<div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>yes, I have seen that happen with Huygens with other image formats too (ICS). I never contacted SVI about that but they may provide an explanation. As it was one step of the workflow, I simply flipped it back after opening it, but it's a workaround rather than a fix... </div><div><br></div><div>SVI might shed some additional light on the matter too!</div><div><br></div><div>Best</div><div>Thomas</div><div><br></div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><span style="font-size:12.8px">________________________________________</span><br></div><div><span style="font-size:12.8px"><br></span></div><div><span style="font-size:12.8px">Dr. Thomas Pengo</span><br></div><div>BioImage Analysis Specialist, Research Associate</div><div>University of Minnesota Informatics Institute</div><div><span style="font-size:12.8px">University of Minnesota</span></div><div>Cancer and Cardiovascular Research Building</div><div>2231 6th St SE</div><div>Minneapolis, MN 55455</div><div><br></div><div><br></div></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">On Thu, Jan 7, 2016 at 4:17 AM, Roger Leigh <span dir="ltr"><<a href="mailto:rleigh@dundee.ac.uk" target="_blank">rleigh@dundee.ac.uk</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><span class="">On 07/01/2016 01:15, Glen MacDonald wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
OME XML stacks created with Huygens Professional are flipped vertically when opened with Bio-formats.<br>
They are not flipped when re-opened with HuPro.<br>
</blockquote>
<br></span>
Dear Glen,<br>
<br>
Would it be possible to upload an example exported image demonstrating<br>
the problem using <a href="http://qa.openmicroscopy.org.uk/qa/upload/" rel="noreferrer" target="_blank">http://qa.openmicroscopy.org.uk/qa/upload/</a> so that we<br>
can take a look at the metadata and pixel data?<br>
The original image would also be useful as a reference though we may not<br>
be able to read it; a screenshot showing how the original file appears<br>
would be useful as well.<br>
<br>
<br>
Thanks,<br>
Roger<br>
<br>
--<br>
Dr Roger Leigh -- Open Microscopy Environment<br>
Wellcome Trust Centre for Gene Regulation and Expression,<br>
School of Life Sciences, University of Dundee, Dow Street,<br>
Dundee DD1 5EH Scotland UK   Tel: (01382) 386364<br>
<br>
The University of Dundee is a registered Scottish Charity, No: SC015096<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
_______________________________________________<br>
ome-users mailing list<br>
<a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk" target="_blank">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a><br>
<a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div>