<div dir="ltr">Hi Jason and Damir,<div><br></div><div>I analyzed your issue and indeed you could only see the users default group.</div><div>Today I deployed a fix for that in Orbit version 2.42 which solves this issue: </div><div><br></div><div><div class="gmail_extra"><div class="gmail_extra">- All groups with at least read access are visible.</div><div class="gmail_extra">- To store annotations, you need to have read/annotate or read/write access to the group the image belongs to.<br></div><div class="gmail_extra">- Models are stored in the users default group. Thus, other users can only see someone else’s models if she or he has read access to that group.<br></div><div class="gmail_extra">(in addition one can store models on file system...)</div></div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">Thanks a lot for this hint from your side!</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">You can download the new version here:</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra"><a href="http://www.orbit.bio/download/">http://www.orbit.bio/download/</a><br></div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">Regards,</div><div class="gmail_extra">Manuel</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote"><br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">



<div style="word-wrap:break-word;color:rgb(0,0,0);font-size:14px;font-family:calibri,sans-serif">
<div>Hi Manuel-</div>
<div><br>
</div>
<div>Thanks for the updates and all the great work.  It’s great to see this going forward. </div>
<div><br>
</div>
<div>We have a very cool IPS cell project going on in the lab and was very excited to use Orbit to work through some analyses on some of the data collected by a few of my colleagues.  I ran into the same problem as Damir— I couldn’t access data owned by other
 members of my group (in an OMERO sense).  Speaking selfishly, this is a really important capability— did I miss something, or can this be added?</div>
<div><br>
</div>
<div>Thanks again for all the great work.</div>
<div><br>
</div>
<div>Cheers,</div>
<div><br>
</div>
<div>Jason</div>
<div><br>
</div>
<span id="gmail-m_4921286685192841913OLK_SRC_BODY_SECTION">
<div style="font-family:calibri;font-size:11pt;text-align:left;color:black;border-width:1pt medium medium;border-style:solid none none;border-bottom-color:initial;border-left-color:initial;padding:3pt 0in 0in;border-top-color:rgb(181,196,223);border-right-color:initial">
<span style="font-weight:bold">From: </span>ome-users <<a href="mailto:ome-users-bounces@lists.openmicroscopy.org.uk" target="_blank">ome-users-bounces@lists.<wbr>openmicroscopy.org.uk</a>> on behalf of Damir Sudar <<a href="mailto:dsudar@lbl.gov" target="_blank">dsudar@lbl.gov</a>><br>
<span style="font-weight:bold">Reply-To: </span>OME Users <<a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk" target="_blank">ome-users@lists.<wbr>openmicroscopy.org.uk</a>><br>
<span style="font-weight:bold">Date: </span>Tuesday, 8 November 2016 06:22<br>
<span style="font-weight:bold">To: </span>OME Users <<a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk" target="_blank">ome-users@lists.<wbr>openmicroscopy.org.uk</a>><br>
<span style="font-weight:bold">Subject: </span>Re: [ome-users] Orbit Image Analysis v2.41<br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>
<div dir="auto">
<div>Hi Manuel,</div>
<div id="gmail-m_4921286685192841913AppleMailSignature">Orbit is a very impressive piece of software and it looks like it will be very useful for a number of projects at our institute. I look forward to spending some time getting familiar with it.</div>
<div id="gmail-m_4921286685192841913AppleMailSignature">I noticed a few things I wanted to ask you about:</div>
<div id="gmail-m_4921286685192841913AppleMailSignature">1) i saw that ROI annotations are saved on the OMERO server as small attachment files in a format that is not easily parsed. Do you have any plans to store those ROIs as OMERO ROIs so they can be handled using the other OME tools
 and associated software? Or is there a way to decode the Orbit Annotations so they can be converted to OMERO ROIs (and vice versa)?</div>
<div id="gmail-m_4921286685192841913AppleMailSignature">2) when connecting with an OMERO server, you get the directory of files in the user's default group. Is there a way to select a different group for those users that are a member of multiple OMERO groups?</div>
<div id="gmail-m_4921286685192841913AppleMailSignature">Thanks,</div>
<div id="gmail-m_4921286685192841913AppleMailSignature">Damir<br>
<br>
Sent from my iPad, please excuse poor spelling</div>
<div><br>
On Nov 7, 2016, at 06:54, Manuel Stritt <<a href="mailto:manuel.stritt@actelion.com" target="_blank">manuel.stritt@actelion.com</a>> wrote:<br>
<br>
</div>
<blockquote type="cite">
<div>
<div dir="ltr"><br clear="all">
<div>Hello together,</div>
<div><br>
</div>
<div>I just released the new Orbit version which allows you to open and work with whole slide images directly from local file system, even without an image server.</div>
<div>(However, the preferred method will always to to connect to an image server like Omero.)</div>
<div><br>
</div>
<div>This is the outcome of the feedback from many of you who wanted to work with local files (e.g. SVS, NDPI, SCN, ...) directly without the need of</div>
<div>installing an image server first.</div>
<div> </div>
<div>This has been made possible by using the Scifio/Bioformats library form OME (we use version 5.2.4), so a big thanks goes out to the Bioformats team.</div>
<div><br>
</div>
<div>In addition to this some performance improvements have been implemented (much faster rendering) and some bugs have been fixed. </div>
<div>See <a href="http://www.orbit.bio/2016/11/07/open-local-images/" target="_blank">
here</a> for more details and give it a try!</div>
<div><br>
</div>
<div>I also added more tutorials (under documentation).</div>
<div><br>
</div>
<div><a href="http://www.orbit.bio/" target="_blank">http://www.orbit.bio/</a><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>Kind Regards,</div>
<div>Manuel</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
-- <br>
<div class="gmail-m_4921286685192841913gmail_signature">Manuel Stritt<br>
Information Management Drug Discovery<br>
<br>
</div>
</div>
<br>
<div><font size="2"><br>
</font></div>
<div><font size="2">The information of this email and in any file transmitted with it is strictly confidential and may be legally privileged.</font></div>
<div><font size="2">It is intended solely for the addressee. If you are not the intended recipient, any copying, distribution or any other use of this email is prohibited and may be unlawful. In such case, you should please notify the sender immediately and
 destroy this email.</font></div>
<div><font size="2">The content of this email is not legally binding unless confirmed by letter.</font></div>
<div><font size="2">Any views expressed in this message are those of the individual sender, except where the message states otherwise and the sender is authorized to state them to be the views of the sender's company.</font></div>
<div><br>
</div>
</div>
</blockquote>
<blockquote type="cite">
<div><span>______________________________<wbr>_________________</span><br>
<span>ome-users mailing list</span><br>
<span><a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk" target="_blank">ome-users@lists.<wbr>openmicroscopy.org.uk</a></span><br>
<span><a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users" target="_blank">http://lists.openmicroscopy.<wbr>org.uk/mailman/listinfo/ome-<wbr>users</a></span><br>
</div>
</blockquote>
</div>
</div>
</span><br>
<span style="font-size:10pt">The University of Dundee is a registered Scottish Charity, No: SC015096</span>
</div>

<br>______________________________<wbr>_________________<br>
ome-users mailing list<br>
<a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk">ome-users@lists.<wbr>openmicroscopy.org.uk</a><br>
<a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.openmicroscopy.<wbr>org.uk/mailman/listinfo/ome-<wbr>users</a><br>
<br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature">Manuel Stritt<br>Information Management Drug Discovery<br><br></div>
</div></div></div>

<br>
<div><font size="2"><br></font></div><div><font size="2">The information of this email and in any file transmitted with it is strictly confidential and may be legally privileged.</font></div><div><font size="2">It is intended solely for the addressee. If you are not the intended recipient, any copying, distribution or any other use of this email is prohibited and may be unlawful. In such case, you should please notify the sender immediately and destroy this email.</font></div><div><font size="2">The content of this email is not legally binding unless confirmed by letter.</font></div><div><font size="2">Any views expressed in this message are those of the individual sender, except where the message states otherwise and the sender is authorized to state them to be the views of the sender's company.</font></div><div><br></div>