<div dir="ltr">Hello Melissa,<div><br></div><div>Many thanks for your return.</div><div><br></div><div>As requested, here are the screenshot I took of the export_to_cif_for_later_tiff.cif being opened in IDEAS.</div><div><br></div><div>Also, one of my senior colleagues have just had an independent investigation. And he theorized that, maybe the display by IDEAS is a "smoothed" display. Please see the discussion below:</div><div><br></div><div>----</div><div><div style="font-size:12.8px">I've been digging a lot deeper into to this and now I'm even more convinced that the tiffs we get from bioformats is the raw data that the Imagestream machine actually records (it isn't a conventional microscope and the resolution is between 0.33 and 0.5um so typical 10um cells would have a width of 20-30 pixels) - in IDEAS a lot of data massage goes on - e.g. if you load an image into the workspace and zoom it constantly smooths the image for presentation</div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">the other thing that convinces me of this is that if you load an image in IDEAS and use 'Draw line profile' to draw a line across the width of the cell it gives the length of the line in pixels (not fractions of pixels) and this corresponds exactly to the width of the cell you get from the tiffs generated by bioformats</div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">in the creat tiffs module you can clearly output data in the raw format (for analysis) but maybe even this is being modified ???</div></div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">----</div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">We could not confirm this theory at the moment, because similar to you, we do not have an access to FlowSight/Amnis data structure, we only have an installed IDEAS version 6.0 in Windows.</div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">Hope that helps.</div><div style="font-size:12.8px">Many thanks again.</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Jan 18, 2017 at 12:32 PM, Melissa Linkert <span dir="ltr"><<a href="mailto:melissa@glencoesoftware.com" target="_blank">melissa@glencoesoftware.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Minh,<br>
<br>
Thank you for reporting this problem.<br>
<span class=""><br>
> I'm working on a project that uses Amnis FlowSight .cif , which could be opened by Bioformats (MATLAB version and python-bioformats)<br>
><br>
> Unfortunately the resolution of the image after being opened by both of the versions are lossy. Can anyone so kind to help me check this out.<br>
<br>
</span>I can confirm that Bio-Formats reports images that are approximately<br>
35x35 to 55x55 pixels for the attached<br>
export_to_cif_for_later_tiff.<wbr>cif.  However, I so far have not been<br>
able to find evidence of higher resolution images in the file.<br>
<span class=""><br>
> I send here 2 screenshots, one that compares between image opened by python-bioformats and its original form (export directly from Amnis IDEAS). And the other screenshot compare image opened by MATLAB-bioformats package, > compared with its original form<br>
><br>
> I also attach an example .cif file.<br>
<br>
</span>From the screenshots, it looks like export_to_cif_for_later_tiff.<wbr>cif<br>
is not the file being opened in IDEAS or MATLAB.  Could you please<br>
confirm that the screenshots do indeed represent a different file?  If<br>
so, could you please send a relevant screenshot of<br>
export_to_cif_for_later_tiff.<wbr>cif being opened/exported in IDEAS?  In<br>
either case, do you have an idea of what the correct X and Y<br>
dimensions should be?  The OME team does not have access to the Amnis<br>
IDEAS software, so any additional information you can provide would be<br>
very helpful for debugging.<br>
<br>
Regards,<br>
-Melissa<br>
<div><div class="h5"><br>
On Tue, Jan 17, 2017 at 2:40 PM, Minh Doan <<a href="mailto:minhdoan@broadinstitute.org">minhdoan@broadinstitute.org</a>> wrote:<br>
> Hello all, good afternoon,<br>
><br>
> I am Minh Doan, a postdoc in imaging platform of Broad Institute. I'm<br>
> working on a project that uses Amnis FlowSight .cif , which could be opened<br>
> by Bioformats (MATLAB version and python-bioformats)<br>
><br>
> Unfortunately the resolution of the image after being opened by both of the<br>
> versions are lossy. Can anyone so kind to help me check this out.<br>
><br>
> I send here 2 screenshots, one that compares between image opened by<br>
> python-bioformats and its original form (export directly from Amnis IDEAS).<br>
> And the other screenshot compare image opened by MATLAB-bioformats package,<br>
> compared with its original form<br>
><br>
> I also attach an example .cif file.<br>
><br>
> Any advices are very much appreciated.<br>
><br>
> Bests,<br>
> Minh<br>
><br>
> --<br>
><br>
> Minh Doan, M.D., Ph.D.<br>
> Imaging Platform<br>
> Broad Institute of Harvard and MIT<br>
> 415 Main Street,<br>
> Cambridge MA 02142<br>
> phone: <a href="tel:%28617%29%20714-7681" value="+16177147681">(617) 714-7681</a><br>
> <a href="mailto:minhdoan@broadinstitute.org">minhdoan@broadinstitute.org</a><br>
><br>
><br>
</div></div>> ______________________________<wbr>_________________<br>
> ome-users mailing list<br>
> <a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk">ome-users@lists.<wbr>openmicroscopy.org.uk</a><br>
> <a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.openmicroscopy.<wbr>org.uk/mailman/listinfo/ome-<wbr>users</a><br>
><br>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><blockquote style="margin:0 0 0 40px;border:none;padding:0px"><div style="font-size:12.8px"><div style="font-size:12.8px"><div style="font-size:12.8px"><span style="color:rgb(102,102,102);font-family:arial;font-size:small">Minh Doan, M.D., Ph.D.</span></div></div></div><div style="font-size:12.8px"><div style="font-size:12.8px"><div style="font-size:12.8px"><font color="#666666"><span style="font-family:arial;font-size:small">Imaging Platform</span></font></div></div></div><div style="font-size:12.8px"><div style="font-size:12.8px"><div style="font-size:12.8px"><font color="#666666"><span style="font-family:arial;font-size:small">Broad Institute of Harvard and MIT</span></font></div></div></div><div style="font-size:12.8px"><div style="font-size:12.8px"><div style="font-size:12.8px"><font color="#666666"><span style="font-family:arial;font-size:small">415 Main Street, </span></font></div></div></div><div style="font-size:12.8px"><div style="font-size:12.8px"><div style="font-size:12.8px"><div style="font-family:arial;font-size:small"><font color="#666666">Cambridge MA 02142</font></div></div></div></div><div style="font-size:12.8px"><div style="font-size:12.8px"><div style="font-family:arial;font-size:small"><font color="#666666">phone: (617) 714-7681</font></div></div></div><div style="font-size:12.8px"><div style="font-size:12.8px"><font size="2" color="#000000"><font style="font-family:Arial"><a href="mailto:nathalie.court@pasteur.fr" style="color:rgb(17,85,204)" target="_blank">minhdoan@broadinstitute.org</a></font></font></div></div></blockquote></div></div>
</div>