
<html>

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">

</head>

<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">

<div>

<div>Dear All,</div>

<div><br>

</div>

<div>Today we are releasing Bio-Formats 5.1.8, a point release focusing on bug fixing:</div>

<div><br>

</div>

<div>Java bug fixes, including:</div>

<div>

<ul>

<li>FEI TIFF

<ul>

<li>fixed stage position parsing and whitespace handling (thanks to Antoine Vandecreme)</li></ul>

</li><li>Pyramid TIFF

<ul>

<li>fixed tile reading when a cache (.bfmemo) file is present</li></ul>

</li><li>MicroManager

<ul>

<li>updated to parse JSON data from tags 50839 and 51123</li><li>fixed to detect *_metadata.txt files in addition to metadata.txt files</li><li>fixed to handle datasets with each stack in a single file</li></ul>

</li><li>OME-XML

<ul>

<li>updated to make .ome.xml an official extension</li></ul>

</li><li>OME-TIFF

<ul>

<li>fixed to ignore invalid BinaryOnly elements</li></ul>

</li><li>TIFF

<ul>

<li>fixed caching of BigTIFF files</li></ul>

</li><li>Slidebook

<ul>

<li>fixed handling of montages in Slidebook6Reader (thanks to Richard Myers)</li></ul>

</li><li>Performance improvement for writing files to disk (thanks to Stephane Dallongeville)</li><li>Build system

<ul>

<li>fixed Maven POMs to reduce calls to <a href="http://artifacts.openmicroscopy.org">

artifacts.openmicroscopy.org</a></li><li>fixed bioformats_package.jar to include the loci.formats.tools package</li></ul>

</li></ul>

</div>

<div>Documentation updates, including:</div>

<div>

<ul>

<li>updated format pages to include links to example data</li><li>clarified description of Qu for MATLAB (thanks to Carnë Draug)</li><li>added installation instructions for Octave (thanks to Carnë Draug)</li></ul>

</div>

<div>C++:</div>

<div>

<ul>

<li>Bugfixes to the OME-TIFF writer to correct use of the metadata store with multiple series</li><li>Ensure file and writer state consistency upon close failure</li></ul>

</div>

<div><br>

</div>

<div>The software is available at: <a href="http://downloads.openmicroscopy.org/bio-formats/5.1.8">

http://downloads.openmicroscopy.org/bio-formats/5.1.8</a></div>

<div><br>

</div>

<div>The C++ superbuilds and platform builds will be released shortly.</div>

<div><br>

</div>

<div>Any problems or comments, please use the OME Forums or mailing lists:</div>

<div><a href="http://www.openmicroscopy.org/site/community">http://www.openmicroscopy.org/site/community</a></div>

<div><br>

</div>

<div>Regards,</div>

<div><br>

</div>

<div>The OME Team</div>

</div>

<div><br>

</div>

<br>

<div>

<div>

<div>Dr Helen Flynn</div>

<div>OME Technical Writer</div>

<div>Centre for Gene Regulation & Expression</div>

<div>Open Microscopy Environment</div>

<div>University of Dundee</div>

<div><a href="http://openmicroscopy.org/">http://openmicroscopy.org</a></div>

</div>

</div>

<br>

<br>

<span style="font-size:10pt;">The University of Dundee is a registered Scottish Charity, No: SC015096</span>

</body>

</html>