' is not recognized.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Warning: org.apache.xerces.parsers.SAXParser: Property 'http://javax.xml.XMLConstants/property/accessExternalDTD' is not recognized.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Warning: org.apache.xerces.parsers.SAXParser: Property 'http://www.oracle.com/xml/jaxp/properties/entityExpansionLimit' is not recognized.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Parsing schema path<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">http://www.openmicroscopy.org/Schemas/OME/2016-06/ome.xsd<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Validating OME-XML<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">[ERROR] cvc-identity-constraint.4.2.2: Duplicate key value [Channel:1] declared for identity constraint "ChannelIDKey" of element "OME".<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">[ERROR] cvc-identity-constraint.4.2.2: Duplicate key value [Channel:1] declared for identity constraint "ChannelIDKey" of element "OME".<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">[ERROR] cvc-identity-constraint.4.2.2: Duplicate key value [Channel:1] declared for identity constraint "ChannelIDKey" of element "OME".<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Error validating document: 3 errors found<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">[WARN] Could not parse description as XML<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">org.xml.sax.SAXParseException: Content is not allowed in prolog.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at org.apache.xerces.parsers.DOMParser.parse(Unknown Source)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at org.apache.xerces.jaxp.DocumentBuilderImpl.parse(Unknown Source)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at javax.xml.parsers.DocumentBuilder.parse(DocumentBuilder.java:121)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at loci.common.xml.XMLTools.parseDOM(XMLTools.java:215)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at loci.common.xml.XMLTools.parseDOM(XMLTools.java:196)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at loci.formats.in.OBFReader.initStack(OBFReader.java:379)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at loci.formats.in.OBFReader.initFile(OBFReader.java:184)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at loci.formats.FormatReader.setId(FormatReader.java:1397)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at loci.plugins.in.ImportProcess.initializeFile(ImportProcess.java:498)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at loci.plugins.in.ImportProcess.execute(ImportProcess.java:141)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at loci.plugins.in.Importer.showDialogs(Importer.java:140)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at loci.plugins.in.Importer.run(Importer.java:76)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at loci.plugins.LociImporter.run(LociImporter.java:78)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ij.IJ.runUserPlugIn(IJ.java:221)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ij.IJ.runPlugIn(IJ.java:185)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ij.IJ.runPlugIn(IJ.java:174)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at HandleExtraFileTypes.openImage(HandleExtraFileTypes.java:499)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at HandleExtraFileTypes.run(HandleExtraFileTypes.java:72)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ij.IJ.runUserPlugIn(IJ.java:221)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ij.IJ.runPlugIn(IJ.java:185)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ij.IJ.runPlugIn(IJ.java:174)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ij.io.Opener.openWithHandleExtraFileTypes(Opener.java:515)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ij.io.Opener.openImage(Opener.java:369)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ij.io.Opener.openImage(Opener.java:242)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ij.io.Opener.open(Opener.java:109)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ij.io.Opener.openAndAddToRecent(Opener.java:291)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ij.plugin.DragAndDrop.openFile(DragAndDrop.java:192)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ij.plugin.DragAndDrop.run(DragAndDrop.java:159)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at java.lang.Thread.run(Thread.java:745)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Warning: org.apache.xerces.parsers.SAXParser: Feature 'http://javax.xml.XMLConstants/feature/secure-processing' is not recognized.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Warning: org.apache.xerces.parsers.SAXParser: Property 'http://javax.xml.XMLConstants/property/accessExternalDTD' is not recognized.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Warning: org.apache.xerces.parsers.SAXParser: Property 'http://www.oracle.com/xml/jaxp/properties/entityExpansionLimit' is not recognized.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Parsing schema path<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">http://www.openmicroscopy.org/Schemas/OME/2016-06/ome.xsd<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Validating OME-XML<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">[ERROR] cvc-identity-constraint.4.2.2: Duplicate key value [Channel:1] declared for identity constraint "ChannelIDKey" of element "OME".<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">[ERROR] cvc-identity-constraint.4.2.2: Duplicate key value [Channel:1] declared for identity constraint "ChannelIDKey" of element "OME".<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">[ERROR] cvc-identity-constraint.4.2.2: Duplicate key value [Channel:1] declared for identity constraint "ChannelIDKey" of element "OME".<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Error validating document: 3 errors found<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">I have updated Bio-Formats to the most recent version (5.7.2) and still get this error. The images still open but I’m not sure if I’m losing more than metadata from the errors above. I have also updated Java to ensure the problem wasn’t
there. I have attached 2 example files to replicate the issue<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Thanks for the help!<o:p></o:p></p>
</div>
</body>
</html>