<div dir="ltr">Excellent, I will create a new Bio-Formats reader and provide a location to download one of the slides.</div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Oct 18, 2016 at 10:44 PM, Melissa Linkert <span dir="ltr"><<a href="mailto:melissa@glencoesoftware.com" target="_blank">melissa@glencoesoftware.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Paul,<br>
<br>
Thank you very much for your interest in OME.<br>
<span class=""><br>
> I have started two open source programs to view some Olympus SlideScan.ini<br>
> files and convert into Tiff format. However I cannot get the top level of<br>
> the pyramid lined up with the second level and was wondering if anyone here<br>
> could help. Basically there is no Mac or Linux open source viewer for this<br>
> file format that I know of. If you guys have one please let me know!<br>
<br>
</span>No, unfortunately Bio-Formats does not support this format, nor do we<br>
currently have any relevant example datasets.<br>
<div><div class="h5"><br>
> The slides are composed of a ton of jpgs that are tiled and four files with<br>
> an .ini extention. Each of the four ini files detail a scan magnification<br>
> level (40x, 20x, 1.25x,etc.) and give the details of the coordinates of the<br>
> jpgs. Inside the start of the ini files are some initial scanning values, do<br>
> you know what lXOffset and lYOffset might mean when the slide is scanned? I<br>
> understand the x and y stage ref variables, image width and height, and step<br>
> sizes, but not sure what the lXOffset and lYOffset mean. Notice there is<br>
> [Da0] in my text below which is the first file Da0.jpg. There are a ton of<br>
> Da?.jpg files and the coordinates are in this file. I understand the x, y,<br>
> and z coordinates, and the t variable equals time but what also could the s<br>
> variable mean?<br>
><br>
><br>
><br>
> The problem I am having is that the levels of the pyramid aren’t aligned<br>
> right when you zoom in. In other words when I use my own program that<br>
> renders this or a Leica Windows ImageScope application to zoom in it zooms<br>
> in on a completely different section of the slide so I know my image data is<br>
> wrong in my own generated file. I am thinking that the lXOffset and lYOffset<br>
> might have something to do with it but I tried subtracting or adding these<br>
> offsets to the start of the next pyramid level but it still doesn’t line up<br>
> correctly, and overall it doesn’t have much effect actually. I tried<br>
> performing all kinds of calculations and triple and quadruple checking my<br>
> own calculations with these offset values for literally *HOURS* and have not<br>
> had any luck so I am not sure what they mean. The bottom two layers line up<br>
> ok, but the top layer seems to have been scanned at a different location and<br>
> can’t figure out how to calculate the starting x and y. It’s not just this<br>
> slide either, all the slides I use are like this.<br>
><br>
><br>
><br>
> Any help is greatly appreciated! I know I’m probably short on details, let<br>
> me know if there is anything else you need to know. I have not published my<br>
> code anywhere yet, let me know if that would help as well. Basically I am<br>
> just looking for the method to match the 3rd level up with the 2nd level. I<br>
> can get my own program to line up one individual slide by adjusting some<br>
> variables, however it then does not work for the next slide so I know I am<br>
> missing some part of the equation.<br>
<br>
</div></div>If you are interested in turning your existing code into a new<br>
Bio-Formats reader, and can supply an appropriate dataset for testing,<br>
then we would certainly be happy to help in debugging this problem.<br>
Without seeing example data or code that can be integrated into<br>
Bio-Formats, however, the OME team unfortunately does not have the<br>
resources to investigate support for this new format at this time.<br>
<br>
For more information on creating a new Bio-Formats reader, please see:<br>
<br>
<a href="http://www.openmicroscopy.org/site/support/bio-formats5.2/developers/reader-guide.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.openmicroscopy.org/<wbr>site/support/bio-formats5.2/<wbr>developers/reader-guide.html</a><br>
<br>
and for an overview of our policy on new format development (and why<br>
we encourage existing code to be contributed as a Bio-Formats reader),<br>
please see:<br>
<br>
<a href="http://blog.openmicroscopy.org/file-formats/community/2016/01/06/format-support/" rel="noreferrer" target="_blank">http://blog.openmicroscopy.<wbr>org/file-formats/community/<wbr>2016/01/06/format-support/</a><br>
<br>
Regards,<br>
-Melissa<br>
<div><div class="h5"><br>
On Mon, Oct 17, 2016 at 1:02 PM, Paul Richards<br>
<<a href="mailto:paulrichards321@gmail.com">paulrichards321@gmail.com</a>> wrote:<br>
> I have started two open source programs to view some Olympus SlideScan.ini<br>
> files and convert into Tiff format. However I cannot get the top level of<br>
> the pyramid lined up with the second level and was wondering if anyone here<br>
> could help. Basically there is no Mac or Linux open source viewer for this<br>
> file format that I know of. If you guys have one please let me know!<br>
><br>
><br>
><br>
> The slides are composed of a ton of jpgs that are tiled and four files with<br>
> an .ini extention. Each of the four ini files detail a scan magnification<br>
> level (40x, 20x, 1.25x,etc.) and give the details of the coordinates of the<br>
> jpgs. Inside the start of the ini files are some initial scanning values, do<br>
> you know what lXOffset and lYOffset might mean when the slide is scanned? I<br>
> understand the x and y stage ref variables, image width and height, and step<br>
> sizes, but not sure what the lXOffset and lYOffset mean. Notice there is<br>
> [Da0] in my text below which is the first file Da0.jpg. There are a ton of<br>
> Da?.jpg files and the coordinates are in this file. I understand the x, y,<br>
> and z coordinates, and the t variable equals time but what also could the s<br>
> variable mean?<br>
><br>
><br>
><br>
> The problem I am having is that the levels of the pyramid aren’t aligned<br>
> right when you zoom in. In other words when I use my own program that<br>
> renders this or a Leica Windows ImageScope application to zoom in it zooms<br>
> in on a completely different section of the slide so I know my image data is<br>
> wrong in my own generated file. I am thinking that the lXOffset and lYOffset<br>
> might have something to do with it but I tried subtracting or adding these<br>
> offsets to the start of the next pyramid level but it still doesn’t line up<br>
> correctly, and overall it doesn’t have much effect actually. I tried<br>
> performing all kinds of calculations and triple and quadruple checking my<br>
> own calculations with these offset values for literally *HOURS* and have not<br>
> had any luck so I am not sure what they mean. The bottom two layers line up<br>
> ok, but the top layer seems to have been scanned at a different location and<br>
> can’t figure out how to calculate the starting x and y. It’s not just this<br>
> slide either, all the slides I use are like this.<br>
><br>
><br>
><br>
> Any help is greatly appreciated! I know I’m probably short on details, let<br>
> me know if there is anything else you need to know. I have not published my<br>
> code anywhere yet, let me know if that would help as well. Basically I am<br>
> just looking for the method to match the 3rd level up with the 2nd level. I<br>
> can get my own program to line up one individual slide by adjusting some<br>
> variables, however it then does not work for the next slide so I know I am<br>
> missing some part of the equation.<br>
><br>
><br>
><br>
> Here is the start of FinalScan.ini, a slide magnified at 40x (but there are<br>
> three other levels to it as well, 20x, and what I think is 1.25x and a<br>
> “thumbnail” type image at the top of the pyramid):<br>
><br>
><br>
><br>
> lXStageRef=278000<br>
><br>
> lYStageRef=142500<br>
><br>
> iImageWidth=752<br>
><br>
> iImageHeight=480<br>
><br>
> lXStepSize=1588<br>
><br>
> lYStepSize=1182<br>
><br>
> lXOffset=-554<br>
><br>
> lYOffset=-3444<br>
><br>
> dMagnification=40<br>
><br>
> tImageType=.jpg<br>
><br>
> iFinalImageQuality=70<br>
><br>
> tFolder=Duke Pathology 200<br>
><br>
> lAnalysisImageCount=13421<br>
><br>
> lCalibrationImageCount=0<br>
><br>
> tWebSlideTitle=Kidney, Infarct, Recent<br>
><br>
> tCopyright=<br>
><br>
> tAnimalSource=<br>
><br>
> tBodySystem=<br>
><br>
> tOrganSource=<br>
><br>
> tSlideSource=<br>
><br>
> tPathology=<br>
><br>
> tDescription=<br>
><br>
> tWebSlideCollection=<br>
><br>
> tContributor=<br>
><br>
> tTissueType=<br>
><br>
> tStudy=<br>
><br>
> [Da0]<br>
><br>
> x=125041<br>
><br>
> y=56260<br>
><br>
> z=-15500<br>
><br>
> t=7<br>
><br>
> s=2<br>
><br>
> [more tile coordinates clipped, from Da1 to Da13420…]<br>
><br>
><br>
><br>
> Paul F. Richards<br>
><br>
><br>
><br>
</div></div>> ______________________________<wbr>_________________<br>
> ome-users mailing list<br>
> <a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk">ome-users@lists.<wbr>openmicroscopy.org.uk</a><br>
> <a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.openmicroscopy.<wbr>org.uk/mailman/listinfo/ome-<wbr>users</a><br>
><br>
</blockquote></div><br></div>