<div dir="ltr">Dear Sebastien,<div><br></div><div>Thank you for your quick followup.</div><div>I have uploaded the following file: ExampleFile - LiFlimReader fix ExposureTime.fli</div><div><br></div><div>Looking forward to see it being fixed.</div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><span style="font-size:12.8px">With best regards,</span><br style="font-size:12.8px"><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">Johan Herz, Sales Engineer </span><br style="font-size:12.8px"><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">Tel: +31-50-501-8461 | Skype: lambert-johan</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">Lambert Instruments BV|Leonard Springerlaan 19 (5th floor)|9727 KB Groningen|The Netherlands</span><br style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">Dutch Chamber of Commerce nr.: 52396940 | </span><a href="http://www.lambertinstruments.com/" style="font-size:12.8px" target="_blank">www.lambertinstruments.com</a><br></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">2016-04-20 23:19 GMT+02:00 Sebastien Besson (Staff) <span dir="ltr"><<a href="mailto:s.besson@dundee.ac.uk" target="_blank">s.besson@dundee.ac.uk</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">



<div style="word-wrap:break-word">
Dear Johan,
<div><br>
</div>
<div>many thanks for your bug report. It looks like your assumption is correct and that</div>
<div>the metadata check for ExposureTime key is not stringent enough. I have</div>
<div>opened a Pull Request <a href="https://github.com/openmicroscopy/bioformats/pull/2364" target="_blank">https://github.com/openmicroscopy/bioformats/pull/2364</a></div>
<div>with a proposed fix which I would expect to be available with Bio-Formats 5.2.0.</div>
<div><br>
</div>
<div>In order to facilitate our testing and to prevent future regressions, would it be</div>
<div>possible for you to upload a sample .fli file at <a href="http://qa.openmicroscopy.org.uk/qa/upload/" target="_blank">http://qa.openmicroscopy.org.uk/qa/upload/</a></div>
<div>reproducing the problem?</div>
<div><br>
</div>
<div>Best regards,</div>
<div>Sebastien</div>
<div>
<div><br>
<blockquote type="cite"><div><div class="h5">
<div>On 20 Apr 2016, at 11:35, Johan Herz <<a href="mailto:johan@lambertinstruments.com" target="_blank">johan@lambertinstruments.com</a>> wrote:</div>
<br>
</div></div><div><div><div class="h5">
<div dir="ltr"><font face="monospace, monospace">Dear All,</font>
<div><font face="monospace, monospace"><br>
</font></div>
<div><font face="monospace, monospace">To whom it may concern, I would like to report a Bug I encounter in Bioformats.</font></div>
<div><font face="monospace, monospace">The following exception is thrown by Fiji:</font></div>
<div><font face="monospace, monospace"><br>
</font></div>
<div>
<div><font face="monospace, monospace">java.lang.StringIndexOutOfBoundsException: String index out of range: -1</font></div>
</div>
<div>
<div><font face="monospace, monospace"><span style="white-space:pre-wrap"></span>at java.lang.String.substring(String.java:1937)</font></div>
</div>
<div>
<div><font face="monospace, monospace"><span style="white-space:pre-wrap"></span>at loci.formats.in.LiFlimReader.initOriginalMetadata(LiFlimReader.java:334)</font></div>
</div>
<div><font face="monospace, monospace"><br>
</font></div>
<div><font face="monospace, monospace">I have a .fli file with the following header entry:</font></div>
<div><font face="monospace, monospace"><span style="white-space:pre-wrap"> 
</span>'LockExposureTime = 0'<br>
</font></div>
<div><font face="monospace, monospace">and while looking at the code in LiFlimReader.java I think that this conflicts with to following:</font></div>
<div><font face="monospace, monospace"><br>
</font></div>
<div><font face="monospace, monospace">315<span style="white-space:pre-wrap"> 
</span>else if (metaKey.endsWith("ExposureTime")) {</font></div>
<div><font face="monospace, monospace">316<span style="white-space:pre-wrap">   </span><span style="white-space:pre-wrap"> 
</span>int space = value.indexOf(" ");</font></div>
<div><font face="monospace, monospace">317<span style="white-space:pre-wrap">   </span><span style="white-space:pre-wrap"> 
</span><span style="white-space:pre-wrap"></span>double expTime = Double.parseDouble(value.substring(0, space));</font></div>
<div><font face="monospace, monospace">318<span style="white-space:pre-wrap">   </span><span style="white-space:pre-wrap"> 
</span>String units = value.substring(space + 1).toLowerCase();</font></div>
<div><font face="monospace, monospace">319<span style="white-space:pre-wrap">   </span><span style="white-space:pre-wrap"> 
</span>if (units.equals("ms")) {</font></div>
<div><font face="monospace, monospace">320<span style="white-space:pre-wrap">   </span><span style="white-space:pre-wrap">   </span><span style="white-space:pre-wrap"> 
</span><span style="white-space:pre-wrap"></span>expTime /= 1000;</font></div>
<div><font face="monospace, monospace">321<span style="white-space:pre-wrap">   </span><span style="white-space:pre-wrap"> 
</span>}</font></div>
<div><font face="monospace, monospace"><br>
</font></div>
<div><font face="monospace, monospace">I think for future releases of Bioformats this still can cause a conflict in case a different Header entry ends with "ExposureTime"</font></div>
<div><font face="monospace, monospace"><br>
</font></div>
<div><font face="monospace, monospace">Please contact me for further questions and I will be looking forward to receiving a reply.</font></div>
<div><font face="monospace, monospace"><br clear="all">
</font>
<div>
<div>
<div dir="ltr"><font face="monospace, monospace"><span style="font-size:12.8px">With best regards,</span><br style="font-size:12.8px">
<br style="font-size:12.8px">
<span style="font-size:12.8px">Johan Herz, Sales Engineer </span><br style="font-size:12.8px">
<br style="font-size:12.8px">
<span style="font-size:12.8px">Tel: <a href="tel:%2B31-50-501-8461" value="+31505018461" target="_blank">+31-50-501-8461</a> | Skype: lambert-johan</span><br style="font-size:12.8px">
<span style="font-size:12.8px">Lambert Instruments BV|Leonard Springerlaan 19 (5th floor)|9727 KB Groningen|The Netherlands</span><br style="font-size:12.8px">
<span style="font-size:12.8px">Dutch Chamber of Commerce nr.: 52396940 | </span><a href="http://www.lambertinstruments.com/" style="font-size:12.8px" target="_blank">www.lambertinstruments.com</a></font><br>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div></div></div>
_______________________________________________<br>
ome-users mailing list<br>
<a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk" target="_blank">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a><br>
<a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users" target="_blank">http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users</a><br>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
<br>
<span style="font-size:10pt">The University of Dundee is a registered Scottish Charity, No: SC015096</span>
</div>

</blockquote></div><br></div>