<div dir="ltr">Thanks Josh,<div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Jan 18, 2016 at 5:16 AM, Josh Moore <span dir="ltr"><<a href="mailto:josh@glencoesoftware.com" target="_blank">josh@glencoesoftware.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">> But one additional question: my current analysis routines generate output in<br>
> the form of masks and an example how to store and retrieve Mask.roi objects<br>
> (in Python) would be great as well.<br>
<br>
There's a mask example now open under:<br>
<br>
  <a href="https://github.com/openmicroscopy/openmicroscopy/pull/4415" rel="noreferrer" target="_blank">https://github.com/openmicroscopy/openmicroscopy/pull/4415</a><br>
<br>
As always, comments welcome!<br>
~Josh.<br></blockquote><div> </div><div>Looks good and will work with it over the next days. </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<br>
<br>
> Of course that brings up another question: currently Omero.web doesn't<br>
> render Mask.roi objects (while Insight does). Any plans to fix that<br>
> shortcoming in Omero.web?<br></blockquote><div><br></div><div>Any thoughts/plans on this? I know mask ROIs are not a very efficient method to store but it tends to be the easiest to actually use in analysis software.</div><div><br></div><div>Cheers,</div><div>- Damir</div><div><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
> Thanks,<br>
> - Damir<br>
><br>
> On Fri, Jan 15, 2016 at 3:06 AM, William Moore <<a href="mailto:will@lifesci.dundee.ac.uk">will@lifesci.dundee.ac.uk</a>><br>
> wrote:<br>
>><br>
>> Hi Paul,<br>
>><br>
>>  I have just opened a PR to improve our python ROI examples, adding a<br>
>> Polygon example<br>
>> and setting the strokeWidth, strokeColor and fillColor.<br>
>><br>
>> See <a href="https://github.com/openmicroscopy/openmicroscopy/pull/4412" rel="noreferrer" target="_blank">https://github.com/openmicroscopy/openmicroscopy/pull/4412</a><br>
>><br>
>> The updated ROIs.py file can be viewed at<br>
>><br>
>> <a href="https://github.com/will-moore/openmicroscopy/blob/polygon_python_training_example/examples/Training/python/ROIs.py" rel="noreferrer" target="_blank">https://github.com/will-moore/openmicroscopy/blob/polygon_python_training_example/examples/Training/python/ROIs.py</a><br>
>><br>
>> Some changes might be made during the PR review, but hopefully that<br>
>> example is enough<br>
>> to help you now?<br>
>><br>
>>  Regards,<br>
>><br>
>>   Will.<br>
>><br>
>><br>
>><br>
>> On 14 Jan 2016, at 15:37, Paul Kibet Korir <<a href="mailto:pkorir@ebi.ac.uk">pkorir@ebi.ac.uk</a>> wrote:<br>
>><br>
>> Thanks. I was actually interested in formating arguments for Python (not<br>
>> Java).<br>
>><br>
>> P<br>
>><br>
>> On 14/01/2016 14:04, Mark Carroll wrote:<br>
>><br>
>> On 01/14/2016 01:38 PM, Paul Kibet Korir wrote:<br>
>><br>
>> I'm having a difficult time making sense of OMERO model objects<br>
>> described here<br>
>><br>
>> <<a href="https://www.openmicroscopy.org/site/support/omero5.2/developers/Model/EveryObject.html" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.openmicroscopy.org/site/support/omero5.2/developers/Model/EveryObject.html</a>>.<br>
>> There seems to be no explicit definition of the argument formats.<br>
>><br>
>> I'm presently working with omero.model.PolygonI() objects for which I<br>
>> need to set a number of attributes e.g. fillColor, strokeColor etc. The<br>
>> documentation specifies base types (e.g. int, string, bool) for the<br>
>> arguments but no accompanying structure.<br>
>><br>
>><br>
>> Indeed: I am afraid that page does not document value formats. It was<br>
>> generated by introspecting into the Hibernate (ORM) model to investigate<br>
>> which mapped model objects refer to each other via which properties; it<br>
>> doesn't contain anything that Hibernate doesn't know. That page is most<br>
>> useful for figuring out how to write the JOINs in HQL to get from what<br>
>> one has to what one wants.<br>
>><br>
>> (snip)<br>
>><br>
>> Is there any documentation on model arguments that I can refer to? If<br>
>> not is there any plan to include this because client programming is nigh<br>
>> impossible without it.<br>
>><br>
>><br>
>> The most useful source is<br>
>><br>
>> <a href="http://www.openmicroscopy.org/Schemas/Documentation/Generated/OME-2015-01/ome.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.openmicroscopy.org/Schemas/Documentation/Generated/OME-2015-01/ome.html</a><br>
>> -- click on "Polygon", far down on the left. That tells you the format<br>
>> for the "points" property and links you back to "Shape" for the others,<br>
>> for instance describing that the stroke color is a signed 32-bit RGBA<br>
>> value.<br>
>><br>
>> To generate examples, one can create the data interactively (e.g., draw<br>
>> ROIs in Insight) then query them via HQL. For instance, doing the<br>
>> described conversion, a -993737532 integer that I just queried from<br>
>> OMERO is #C4C4C4C4 as a color and indeed in Insight's code I see,<br>
>><br>
>>     DEFAULT_STROKE_COLOUR = new Color(196, 196, 196, 196);<br>
>><br>
>> If you have trouble with any specific properties we'd be happy to take a<br>
>> look to see if we can make any sense of them, as it may have been some<br>
>> time since anybody read the OME-XML schema documentation carefully for<br>
>> the properties you need. The web client code has to deal with some of<br>
>> these formats "manually" as well.<br>
>><br>
>> Cheers,<br>
>><br>
>> Mark<br>
>><br>
>> The University of Dundee is a registered Scottish Charity, No: SC015096<br>
>> _______________________________________________<br>
>> ome-users mailing list<br>
>> <a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a><br>
>> <a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users</a><br>
>><br>
>><br>
>> --<br>
>> With kind regards,<br>
>><br>
>> Paul K Korir, PhD<br>
>> Scientific Programmer<br>
>> EMBL-EBI<br>
>> Main Building, A2-35,<br>
>> WTGC, Hinxton, Cambridge CB10 1SD<br>
>> P: <a href="tel:%2B44%201223%2049%2044%2022" value="+441223494422">+44 1223 49 44 22</a><br>
>> F: <a href="tel:%2B44%201223%2049%2044%2068" value="+441223494468">+44 1223 49 44 68</a><br>
>> _______________________________________________<br>
>> ome-users mailing list<br>
>> <a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a><br>
>> <a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users</a><br>
>><br>
>><br>
>><br>
>> _______________________________________________<br>
>> ome-users mailing list<br>
>> <a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a><br>
>> <a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users</a><br>
>><br>
><br>
><br>
><br>
> --<br>
> Damir Sudar - Staff Scientist<br>
> Lawrence Berkeley Laboratory / Life Sciences Division<br>
> One Cyclotron Road, MS 977, Berkeley, CA 94720, USA<br>
> T: <a href="tel:510%2F486-5346" value="+15104865346">510/486-5346</a> - F: <a href="tel:510%2F486-5586" value="+15104865586">510/486-5586</a> - E: <a href="mailto:DSudar@lbl.gov">DSudar@lbl.gov</a><br>
><br>
> Visiting Scientist, Oregon Health and Science University<br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> ome-users mailing list<br>
> <a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a><br>
> <a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users</a><br>
><br>
_______________________________________________<br>
ome-users mailing list<br>
<a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a><br>
<a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users</a><br>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr">Damir Sudar - Staff Scientist<br>Lawrence Berkeley Laboratory / Life Sciences Division<br>One Cyclotron Road, MS 977, Berkeley, CA 94720, USA<br>T: 510/486-5346 - F: 510/486-5586 - E: <a href="mailto:DSudar@lbl.gov" target="_blank">DSudar@lbl.gov</a><br><br></div></div><div>Visiting Scientist, Oregon Health and Science University</div></div></div></div></div>
</div></div>