<div dir="ltr">Hi Melissa,<div><br></div><div>Thanks for your e-mail. I was running Bio-Formats 5.1.5 when I wrote that e-mail. After your response I updated Bio-Formats to 5.1.7 and still saw the same behavior. I will try to upload the file tonight for you to have a look at.</div><div><br></div><div>Thanks again</div><div>Pradeep</div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Dec 15, 2015 at 9:36 AM, Melissa Linkert <span dir="ltr"><<a href="mailto:melissa@glencoesoftware.com" target="_blank">melissa@glencoesoftware.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Pradeep,<br>
<span class=""><br>
> Now my problem is that the order of the images in each of these 16 stacks<br>
> is messed up. They don't correspond to the same tile. The XYTCZ for Mosaix<br>
> seems to point to the order in which the tiles in the Mosaix are arranged.<br>
> i.e., starting with X=1, Y=1 (top left of 4x4), T should go from 1-1200 to<br>
> give the stack for Tile 1. Instead, the tile stack output by Bio-Formats<br>
> has the order - for T=1 to 1200, X=1 to 4 followed by Y=1 to 4 - and hence<br>
> puts time points n and n+1 for each tile at n and n+16 in each output<br>
> series. Is this normal behavior? Am I missing an option that would help me<br>
> fix this? It already takes nearly 10 minutes to read one such file and I<br>
> don't think it is practical to write each series as a separate tiff file<br>
> and sort through it.<br>
<br>
</span>Thank you for reporting this - it's definitely not expected behavior.<br>
<br>
Could you please confirm that you are using Bio-Formats 5.1.7?  "Help ><br>
About Plugins > Bio-Formats Plugins" in Fiji should indicate which<br>
version is installed.<br>
<br>
If you see this problem with 5.1.7, then we would likely need to see the<br>
problematic file in order to diagnose and fix the problem.  I have sent<br>
upload instructions for large files, if you are willing to send this<br>
file.<br>
<br>
Regards,<br>
-Melissa<br>
<div><div class="h5"><br>
On Sat, Dec 12, 2015 at 11:19:02PM -0500, Pradeep Kota wrote:<br>
> Dear OME Users,<br>
><br>
> I am trying to read a large (~30 GB) Axiovision Mosaix ZVI file in Fiji<br>
> using Bio-Formats. Obviously, I need to open this as a virtual stack. Since<br>
> the file is huge, (understandably) I cannot use the 'Concatenate series<br>
> when compatible' option along with 'Use virtual stack'. So, I set 'Use<br>
> virtual stack' and 'Open all series' options. The stack order in this file<br>
> is XYTCZ.  This file represents a 4x4 mosaic for ~1200 time points with 1<br>
> channel and 1 Z-slice at each time point. When I open this file using Fiji,<br>
> I get 16 tif stacks, each (supposedly) corresponding to a tile in the 4x4<br>
> mosaix, with each tif containing ~1200 slices. So far so good.<br>
><br>
> Now my problem is that the order of the images in each of these 16 stacks<br>
> is messed up. They don't correspond to the same tile. The XYTCZ for Mosaix<br>
> seems to point to the order in which the tiles in the Mosaix are arranged.<br>
> i.e., starting with X=1, Y=1 (top left of 4x4), T should go from 1-1200 to<br>
> give the stack for Tile 1. Instead, the tile stack output by Bio-Formats<br>
> has the order - for T=1 to 1200, X=1 to 4 followed by Y=1 to 4 - and hence<br>
> puts time points n and n+1 for each tile at n and n+16 in each output<br>
> series. Is this normal behavior? Am I missing an option that would help me<br>
> fix this? It already takes nearly 10 minutes to read one such file and I<br>
> don't think it is practical to write each series as a separate tiff file<br>
> and sort through it.<br>
><br>
> Any help is much appreciated.<br>
><br>
> Thanks a lot<br>
> Pradeep<br>
><br>
> --<br>
> -------------------------------------------------<br>
> --My tongue, so voluble and kind,<br>
>   It always runs before my mind.--<br>
> ------------------------------------------------<br>
<br>
</div></div>> _______________________________________________<br>
> ome-users mailing list<br>
> <a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a><br>
> <a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users</a><br>
<br>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature">-------------------------------------------------<br>--My tongue, so voluble and kind,<br>  It always runs before my mind.--<br>------------------------------------------------</div>
</div>