<html dir="ltr">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
<style type="text/css" id="owaParaStyle"></style>
</head>
<body fpstyle="1" ocsi="0">
<div style="direction: ltr;font-family: Tahoma;color: #000000;font-size: 10pt;">Hi All - 
<div><br>
</div>
<div>We have some Micro-manager files saved as one tiff per channel taken with a recent version of Micro-manager 2.0 that will not open properly in the Bio-formats importer. I've put examples of the problematic files at http://nic.ucsf.edu/MMexamples.zip. I
 get the following error:</div>
<div><br>
</div>
<div>Thanks for your help.</div>
<div>Kurt</div>
<div>
<div> </div>
<div>java.lang.IllegalArgumentException: ZCT size vs image count mismatch (sizeZ=1, sizeC=1, sizeT=3, total=27)</div>
<div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"></span>at loci.formats.FormatTools.getZCTCoords(FormatTools.java:578)</div>
<div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"></span>at loci.formats.in.MicromanagerReader$Position.getFile(MicromanagerReader.java:1125)</div>
<div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"></span>at loci.formats.in.MicromanagerReader$Position.getFile(MicromanagerReader.java:1119)</div>
<div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"></span>at loci.formats.in.MicromanagerReader.parsePosition(MicromanagerReader.java:444)</div>
<div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"></span>at loci.formats.in.MicromanagerReader.initFile(MicromanagerReader.java:298)</div>
<div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"></span>at loci.formats.FormatReader.setId(FormatReader.java:1401)</div>
<div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"></span>at loci.plugins.in.ImportProcess.initializeFile(ImportProcess.java:505)</div>
<div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"></span>at loci.plugins.in.ImportProcess.execute(ImportProcess.java:143)</div>
<div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"></span>at loci.plugins.in.Importer.showDialogs(Importer.java:140)</div>
<div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"></span>at loci.plugins.in.Importer.run(Importer.java:76)</div>
<div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"></span>at loci.plugins.LociImporter.run(LociImporter.java:78)</div>
<div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"></span>at ij.IJ.runUserPlugIn(IJ.java:217)</div>
<div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"></span>at ij.IJ.runPlugIn(IJ.java:181)</div>
<div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"></span>at ij.Executer.runCommand(Executer.java:137)</div>
<div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"></span>at ij.Executer.run(Executer.java:66)</div>
<div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"></span>at java.lang.Thread.run(Thread.java:745)</div>
</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
</div>
</body>
</html>