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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal">Hi,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">My name is Robert and I’m a senior software engineer working in Andor Technology. I was trying to use Bio-Formats importer in Fiji to open files (Files->Import->Bio Formats) created in Imaris format (*.ims) and I was getting I/O error when
trying to open multi-channel image. It seems to be a problem with metadata block being too big to open by NetcdfFile.open() method. I use the latest Bio-Formats plugin (v5.1.10) which uses netcdf-4.3.19.jar to open Imaris files. When I updated the netcdf library
in Fiji\jars folder to the latest version (netcdfAll-4.6.5.jar) the problem with opening the Imaris files seems to be fixed. Would be possible to update netcdf library in the next Fiji release to fix this problem?<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">I also attached the ims file that causing the I/O error in Fiji.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Many Thanks,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Robert Chodkowski<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Senior Software Engineer<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Andor Technology<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#222222">Springvale Business Park<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#222222">7 Millennium Way, <o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#222222">Belfast, <o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#222222">Co. Antrim <o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#222222">BT12 7AL<br>
Tel: +44 (0)28 9023 7126<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><a href="mailto:r.chodkowski@andor.com">mailto:r.chodkowski@andor.com</a><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">skype: andor.r.chodkowski<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:"Arial Narrow","sans-serif";color:gray;mso-fareast-language:EN-GB"><img border="0" width="247" height="25" id="Picture_x0020_3" src="cid:image002.png@01D1B5DA.1B890E80" alt="Andor Bitplane"></span><span style="font-family:"Arial Narrow","sans-serif";color:gray">
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:"Arial Narrow","sans-serif";color:gray"> </span><span style="font-family:"Arial Narrow","sans-serif";color:gray;mso-fareast-language:EN-GB"><img border="0" width="157" height="55" id="Picture_x0020_2" src="cid:image003.jpg@01D1B5DA.1B890E80" alt="Oxford"></span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Error details:<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="mso-fareast-language:EN-GB"><img border="0" width="349" height="132" id="Picture_x0020_1" src="cid:image001.png@01D1B5D8.D76F3D10"></span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Stack trace log:<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">java.io.IOException: java.lang.IllegalStateException: MessageDataspace: unknown version= 117<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ucar.nc2.NetcdfFile.open(NetcdfFile.java:425)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ucar.nc2.NetcdfFile.open(NetcdfFile.java:392)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ucar.nc2.NetcdfFile.open(NetcdfFile.java:379)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ucar.nc2.NetcdfFile.open(NetcdfFile.java:367)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at loci.formats.services.NetCDFServiceImpl.init(NetCDFServiceImpl.java:307)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at loci.formats.services.NetCDFServiceImpl.setFile(NetCDFServiceImpl.java:100)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at loci.formats.in.ImarisHDFReader.initFile(ImarisHDFReader.java:247)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at loci.formats.FormatReader.setId(FormatReader.java:1426)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at loci.plugins.in.ImportProcess.initializeFile(ImportProcess.java:505)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at loci.plugins.in.ImportProcess.execute(ImportProcess.java:143)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at loci.plugins.in.Importer.showDialogs(Importer.java:140)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at loci.plugins.in.Importer.run(Importer.java:76)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at loci.plugins.LociImporter.run(LociImporter.java:78)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ij.IJ.runUserPlugIn(IJ.java:216)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ij.IJ.runPlugIn(IJ.java:180)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ij.Executer.runCommand(Executer.java:137)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ij.Executer.run(Executer.java:66)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at java.lang.Thread.run(Thread.java:745)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Caused by: java.lang.IllegalStateException: MessageDataspace: unknown version= 117<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ucar.nc2.iosp.hdf5.H5header$MessageDataspace.read(H5header.java:2826)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ucar.nc2.iosp.hdf5.H5header$MessageAttribute.read(H5header.java:3683)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ucar.nc2.iosp.hdf5.H5header$DataObject.processAttributeInfoMessage(H5header.java:2364)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ucar.nc2.iosp.hdf5.H5header$DataObject.<init>(H5header.java:2332)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ucar.nc2.iosp.hdf5.H5header$DataObject.<init>(H5header.java:2180)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ucar.nc2.iosp.hdf5.H5header.getDataObject(H5header.java:2027)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ucar.nc2.iosp.hdf5.H5header.access$600(H5header.java:70)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ucar.nc2.iosp.hdf5.H5header$DataObjectFacade.<init>(H5header.java:2073)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ucar.nc2.iosp.hdf5.H5header.readGroupNew(H5header.java:3911)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ucar.nc2.iosp.hdf5.H5header.access$900(H5header.java:70)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ucar.nc2.iosp.hdf5.H5header$H5Group.<init>(H5header.java:2153)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ucar.nc2.iosp.hdf5.H5header$H5Group.<init>(H5header.java:2118)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ucar.nc2.iosp.hdf5.H5header.makeNetcdfGroup(H5header.java:472)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ucar.nc2.iosp.hdf5.H5header.read(H5header.java:215)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ucar.nc2.iosp.hdf5.H5iosp.open(H5iosp.java:128)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ucar.nc2.NetcdfFile.<init>(NetcdfFile.java:1521)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ucar.nc2.NetcdfFile.open(NetcdfFile.java:813)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ucar.nc2.NetcdfFile.open(NetcdfFile.java:422)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> ... 17 more<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Information about your version of Java:<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"> os.arch => amd64<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> os.name => Windows 7<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> os.version => 6.1<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> java.version => 1.8.0_66<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> java.vendor => Oracle Corporation<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> java.runtime.name => Java(TM) SE Runtime Environment<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> java.runtime.version => 1.8.0_66-b18<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> java.vm.name => Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> java.vm.version => 25.66-b18<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> java.vm.vendor => Oracle Corporation<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> java.vm.info => mixed mode<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> java.awt.graphicsenv => sun.awt.Win32GraphicsEnvironment<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> java.specification.name => Java Platform API Specification<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> java.specification.version => 1.8<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> sun.cpu.endian => little<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> sun.desktop => windows<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> file.separator => \<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">The up-to-date check says: REMIND_LATER<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Information relevant to JAVA_HOME related problems:<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"> JAVA_HOME is set to: C:\Tools\Fiji.app/java/win64/jdk1.8.0_66//jre<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> imagej.dir => C:\Tools\Fiji.app<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Information about the version of each plugin:<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Activated update sites:<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">ImageJ: http://update.imagej.net/ (last check:20160504193521)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Fiji: http://update.fiji.sc/ (last check:20160509090721)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Java-8: http://sites.imagej.net/Java-8/ (last check:20160518185210)<o:p></o:p></p>
</div>
<br><br>
<P align=center><FONT style="BACKGROUND-COLOR: #ffffff">This message has been scanned for malware by SurfControl plc. </FONT><A href="http://www.surfcontrol.com/"><FONT style="BACKGROUND-COLOR: #ffffff" color=#000000>www.surfcontrol.com</FONT></A></P>
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