<div dir="ltr">Hi Curtis,<div><br></div><div>it seems that the ZeissCZIReader gets stuck in the initFile() method in the </div><div>for (int i=0; i<planes.size(); i++) { ... loop.<br></div><div>For this file plane.size() is 681... </div><div><br></div><div>Regards,</div><div>Manuel</div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, Feb 9, 2017 at 6:01 PM, Curtis Rueden <span dir="ltr"><<a href="mailto:ctrueden@wisc.edu" target="_blank">ctrueden@wisc.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Kai,<div><br></div><div>You can find out what ImageJ is stuck doing by following these directions:</div><div><br></div><div><a href="http://imagej.net/Troubleshooting#If_ImageJ_freezes_or_hangs" target="_blank">http://imagej.net/<wbr>Troubleshooting#If_ImageJ_<wbr>freezes_or_hangs</a><br></div><div><br></div><div>The stack trace will help the Bio-Formats developers to understand and fix the problem. Although in this case, since you uploaded sample data, that is probably already enough to reproduce.</div><div><br></div><div>Thanks,</div><div>Curtis</div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="m_8745915582825915237gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><span style="font-size:12.8px">--</span></div><div><span style="font-size:12.8px">Curtis Rueden</span><br></div><div><span style="font-size:12.8px">LOCI software architect - <a href="https://loci.wisc.edu/software" target="_blank">https://loci.wisc.edu/software</a></span></div><div>ImageJ2 lead, Fiji maintainer - <span style="font-size:12.8px"><a href="https://imagej.net/User:Rueden" target="_blank">https://imagej.net/User:<wbr>Rueden</a></span></div><div>Did you know ImageJ has a forum? <a href="http://forum.imagej.net/" target="_blank">http://forum.imagej.net/</a></div><div><br></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">On Thu, Feb 9, 2017 at 10:39 AM, Kai Schleicher <span dir="ltr"><<a href="mailto:kai.schleicher@unibas.ch" target="_blank">kai.schleicher@unibas.ch</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi,<br>
<br>
I have a Bright-field *.czi image containing 4 scenes/scopes (upload ID 17539) from the Zeiss Axioscan Z1 slidescanner that fails to open without error message (FIJI, latest Bio-Formats). FIJI is stuck during "Analysing...".<br>
<br>
Manuel Stritt(Orbit) has reproduced the problem with some further insight:<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
tested with Bioformats 5.3.2:<br>
IFormatReader reader = new ImageReader();<br>
reader.setId("2017_02_03_12wks<wbr>WTQm3179.czi");<br>
reader.close();<br>
<br>
hangs at reader.setId...<br>
<br>
it seems that ZeissCZIReader gets stuck at initFile().<br>
</blockquote>
<br>
Notably, when I split the 4 scenes into 4 individual files they open fine.<br>
<br>
Do you have an idea what the problem could be in this case?<br>
<br>
Thanks for your help and cheers,<br>
Kai<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><span class="m_8745915582825915237HOEnZb"><font color="#888888"><br>
<br>
-- <br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Please note my NEW PHONE NUMBERS: <a href="tel:%2B41%2061%20207%2057%2031" value="+41612075731" target="_blank">+41 61 207 57 31</a> (direct) <a href="tel:%2B41%2061%20207%2022%2050" value="+41612072250" target="_blank">+41 61 207 22 50</a> (central)<<<br>
</blockquote></blockquote>
Kai Schleicher, PhD | Research Associate in Advanced Light Microscopy | Biozentrum, University of Basel | Klingelbergstrasse 50/70 | CH-4056 Basel |<br>
Phone: <a href="tel:%2B41%2061%20207%2057%2031" value="+41612075731" target="_blank">+41 61 207 57 31</a> (direct) <a href="tel:%2B41%2061%20207%2022%2050" value="+41612072250" target="_blank">+41 61 207 22 50</a> (central) | <a href="mailto:kai.schleicher@unibas.ch" target="_blank">kai.schleicher@unibas.ch</a> | <a href="http://www.biozentrum.unibas.ch" rel="noreferrer" target="_blank">www.biozentrum.unibas.ch</a> | <a href="http://www.microscopynetwork.unibas.ch" rel="noreferrer" target="_blank">www.microscopynetwork.unibas.c<wbr>h</a><br>
<br>
______________________________<wbr>_________________<br>
ome-users mailing list<br>
<a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk" target="_blank">ome-users@lists.openmicroscopy<wbr>.org.uk</a><br>
<a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.openmicroscopy.or<wbr>g.uk/mailman/listinfo/ome-user<wbr>s</a><br>
</font></span></font></span></blockquote></div><br></div>
<br>______________________________<wbr>_________________<br>
ome-users mailing list<br>
<a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk">ome-users@lists.<wbr>openmicroscopy.org.uk</a><br>
<a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.openmicroscopy.<wbr>org.uk/mailman/listinfo/ome-<wbr>users</a><br>
<br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><br></div>
</div></div>

<br>
<div><font size="2"><br></font></div><div><font size="2">The information of this email and in any file transmitted with it is strictly confidential and may be legally privileged.</font></div><div><font size="2">It is intended solely for the addressee. If you are not the intended recipient, any copying, distribution or any other use of this email is prohibited and may be unlawful. In such case, you should please notify the sender immediately and destroy this email.</font></div><div><font size="2">The content of this email is not legally binding unless confirmed by letter.</font></div><div><font size="2">Any views expressed in this message are those of the individual sender, except where the message states otherwise and the sender is authorized to state them to be the views of the sender's company.</font></div><div><br></div>