<div dir="ltr"><div><div><div>Ciao Melissa,<br><br></div>that's a wonderful news! There is absolutely no need to apologies.<br><br></div>thank you very much<br><br></div><div>ciao<br></div><div><br></div>Carmine<br><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><span><font color="#888888"><br></font></span>-- <br><span><font color="#888888"><div><div><div><div dir="ltr"><tt>Carmine Di Rienzo<br>
PhD </tt><tt><span><font color="#888888"><tt> Student of </tt></font></span>Molecular Biophysics<br>
Scuola Normale Superiore and<br>Center for Nanotechnology Innovation @NEST<br>
Piazza San Silvestro 12 <br>
56127 Pisa, Italy<br>
<br>
tel. +39-050-509124<br>
fax. +39-050-509417<br>
<a href="mailto:carmine.dirienzo@sns.it" target="_blank">ca<font color="#888888">rmine.dirienzo@sns.it</font></a></tt></div>
</div></div></div></font></span></div></div></div></div></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">2015-11-10 5:43 GMT+01:00 Melissa Linkert <span dir="ltr"><<a href="mailto:melissa@glencoesoftware.com" target="_blank">melissa@glencoesoftware.com</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Carmine,<br>
<span class=""><br>
> Recently, I have been trying to import in Matlab by using bio-format tools a single point acquisition made by Zeiss LSM 880 with Airyscan and saved as CZI file. While the metadata are correctly read, the imported data contains only 0 and a couple of ones. Similar results can be obtained either by ImageJ or FIJI. Unfortunately, the problem has not been solved by updating bio-format tools and ImageJ/FIJI.<br>
<br>
</span>Apologies for the delay.  We can now reproduce this problem, and are<br>
testing a fix now:<br>
<br>
<a href="https://github.com/openmicroscopy/bioformats/pull/2076" rel="noreferrer" target="_blank">https://github.com/openmicroscopy/bioformats/pull/2076</a><br>
<br>
We anticipate that this fix will be included in the upcoming 5.1.6<br>
release of Bio-Formats.<br>
<br>
Regards,<br>
-Melissa<br>
<br>
On Fri, Oct 30, 2015 at 11:14:51AM +0000, Balaji Ramalingam (Staff) wrote:<br>
> Hi,<br>
><br>
> Thank you for submitting your files.<br>
> We are still in the process of verifying the issue, and it is taking us a little longer than expected.<br>
><br>
> We will get back to you at the earliest on this regard.<br>
><br>
> For future instances, it would be great if you could upload your files to our QA server,<br>
> <a href="https://www.openmicroscopy.org/qa2/qa/upload/" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.openmicroscopy.org/qa2/qa/upload/</a><br>
><br>
> Best,<br>
> Balaji<br>
><br>
> __________________<br>
><br>
> Mr Balaji Ramalingam<br>
><br>
> Software Developer<br>
><br>
> OME Team<br>
><br>
> College of Life Sciences<br>
><br>
> University of Dundee<br>
><br>
> From: Carmine Di Rienzo <<a href="mailto:carmine.dirienzo@sns.it">carmine.dirienzo@sns.it</a><mailto:<a href="mailto:carmine.dirienzo@sns.it">carmine.dirienzo@sns.it</a>>><br>
> Reply-To: OME User Support List <<a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a><mailto:<a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a>>><br>
> Date: Wednesday, 28 October 2015 12:43<br>
> To: "<a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a><mailto:<a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a>>" <<a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a><mailto:<a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a>>><br>
> Subject: [ome-users] Wrong data import for single point Airyscan from CZI file<br>
<span class="">><br>
> Hi all,<br>
><br>
> since it is the first time for me writing in this mailing list, I want to get a chance to thank all of you for your contributing to this amazing and essential tools: without them my everyday lab work will not be the same.<br>
> Recently, I have been trying to import in Matlab by using bio-format tools a single point acquisition made by Zeiss LSM 880 with Airyscan and saved as CZI file. While the metadata are correctly read, the imported data contains only 0 and a couple of ones. Similar results can be obtained either by ImageJ or FIJI. Unfortunately, the problem has not been solved by updating bio-format tools and ImageJ/FIJI.<br>
> My OS is Window 7 and the java version is 8 update 65 (build 1.8.0_65-b17)<br>
><br>
</span>> The original file (about 3GB), a sample of extracted data with Matlab, the script used, and a sample data extracted in ome.tiff by ZEN can be downloaded here<<a href="http://www.filemail.com/d/pkkpezusyphsqpr" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.filemail.com/d/pkkpezusyphsqpr</a>>. The archive password is attached to this email. Unfortunately, the link will expire in 7 days, please let me know if you need an updated one and I'll provide it immediately.<br>
<span class="">><br>
> Any ideas and every suggestion will be really appreciated.<br>
><br>
> Thank you very much!<br>
><br>
> Carmine<br>
><br>
> --<br>
> Carmine Di Rienzo<br>
> PhD Student of Molecular Biophysics<br>
> Scuola Normale Superiore and<br>
> Center for Nanotechnology Innovation @NEST<br>
> Piazza San Silvestro 12<br>
> 56127 Pisa, Italy<br>
><br>
> tel. <a href="tel:%2B39-050-509124" value="+39050509124">+39-050-509124</a><br>
> fax. <a href="tel:%2B39-050-509417" value="+39050509417">+39-050-509417</a><br>
</span>> <a href="mailto:carmine.dirienzo@sns.it">carmine.dirienzo@sns.it</a><mailto:<a href="mailto:carmine.dirienzo@sns.it">carmine.dirienzo@sns.it</a>><br>
><br>
> The University of Dundee is a registered Scottish Charity, No: SC015096<br>
<br>
> _______________________________________________<br>
> ome-users mailing list<br>
> <a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a><br>
> <a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users</a><br>
<br>
</blockquote></div><br></div></div>