<div dir="ltr">Hi Kai,<div><br></div><div>You can find out what ImageJ is stuck doing by following these directions:</div><div><br></div><div><a href="http://imagej.net/Troubleshooting#If_ImageJ_freezes_or_hangs">http://imagej.net/Troubleshooting#If_ImageJ_freezes_or_hangs</a><br></div><div><br></div><div>The stack trace will help the Bio-Formats developers to understand and fix the problem. Although in this case, since you uploaded sample data, that is probably already enough to reproduce.</div><div><br></div><div>Thanks,</div><div>Curtis</div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><span style="font-size:12.8px">--</span></div><div><span style="font-size:12.8px">Curtis Rueden</span><br></div><div><span style="font-size:12.8px">LOCI software architect - <a href="https://loci.wisc.edu/software" target="_blank">https://loci.wisc.edu/software</a></span></div><div>ImageJ2 lead, Fiji maintainer - <span style="font-size:12.8px"><a href="https://imagej.net/User:Rueden" target="_blank">https://imagej.net/User:Rueden</a></span></div><div>Did you know ImageJ has a forum? <a href="http://forum.imagej.net/" target="_blank">http://forum.imagej.net/</a></div><div><br></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">On Thu, Feb 9, 2017 at 10:39 AM, Kai Schleicher <span dir="ltr"><<a href="mailto:kai.schleicher@unibas.ch" target="_blank">kai.schleicher@unibas.ch</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi,<br>
<br>
I have a Bright-field *.czi image containing 4 scenes/scopes (upload ID 17539) from the Zeiss Axioscan Z1 slidescanner that fails to open without error message (FIJI, latest Bio-Formats). FIJI is stuck during "Analysing...".<br>
<br>
Manuel Stritt(Orbit) has reproduced the problem with some further insight:<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
tested with Bioformats 5.3.2:<br>
IFormatReader reader = new ImageReader();<br>
reader.setId("2017_02_03_12wks<wbr>WTQm3179.czi");<br>
reader.close();<br>
<br>
hangs at reader.setId...<br>
<br>
it seems that ZeissCZIReader gets stuck at initFile().<br>
</blockquote>
<br>
Notably, when I split the 4 scenes into 4 individual files they open fine.<br>
<br>
Do you have an idea what the problem could be in this case?<br>
<br>
Thanks for your help and cheers,<br>
Kai<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
<br>
-- <br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Please note my NEW PHONE NUMBERS: <a href="tel:%2B41%2061%20207%2057%2031" value="+41612075731" target="_blank">+41 61 207 57 31</a> (direct) <a href="tel:%2B41%2061%20207%2022%2050" value="+41612072250" target="_blank">+41 61 207 22 50</a> (central)<<<br>
</blockquote></blockquote>
Kai Schleicher, PhD | Research Associate in Advanced Light Microscopy | Biozentrum, University of Basel | Klingelbergstrasse 50/70 | CH-4056 Basel |<br>
Phone: <a href="tel:%2B41%2061%20207%2057%2031" value="+41612075731" target="_blank">+41 61 207 57 31</a> (direct) <a href="tel:%2B41%2061%20207%2022%2050" value="+41612072250" target="_blank">+41 61 207 22 50</a> (central) | <a href="mailto:kai.schleicher@unibas.ch" target="_blank">kai.schleicher@unibas.ch</a> | <a href="http://www.biozentrum.unibas.ch" rel="noreferrer" target="_blank">www.biozentrum.unibas.ch</a> | <a href="http://www.microscopynetwork.unibas.ch" rel="noreferrer" target="_blank">www.microscopynetwork.unibas.c<wbr>h</a><br>
<br>
______________________________<wbr>_________________<br>
ome-users mailing list<br>
<a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk" target="_blank">ome-users@lists.openmicroscopy<wbr>.org.uk</a><br>
<a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.openmicroscopy.or<wbr>g.uk/mailman/listinfo/ome-user<wbr>s</a><br>
</font></span></blockquote></div><br></div>