<div dir="ltr">Hello,<div><br></div><div>I am trying to convert .nd2 files to .tiff using the Bio-Formats plugin. When I select the importer options and submit I get this exception error message:</div><div><br></div><div><span style="color:rgb(51,51,51);font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace;font-size:14px;line-height:19px;white-space:pre;background-color:rgb(248,248,248)">(Fiji Is Just) ImageJ </span><span class="" style="color:rgb(0,153,153);font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace;font-size:14px;line-height:19px;white-space:pre">2.0</span><span style="color:rgb(51,51,51);font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace;font-size:14px;line-height:19px;white-space:pre;background-color:rgb(248,248,248)">.0-rc-</span><span class="" style="color:rgb(0,153,153);font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace;font-size:14px;line-height:19px;white-space:pre">45</span><span style="color:rgb(51,51,51);font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace;font-size:14px;line-height:19px;white-space:pre;background-color:rgb(248,248,248)">/</span><span class="" style="color:rgb(0,153,153);font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace;font-size:14px;line-height:19px;white-space:pre">1.50</span><span style="color:rgb(51,51,51);font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace;font-size:14px;line-height:19px;white-space:pre;background-color:rgb(248,248,248)">g; Java </span><span class="" style="color:rgb(0,153,153);font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace;font-size:14px;line-height:19px;white-space:pre">1.8</span><span style="color:rgb(51,51,51);font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace;font-size:14px;line-height:19px;white-space:pre;background-color:rgb(248,248,248)">.0_66 [</span><span class="" style="color:rgb(0,153,153);font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace;font-size:14px;line-height:19px;white-space:pre">64</span><span style="color:rgb(51,51,51);font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace;font-size:14px;line-height:19px;white-space:pre;background-color:rgb(248,248,248)">-bit]; Mac OS X </span><span class="" style="color:rgb(0,153,153);font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace;font-size:14px;line-height:19px;white-space:pre">10.11</span><span style="color:rgb(51,51,51);font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace;font-size:14px;line-height:19px;white-space:pre;background-color:rgb(248,248,248)">.2; </span><span class="" style="color:rgb(0,153,153);font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace;font-size:14px;line-height:19px;white-space:pre">95</span><span style="color:rgb(51,51,51);font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace;font-size:14px;line-height:19px;white-space:pre;background-color:rgb(248,248,248)">MB of </span><span class="" style="color:rgb(0,153,153);font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace;font-size:14px;line-height:19px;white-space:pre">5433</span><span style="color:rgb(51,51,51);font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace;font-size:14px;line-height:19px;white-space:pre;background-color:rgb(248,248,248)">MB (</span><span class="" style="color:rgb(0,153,153);font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace;font-size:14px;line-height:19px;white-space:pre">1</span><span style="color:rgb(51,51,51);font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace;font-size:14px;line-height:19px;white-space:pre;background-color:rgb(248,248,248)">%)
 
java.lang.IndexOutOfBoundsException: Index: </span><span class="" style="color:rgb(0,153,153);font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace;font-size:14px;line-height:19px;white-space:pre">0</span><span style="color:rgb(51,51,51);font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace;font-size:14px;line-height:19px;white-space:pre;background-color:rgb(248,248,248)">, Size: </span><span class="" style="color:rgb(0,153,153);font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace;font-size:14px;line-height:19px;white-space:pre">0</span><span style="color:rgb(51,51,51);font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace;font-size:14px;line-height:19px;white-space:pre;background-color:rgb(248,248,248)">
        at java.util.ArrayList.rangeCheck(ArrayList.java:</span><span class="" style="color:rgb(0,153,153);font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace;font-size:14px;line-height:19px;white-space:pre">653</span><span style="color:rgb(51,51,51);font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace;font-size:14px;line-height:19px;white-space:pre;background-color:rgb(248,248,248)">)
        at java.util.ArrayList.</span><span class="" style="color:rgb(51,51,51);font-weight:bold;font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace;font-size:14px;line-height:19px;white-space:pre">get</span><span style="color:rgb(51,51,51);font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace;font-size:14px;line-height:19px;white-space:pre;background-color:rgb(248,248,248)">(ArrayList.java:</span><span class="" style="color:rgb(0,153,153);font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace;font-size:14px;line-height:19px;white-space:pre">429</span><span style="color:rgb(51,51,51);font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace;font-size:14px;line-height:19px;white-space:pre;background-color:rgb(248,248,248)">)
        at loci.formats.FormatReader.getSizeC(FormatReader.java:</span><span class="" style="color:rgb(0,153,153);font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace;font-size:14px;line-height:19px;white-space:pre">719</span><span style="color:rgb(51,51,51);font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace;font-size:14px;line-height:19px;white-space:pre;background-color:rgb(248,248,248)">)
        at loci.formats.</span><span class="" style="color:rgb(51,51,51);font-weight:bold;font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace;font-size:14px;line-height:19px;white-space:pre">in</span><span style="color:rgb(51,51,51);font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace;font-size:14px;line-height:19px;white-space:pre;background-color:rgb(248,248,248)">.NativeND2Reader.initFile(NativeND2Reader.java:</span><span class="" style="color:rgb(0,153,153);font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace;font-size:14px;line-height:19px;white-space:pre">1342</span><span style="color:rgb(51,51,51);font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace;font-size:14px;line-height:19px;white-space:pre;background-color:rgb(248,248,248)">)
        at loci.formats.FormatReader.setId(FormatReader.java:</span><span class="" style="color:rgb(0,153,153);font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace;font-size:14px;line-height:19px;white-space:pre">1426</span><span style="color:rgb(51,51,51);font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace;font-size:14px;line-height:19px;white-space:pre;background-color:rgb(248,248,248)">)
        at loci.formats.DelegateReader.setId(DelegateReader.java:</span><span class="" style="color:rgb(0,153,153);font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace;font-size:14px;line-height:19px;white-space:pre">290</span><span style="color:rgb(51,51,51);font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace;font-size:14px;line-height:19px;white-space:pre;background-color:rgb(248,248,248)">)
        at loci.plugins.</span><span class="" style="color:rgb(51,51,51);font-weight:bold;font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace;font-size:14px;line-height:19px;white-space:pre">in</span><span style="color:rgb(51,51,51);font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace;font-size:14px;line-height:19px;white-space:pre;background-color:rgb(248,248,248)">.ImportProcess.initializeFile(ImportProcess.java:</span><span class="" style="color:rgb(0,153,153);font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace;font-size:14px;line-height:19px;white-space:pre">505</span><span style="color:rgb(51,51,51);font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace;font-size:14px;line-height:19px;white-space:pre;background-color:rgb(248,248,248)">)
        at loci.plugins.</span><span class="" style="color:rgb(51,51,51);font-weight:bold;font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace;font-size:14px;line-height:19px;white-space:pre">in</span><span style="color:rgb(51,51,51);font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace;font-size:14px;line-height:19px;white-space:pre;background-color:rgb(248,248,248)">.ImportProcess.execute(ImportProcess.java:</span><span class="" style="color:rgb(0,153,153);font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace;font-size:14px;line-height:19px;white-space:pre">143</span><span style="color:rgb(51,51,51);font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace;font-size:14px;line-height:19px;white-space:pre;background-color:rgb(248,248,248)">)
        at loci.plugins.</span><span class="" style="color:rgb(51,51,51);font-weight:bold;font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace;font-size:14px;line-height:19px;white-space:pre">in</span><span style="color:rgb(51,51,51);font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace;font-size:14px;line-height:19px;white-space:pre;background-color:rgb(248,248,248)">.Importer.showDialogs(Importer.java:</span><span class="" style="color:rgb(0,153,153);font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace;font-size:14px;line-height:19px;white-space:pre">140</span><span style="color:rgb(51,51,51);font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace;font-size:14px;line-height:19px;white-space:pre;background-color:rgb(248,248,248)">)
        at loci.plugins.</span><span class="" style="color:rgb(51,51,51);font-weight:bold;font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace;font-size:14px;line-height:19px;white-space:pre">in</span><span style="color:rgb(51,51,51);font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace;font-size:14px;line-height:19px;white-space:pre;background-color:rgb(248,248,248)">.Importer.run(Importer.java:</span><span class="" style="color:rgb(0,153,153);font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace;font-size:14px;line-height:19px;white-space:pre">76</span><span style="color:rgb(51,51,51);font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace;font-size:14px;line-height:19px;white-space:pre;background-color:rgb(248,248,248)">)
        at loci.plugins.LociImporter.run(LociImporter.java:</span><span class="" style="color:rgb(0,153,153);font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace;font-size:14px;line-height:19px;white-space:pre">78</span><span style="color:rgb(51,51,51);font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace;font-size:14px;line-height:19px;white-space:pre;background-color:rgb(248,248,248)">)
        at ij.IJ.runUserPlugIn(IJ.java:</span><span class="" style="color:rgb(0,153,153);font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace;font-size:14px;line-height:19px;white-space:pre">212</span><span style="color:rgb(51,51,51);font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace;font-size:14px;line-height:19px;white-space:pre;background-color:rgb(248,248,248)">)
        at ij.IJ.runPlugIn(IJ.java:</span><span class="" style="color:rgb(0,153,153);font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace;font-size:14px;line-height:19px;white-space:pre">176</span><span style="color:rgb(51,51,51);font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace;font-size:14px;line-height:19px;white-space:pre;background-color:rgb(248,248,248)">)
        at ij.Executer.runCommand(Executer.java:</span><span class="" style="color:rgb(0,153,153);font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace;font-size:14px;line-height:19px;white-space:pre">137</span><span style="color:rgb(51,51,51);font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace;font-size:14px;line-height:19px;white-space:pre;background-color:rgb(248,248,248)">)
        at ij.Executer.run(Executer.java:</span><span class="" style="color:rgb(0,153,153);font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace;font-size:14px;line-height:19px;white-space:pre">66</span><span style="color:rgb(51,51,51);font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace;font-size:14px;line-height:19px;white-space:pre;background-color:rgb(248,248,248)">)
        at java.lang.Thread.run(Thread.java:</span><span class="" style="color:rgb(0,153,153);font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace;font-size:14px;line-height:19px;white-space:pre">745</span><span style="color:rgb(51,51,51);font-family:Consolas,Menlo,Monaco,'Lucida Console','Liberation Mono','DejaVu Sans Mono','Bitstream Vera Sans Mono','Courier New',monospace;font-size:14px;line-height:19px;white-space:pre;background-color:rgb(248,248,248)">)</span><br></div><div><br></div><div>I have successfully converted similar files but am having problems with a specific one. Can I send you the file to try and figure out what is wrong? It is over 2gb. </div><div><br></div><div>Thanks for the help,</div><div>Hallie Comfort </div></div>