<div dir="ltr">







<p class="gmail-p1"><span class="gmail-s1">I</span> have started two open source programs to view some Olympus
SlideScan.ini files and convert into Tiff format. However I cannot get the top
level of the pyramid lined up with the second level and was wondering if anyone
here could help. Basically there is no Mac or Linux open source viewer for this
file format that I know of. If you guys have one please let me know!  </p>
















<p class="MsoNormal"><span></span></p>

<p class="MsoNormal"><span> </span></p>

<p class="MsoNormal">The slides are composed of a ton of jpgs that are tiled and
four files with an .ini extention. Each of the four ini files detail a scan
magnification level (40x, 20x, 1.25x,etc.) and give the details of the
coordinates of the jpgs. Inside the start of the ini files are some initial
scanning values, do you know what lXOffset and lYOffset might mean when the
slide is scanned? I understand the x and y stage ref variables, image width and
height, and step sizes, but not sure what the lXOffset and lYOffset mean.
Notice there is [Da0] in my text below which is the first file Da0.jpg. There
are a ton of Da?.jpg files and the coordinates are in this file. I understand
the x, y, and z coordinates, and the t variable equals time but what also could
the s variable mean? <span></span></p>

<p class="MsoNormal"> <span></span></p>

<p class="MsoNormal">The problem I am having is that the levels of the pyramid
aren’t aligned right when you zoom in. In other words when I use my own program
that renders this or a Leica Windows ImageScope application to zoom in it zooms
in on a completely different section of the slide so I know my image data is
wrong in my own generated file. I am thinking that the lXOffset and lYOffset
might have something to do with it but I tried subtracting or adding these
offsets to the start of the next pyramid level but it still doesn’t line up
correctly, and overall it doesn’t have much effect actually. I tried performing
all kinds of calculations and triple and quadruple checking my own calculations
with these offset values for literally *<b>HOURS</b>* and have not had any luck
so I am not sure what they mean. The bottom two layers line up ok, but the top
layer seems to have been scanned at a different location and can’t figure out
how to calculate the starting x and y. It’s not just this slide either, all the slides I use
are like this.<span></span></p>

<p class="MsoNormal"> <span></span></p>

<p class="MsoNormal">Any help is greatly appreciated! I know I’m probably short
on details, let me know if there is anything else you need to know. I have not
published my code anywhere yet, let me know if that would help as well.
Basically I am just looking for the method to match the 3^rd level up
with the 2^nd level. I can get my own program to line up one
individual slide by adjusting some variables, however it then does not work for
the next slide so I know I am missing some part of the equation.<span></span></p>

<p class="MsoNormal"> <span></span></p>

<p class="MsoNormal">Here is the start of FinalScan.ini, a slide magnified at 40x
(but there are three other levels to it as well, 20x, and what I think is 1.25x
and a “thumbnail” type image at the top of the pyramid):<span></span></p>

<p class="MsoNormal"> <span></span></p>

<p class="MsoNormal">lXStageRef=278000<span></span></p>

<p class="MsoNormal">lYStageRef=142500<span></span></p>

<p class="MsoNormal">iImageWidth=752<span></span></p>

<p class="MsoNormal">iImageHeight=480<span></span></p>

<p class="MsoNormal">lXStepSize=1588<span></span></p>

<p class="MsoNormal">lYStepSize=1182<span></span></p>

<p class="MsoNormal">lXOffset=-554<span></span></p>

<p class="MsoNormal">lYOffset=-3444<span></span></p>

<p class="MsoNormal">dMagnification=40<span></span></p>

<p class="MsoNormal">tImageType=.jpg<span></span></p>

<p class="MsoNormal">iFinalImageQuality=70<span></span></p>

<p class="MsoNormal">tFolder=Duke Pathology 200<span></span></p>

<p class="MsoNormal">lAnalysisImageCount=13421<span></span></p>

<p class="MsoNormal">lCalibrationImageCount=0<span></span></p>

<p class="MsoNormal">tWebSlideTitle=Kidney, Infarct, Recent<span></span></p>

<p class="MsoNormal">tCopyright=<span></span></p>

<p class="MsoNormal">tAnimalSource=<span></span></p>

<p class="MsoNormal">tBodySystem=<span></span></p>

<p class="MsoNormal">tOrganSource=<span></span></p>

<p class="MsoNormal">tSlideSource=<span></span></p>

<p class="MsoNormal">tPathology=<span></span></p>

<p class="MsoNormal">tDescription=<span></span></p>

<p class="MsoNormal">tWebSlideCollection=<span></span></p>

<p class="MsoNormal">tContributor=<span></span></p>

<p class="MsoNormal">tTissueType=<span></span></p>

<p class="MsoNormal">tStudy=<span></span></p>

<p class="MsoNormal">[Da0]<span></span></p>

<p class="MsoNormal">x=125041<span></span></p>

<p class="MsoNormal">y=56260<span></span></p>

<p class="MsoNormal">z=-15500<span></span></p>

<p class="MsoNormal">t=7<span></span></p>

<p class="MsoNormal">s=2<span></span></p>

<p class="MsoNormal">[more tile coordinates clipped, from Da1 to Da13420…]<span></span></p>

<p class="MsoNormal"> <span></span></p>

<p class="MsoNormal">Paul F. Richards<span></span></p>

<p class="MsoNormal"><br></p>

</div>