<html>

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=us-ascii">

</head>

<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">

Hi Christian,

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">many thanks for both the bug report and the proposed bug fix at once.</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">I was able to reproduce the stack trace you reported by generating large NIFTI</div>

<div class="">files using the MATLAB toolbox. As the samples are large, uploading them via</div>

<div class="">our QA system will not work as there is a 2GB limit. I will generate a few samples</div>

<div class="">and add them to our data repository.</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">For the bug fix, what you proposed looks completely sensible. Feel free to open</div>

<div class="">a Pull Request directly under the Bio-Formats repository [1]. Otherwise, we can</div>

<div class="">do it on your behalf. Let us know what you prefer.</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">Best,</div>

<div class="">Sebastien</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">[1] <a href="https://github.com/openmicroscopy/bioformats/blob/develop/CONTRIBUTING.md" class="">https://github.com/openmicroscopy/bioformats/blob/develop/CONTRIBUTING.md</a></div>

<div class=""><br class="">

<div>

<blockquote type="cite" class="">

<div class="">On 13 Apr 2016, at 16:04, Christian Niedworok <<a href="mailto:Christian.Niedworok@crick.ac.uk" class="">Christian.Niedworok@crick.ac.uk</a>> wrote:</div>

<br class="Apple-interchange-newline">

<div class="">I have actually managed to find the culprit.<br class="">

<br class="">

Line 151 of NiftiReader:<br class="">

<br class="">

pixelFile.seek(pixelOffset + no * planeSize);<br class="">

<br class="">

all of these variables are declared as int, causing the calculation to<br class="">

be done in int-space, leading to an overflow, before being cast to long.<br class="">

One solution is to change line 150 from<br class="">

<br class="">

int planeSize = FormatTools.getPlaneSize(this);<br class="">

<br class="">

to<br class="">

<br class="">

long planeSize = FormatTools.getPlaneSize(this);<br class="">

<br class="">

<br class="">

Cheers,<br class="">

Christian<br class="">

The Francis Crick Institute Limited is a registered charity in England and Wales no. 1140062 and a company registered in England and Wales no. 06885462, with its registered office at 215 Euston Road, London NW1 2BE.<br class="">

_______________________________________________<br class="">

ome-users mailing list<br class="">

<a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk" class="">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a><br class="">

http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users<br class="">

</div>

</blockquote>

</div>

<br class="">

</div>

<br>

<span style="font-size:10pt;">The University of Dundee is a registered Scottish Charity, No: SC015096</span>

</body>

</html>