<div dir="ltr"><div><div>Hi Qi,<br><br></div>In general CZI images, including WSI images, are supported by BioFormats and as you know, you need lots of memory allocated. However, internally JPEG-XR-compressed CZI images are currently not yet supported at all. This is expected to change in the near future. Meanwhile, you can save the images in uncompressed format using Zeiss's ZEN application in order to read them with your application with BioFormats.<br><br></div>- Damir<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Jun 8, 2016 at 2:00 PM, Qi Gong <span dir="ltr"><<a href="mailto:qigong@gwmail.gwu.edu" target="_blank">qigong@gwmail.gwu.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hello everyone,<div><br></div><div>Sorry for bother. I want to know could I use Bio-Formats read .czi format WSI image in matlab? I could read in .svs and .ndpi formats now. When I used same code to read in .czi file, matlab gave me error. Thank you very much.</div><div><br></div><div><div>>> WSI_data = bfGetReader('C:\000_whole_slides\WSIcziexample.czi');</div><div><br></div><div>Warning: *** Insufficient memory detected. ***</div><div>*** 352m found ***</div><div>*** 512m or greater is recommended ***</div><div>*** See <a href="http://www.mathworks.com/matlabcentral/answers/92813" target="_blank">http://www.mathworks.com/matlabcentral/answers/92813</a> ***</div><div>*** for instructions on increasing memory allocation. ***</div><div> </div><div>> In bfCheckJavaMemory (line 53)</div><div>  In bfGetReader (line 47) </div><div>Error using bfGetReader (line 85)</div><div>Java exception occurred:</div><div>loci.formats.UnsupportedCompressionException: JPEG-XR not yet supported</div><div><br></div><div><span style="white-space:pre-wrap">   </span>at loci.formats.in.ZeissCZIReader$SubBlock.readPixelData(ZeissCZIReader.java:2936)</div><div><br></div><div><span style="white-space:pre-wrap">      </span>at loci.formats.in.ZeissCZIReader$SubBlock.readPixelData(ZeissCZIReader.java:2908)</div><div><br></div><div><span style="white-space:pre-wrap">      </span>at loci.formats.in.ZeissCZIReader.initFile(ZeissCZIReader.java:557)</div><div><br></div><div><span style="white-space:pre-wrap">     </span>at loci.formats.FormatReader.setId(FormatReader.java:1426)</div><div><br></div><div><span style="white-space:pre-wrap">      </span>at loci.formats.ImageReader.setId(ImageReader.java:835)</div><div><br></div><div><span style="white-space:pre-wrap"> </span>at loci.formats.ReaderWrapper.setId(ReaderWrapper.java:651)</div><div><br></div><div><span style="white-space:pre-wrap">     </span>at loci.formats.ChannelFiller.setId(ChannelFiller.java:223)</div><div><br></div><div><span style="white-space:pre-wrap">     </span>at loci.formats.ReaderWrapper.setId(ReaderWrapper.java:651)</div><div><br></div><div><span style="white-space:pre-wrap">     </span>at loci.formats.ChannelSeparator.setId(ChannelSeparator.java:289)</div><div><br></div><div>Regards,</div><div>Qi</div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div><br></div>-- <br><div data-smartmail="gmail_signature">mobile phone: <a href="tel:2024060862" value="+12024060862" target="_blank">2024060862</a></div>
</font></span></div></div>
<br>_______________________________________________<br>
ome-users mailing list<br>
<a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a><br>
<a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users</a><br>
<br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr">Damir Sudar - Staff Scientist<br>Lawrence Berkeley National Laboratory<br>One Cyclotron Road, MS 977, Berkeley, CA 94720, USA<br>T: 510/486-5346 - F: 510/486-5586 - E: <a href="mailto:DSudar@lbl.gov" target="_blank">DSudar@lbl.gov</a><br><br></div></div><div>Visiting Scientist, Oregon Health and Science University</div></div></div></div></div></div></div>
</div>