<div dir="ltr">Hi there,<div><br></div><div>I'm having some problems opening Imaris IMS files in FIJI.</div><div><br></div><div>I believe there is a partial workaround involving replacing the NetCDF jar with the latest one available here:</div><div><br></div><div><a href="http://www.unidata.ucar.edu/downloads/netcdf/netcdf-java-4/index.jsp">http://www.unidata.ucar.edu/downloads/netcdf/netcdf-java-4/index.jsp</a><br></div><div><br></div><div>This helps significantly, but there are still problems.</div><div><br></div><div>Having done some testing, I can confirm at least the following issues:</div><div><br></div><div>1) Time series data - there seems to be a frame limit around 7080 time points. Less than this will open, but more than this will not open with an error message. I have uploaded examples files using the QA system:</div><div><br></div><div>2016-12-14_08.43.34_Sample Prefix_WAINWRIGHT James_Protocol = 7075 frames (opens OK)<br></div><div>2016-12-14_09.26.04_Sample Prefix_WAINWRIGHT James_Protocol = 7081 frames (does not open)<br></div><div><br></div><div>2) 3D data - as you probably know, Imaris stores a number of different resolution volumes inside each IMS file. The problem seems to be that FIJI cannot open the largest of these. It offers only the smaller resolution. I have uploaded an example of this using the QA system:</div><div><br></div><div>2016-07-26_17.11.03_Sample Prefix_5P298C2_Protocol = 1024 x 1024 x 47 planes. FIJI seems to only offer the 512 and 256 pixel volumes.<br></div><div><br></div><div>Please let me know if there is anything else I can provide to try and help you resolve these issues? (No pun intended!).</div><div><br></div><div>Many thanks</div><div><br></div><div>James</div></div>