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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal">Hi,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">The output on one of our microscopes is a tf8.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">We have a user acquiring rather large datasets on it (multichannel + z-stack + time laps, about 7 GB per image), which worked fine in the past.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">However, opening the tf8-files from his last acquisition fails with an error (see below).<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">The acquisition itself finished without error, but it is likely that the C drive of the acquisition machine was low on space at the end of the experiment.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Due to restrictions in the acquisition software (FEI Live Acquisition software) the data has to be recorded to the C drive.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Is there still something that could be done in order to save the data?<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Thanks and cheers,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Kai<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">loci.formats.FormatException: loci.common.ReflectException: Cannot execute method: getNumPages<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at loci.formats.in.TiffJAIReader.initFile(TiffJAIReader.java:149)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at loci.formats.FormatReader.setId(FormatReader.java:1426)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at loci.formats.DelegateReader.setId(DelegateReader.java:298)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at loci.plugins.in.ImportProcess.initializeFile(ImportProcess.java:505)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at loci.plugins.in.ImportProcess.execute(ImportProcess.java:143)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at loci.plugins.in.Importer.showDialogs(Importer.java:140)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at loci.plugins.in.Importer.run(Importer.java:76)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at loci.plugins.LociImporter.run(LociImporter.java:78)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ij.IJ.runUserPlugIn(IJ.java:212)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ij.IJ.runPlugIn(IJ.java:176)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ij.Executer.runCommand(Executer.java:136)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ij.Executer.run(Executer.java:65)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ij.IJ.run(IJ.java:292)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ij.IJ.run(IJ.java:267)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ij.macro.Functions.doRun(Functions.java:603)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ij.macro.Functions.doFunction(Functions.java:96)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ij.macro.Interpreter.doStatement(Interpreter.java:230)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ij.macro.Interpreter.doStatements(Interpreter.java:218)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ij.macro.Interpreter.run(Interpreter.java:115)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ij.macro.Interpreter.run(Interpreter.java:85)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at ij.macro.MacroRunner.run(MacroRunner.java:139)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at java.lang.Thread.run(Thread.java:662)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Caused by: loci.common.ReflectException: Cannot execute method: getNumPages<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at loci.common.ReflectedUniverse.exec(ReflectedUniverse.java:316)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at loci.formats.in.TiffJAIReader.initFile(TiffJAIReader.java:146)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> ... 21 more<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Caused by: java.lang.reflect.InvocationTargetException<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(NativeMethodAccessorImpl.java:39)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(DelegatingMethodAccessorImpl.java:25)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at java.lang.reflect.Method.invoke(Method.java:597)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at loci.common.ReflectedUniverse.exec(ReflectedUniverse.java:311)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> ... 22 more<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Caused by: java.io.IOException: Bad magic number, should be 42.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at com.sun.media.jai.codecimpl.CodecUtils.toIOException(CodecUtils.java:76)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at com.sun.media.jai.codecimpl.TIFFImageDecoder.getNumPages(TIFFImageDecoder.java:98)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> ... 27 more<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Caused by: java.lang.IllegalArgumentException: Bad magic number, should be 42.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at com.sun.media.jai.codec.TIFFDirectory.getNumDirectories(TIFFDirectory.java:601)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> at com.sun.media.jai.codecimpl.TIFFImageDecoder.getNumPages(TIFFImageDecoder.java:96)<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> ... 27 more<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">--<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Kai Schleicher, PhD | Research Associate in Advanced Light Microscopy | Biozentrum, University of Basel | Klingelbergstrasse 50/70 | CH-4056 Basel<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Phone: +41 61 267 22 50 | <a href="mailto:kai.schleicher@unibas.ch">
<span style="color:#0563C1">kai.schleicher@unibas.ch</span></a> | <a href="http://www.biozentrum.unibas.ch/">
<span style="color:#0563C1">www.biozentrum.unibas.ch</span></a> | <a href="http://www.microscopynetwork.unibas.ch/">
<span style="color:#0563C1">www.microscopynetwork.unibas.ch</span></a><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
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