<div dir="ltr">Hi James,<div><br></div><div><div>> Finally, I'm convinced that once upon a time, I was able to simply</div><div>> drag a TIFF onto FIJI and it would auto-load Bioformats because it</div><div>> recognised it as a compatible file. Could this feature be enabled</div><div>> again?</div></div><div><br></div><div>In the Edit > Options > ImageJ2... dialog, there is an option "Use SCIFIO when opening files (BETA!)". When checked, that option will override ImageJ1's default file handling to make the File > Open command use SCIFIO, which will include calling Bio-Formats for TIFF files which have custom TIFF readers.</div><div><br></div><div>Without this option checked, the default ImageJ1 TIFF handling will always be used, with all its limitations: it may do a limited or incorrect job importing the data if it is a special flavored TIFF of which ImageJ1 is ignorant., or issue an error message in some cases.</div><div><br></div><div>For details, see: <a href="http://imagej.net/SCIFIO">http://imagej.net/SCIFIO</a></div><div><br></div><div>Alternately, if you run Plugins > Bio-Formats > Bio-Formats Plugins Shortcut Window, you can then drag-and-drop files onto the window which appears to open them directly with Bio-Formats.</div><div><br></div><div>Regards,</div><div>Curtis</div><div><br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Nov 25, 2015 at 3:58 AM, James Wainwright <span dir="ltr"><<a href="mailto:jimboesq@gmail.com" target="_blank">jimboesq@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi there,<div><br></div><div>I don't think this has been fixed?</div><div><br></div><div>I've tested in version 5.1.6 and the OME metadata still shows:</div><div><br></div><div>PositionZ="0.0"</div><div><br></div><div>It does however show:</div><div><br></div><div>TheZ="2" for the third Z slice, which is sort of correct, but this must then be translated back to a Z position by the user who would need to look further up in the OME metadata at the following entry:</div><div><br></div><div>PhysicalSizeZ</div><div><br></div><div>To make matters worse, it doesn't seem possible to copy or paste this OME metadata any more! I can select a line, and use CTRL-A to select all, but cannot paste it (presumably because I cannot copy it).</div><div><br></div><div>Finally, I'm convinced that once upon a time, I was able to simply drag a TIFF onto FIJI and it would auto-load Bioformats because it recognised it as a compatible file. Could this feature be enabled again?</div><div><br></div><div>Thanks!<span class=""><font color="#888888"><br><br></font></span></div><span class=""><font color="#888888"><div>James</div><div><br></div><div><br></div></font></span></div><div class=""><div class="h5"><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 29 September 2015 at 14:58, James Wainwright <span dir="ltr"><<a href="mailto:jimboesq@gmail.com" target="_blank">jimboesq@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi again,<div><br></div><div>A user has pointed out, and I have confirmed, that the Z dimension is incorrectly sized when opening an Andor TIFF with Bioformats. I guess this is similar to Bug 12964, which I previously reported.</div><div><br></div><div>Basically, Bioformats seems to ignore the actual Z-step used and uses the frame number instead - i.e. 1um Z-step for everything.</div><div><br></div><div>I've uploaded a dataset created by the latest version of Andor iQ (3.3.2) here:</div><div><br></div><div><a href="http://www.andor.com/ftp/8670/Protocol1.zip" target="_blank">http://www.andor.com/ftp/8670/Protocol1.zip</a><br></div><div><br></div><div>The text file should show the correct metadata, namely:</div><div><br></div><div>XY (pixels) = 0.696</div><div>Z (Z-step) = 0.86</div><div><br></div><div>Let me know if it helps or if you need more!</div><div><br></div><div>Thanks a lot!</div><span><font color="#888888"><div><br></div><div>James</div></font></span></div>
</blockquote></div><br></div>
</div></div><br>_______________________________________________<br>
ome-users mailing list<br>
<a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a><br>
<a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users</a><br>
<br></blockquote></div><br></div></div>