<div dir="ltr">Hi Kai,<div><br></div><div><div>> I realised that updating to the latest version is only possible when</div><div>> Java 8 is check in the update manager while at the same time</div><div>> bio-formats IS NOT checked. If only bio-formats or both are checked,</div><div>> then version 5.1.10 is installed.</div></div><div><br></div><div>The Bio-Formats update site is intended for previewing _unreleased and hence unstable_ versions of Bio-Formats.</div><div><br></div><div>Unfortunately, it was still configured to build the 5.1.x development branch, and hence had fallen out of date compared to the Bio-Formats 5.2.x releases which have already taken place.</div><div><br></div><div>I have now updated it to build the develop branch (currently 5.2.x). So if you update your Fiji with the Bio-Formats update site enabled, you should see (as of this writing) Revision 011d303e, with release listed as"5.2.2-DEV" (note that unlike Maven SNAPSHOTs, this refers to a state _after_ the 5.2.2 release).</div><div><br></div><div><div>> Since we are also running OMERO, I am a big fan of the omero-fiji</div><div>> connector, which works great for me! As we are currently running OMERO</div><div>> 5.2.5, I was wondering whether this connector could also be included</div><div>> in an update site for fiji. Currently we find only 5.0 and 5.1.</div></div><div><br></div><div>Are you talking about the OMERO-5.0 and OMERO-5.1 update sites, which ship the ImageJ-OMERO project [1]?</div><div><br></div><div>If so, I will try to find time to update that to OMERO 5.2.x.</div><div><br></div><div>Regards,</div><div>Curtis</div><div><br></div><div>[1] <a href="https://github.com/imagej/imagej-omero" target="_blank">https://github.com/imagej/<wbr>imagej-omero</a></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><span style="font-size:12.8px">--</span></div><div><span style="font-size:12.8px">Curtis Rueden</span><br></div><div><span style="font-size:12.8px">LOCI software architect - <a href="http://loci.wisc.edu/software" target="_blank">http://loci.wisc.edu/software</a></span></div><div>ImageJ2 lead, Fiji maintainer - <span style="font-size:12.8px"><a href="http://imagej.net/User:Rueden" target="_blank">http://imagej.net/User:<wbr>Rueden</a></span></div><div>Did you know ImageJ has a forum? <a href="http://forum.imagej.net/" target="_blank">http://forum.imagej.net/</a></div><div><br></div></div></div></div></div></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">On Wed, Sep 14, 2016 at 6:12 AM, Kai Schleicher <span dir="ltr"><<a href="mailto:kai.schleicher@unibas.ch" target="_blank">kai.schleicher@unibas.ch</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi,<br>
<br>
I encountered a bug when using the bio-formats exporter to save individual *.tifs  (per channel as well as per timepoint) from a two channel timelaps hyperstack recorded on a Deltavision microscope with softworx (*.dv). I have uploaded said image as ID 17340 here:<br>
<a href="https://www.openmicroscopy.org/qa2/qa/feedback/17340/?token=817ba470200e9765b861241874bd8077" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.openmicroscopy.org<wbr>/qa2/qa/feedback/17340/?token=<wbr>817ba470200e9765b861241874bd80<wbr>77</a><br>
<br>
In detail I believe that channels and timepoints get mixed up as the image for Channel 0 timepoint 1 is actually channel 1 timepoint 0 and so on.<br>
<br>
I am using the latest bio-formats version 5.2.2.<br>
<br>
Concerning this I realised that updating to the latest version is only possible when Java 8 is check in the update manager while at the same time bio-formats IS NOT checked.<br>
If only bio-formats or both are checked, then version 5.1.10 is installed.<br>
<br>
This seems a bit counter-intuitive to me, if possible I think it'd be easiest from a user perspective to keep updating the bio-formats from the respective update site.<br>
Just as a comment, I was also wondering if it'd be possible to show the bio-formats version number in the splash screen of the importer? This way it'd easier for our facility users to find out which version they have installed.<br>
<br>
Since we are also running OMERO, I am a big fan of the omero-fiji connector, which works great for me! As we are currently running OMERO 5.2.5, I was wondering whether this connector could also be included in an update site for fiji. Currently we find only 5.0 and 5.1.<br>
<br>
Thanks for your help and cheers,<br>
Kai<span><font color="#888888"><br>
<br>
-- <br>
<br>
Kai Schleicher, PhD | Research Associate in Advanced Light Microscopy | Biozentrum, University of Basel | Klingelbergstrasse 50/70 | CH-4056 Basel |<br>
Phone: <a href="tel:%2B41%2061%20267%2022%2050" value="+41612672250" target="_blank">+41 61 267 22 50</a> | <a href="mailto:kai.schleicher@unibas.ch" target="_blank">kai.schleicher@unibas.ch</a> | <a href="http://www.biozentrum.unibas.ch" rel="noreferrer" target="_blank">www.biozentrum.unibas.ch</a> | <a href="http://www.microscopynetwork.unibas.ch" rel="noreferrer" target="_blank">www.microscopynetwork.unibas.c<wbr>h</a><br>
<br>
______________________________<wbr>_________________<br>
ome-users mailing list<br>
<a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk" target="_blank">ome-users@lists.openmicroscopy<wbr>.org.uk</a><br>
<a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.openmicroscopy.or<wbr>g.uk/mailman/listinfo/ome-user<wbr>s</a><br>
</font></span></blockquote></div><br></div></div>