<html>

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=us-ascii">

</head>

<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 14px; font-family: Calibri, sans-serif;">

<div>

<div>Hi,</div>

<div><br>

</div>

<div>Thank you for submitting your files.</div>

<div>We are still in the process of verifying the issue, and it is taking us a little longer than expected. </div>

<div><br>

</div>

<div>We will get back to you at the earliest on this regard.</div>

<div><br>

</div>

<div>For future instances, it would be great if you could upload your files to our QA server,</div>

<div><a href="https://www.openmicroscopy.org/qa2/qa/upload/">https://www.openmicroscopy.org/qa2/qa/upload/</a></div>

<div><br>

</div>

<div>Best,</div>

<div>Balaji</div>

<div>

<div><br>

</div>

<div>

<div style="color: rgb(40, 40, 40);"><span style="background-color: rgb(255, 255, 255);">__________________</span></div>

<div style="color: rgb(40, 40, 40);">

<p style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;">Mr Balaji Ramalingam</p>

<p style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;">Software Developer<br>

</p>

<p style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;">OME Team</p>

<p style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;">College of Life Sciences</p>

<p style="margin-top: 0px; margin-bottom: 0px;">University of Dundee</p>

</div>

</div>

</div>

</div>

<div><br>

</div>

<span id="OLK_SRC_BODY_SECTION">

<div style="font-family:Calibri; font-size:11pt; text-align:left; color:black; BORDER-BOTTOM: medium none; BORDER-LEFT: medium none; PADDING-BOTTOM: 0in; PADDING-LEFT: 0in; PADDING-RIGHT: 0in; BORDER-TOP: #b5c4df 1pt solid; BORDER-RIGHT: medium none; PADDING-TOP: 3pt">

<span style="font-weight:bold">From: </span>Carmine Di Rienzo <<a href="mailto:carmine.dirienzo@sns.it">carmine.dirienzo@sns.it</a>><br>

<span style="font-weight:bold">Reply-To: </span>OME User Support List <<a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a>><br>

<span style="font-weight:bold">Date: </span>Wednesday, 28 October 2015 12:43<br>

<span style="font-weight:bold">To: </span>"<a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a>" <<a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a>><br>

<span style="font-weight:bold">Subject: </span>[ome-users] Wrong data import for single point Airyscan from CZI file<br>

</div>

<div><br>

</div>

<div>

<div>

<div dir="ltr">

<div>

<div>

<div>

<div>Hi all,<br>

<br>

</div>

since it is the first time for me writing in this mailing list, I want to get a chance to thank all of you for your contributing to this amazing and essential tools: without them my everyday lab work will not be the same.

<br>

Recently, I have been trying to import in <span tabindex="-1" id=":2ya.1" style="" class="">

Matlab</span> by using bio-format tools a single point acquisition made by <span tabindex="-1" id=":2ya.2" style="" class="">

Zeiss</span> <span tabindex="-1" id=":2ya.3" style="" class="">LSM</span> 880 with

<span tabindex="-1" id=":2ya.4" style="" class="">Airyscan</span> and saved as <span tabindex="-1" id=":2ya.5" style="" class="">

CZI</span> file. While the <span tabindex="-1" id=":2ya.6" style="" class="">metadata</span> are correctly read, the imported data contains only 0 and a couple of ones. Similar results can be obtained either by

<span tabindex="-1" id=":2ya.7" style="" class="">ImageJ</span> or FIJI. Unfortunately, the problem has not been solved by updating bio-format tools and

<span tabindex="-1" id=":2ya.8" style="" class="">ImageJ</span>/FIJI.<br>

</div>

<div>My OS is Window 7 and the java version is 8 update 65 (build 1.8.0_65-b17)<br>

</div>

<div><br>

The original file (about 3GB), a sample of extracted data with <span tabindex="-1" id=":2ya.9" style="" class="">

Matlab</span>, the script used, and a sample data extracted in <span tabindex="-1" id=":2ya.10" style="" class="">

ome</span>.tiff by ZEN can be downloaded <a href="http://www.filemail.com/d/pkkpezusyphsqpr">

here</a>. The archive password is attached to this email. Unfortunately, the link will expire in 7 days, please let me know if you need an updated one and I'll provide it immediately.<br>

</div>

<div><br>

</div>

Any ideas and every suggestion will be really appreciated.<br>

<br>

</div>

Thank you very much!<br>

<br>

</div>

Carmine<br>

<div>

<div>

<div><br>

<div>

<div>

<div>

<div>

<div class="gmail_signature">

<div dir="ltr">

<div>

<div dir="ltr">

<div>

<div dir="ltr"><span></span>-- <br>

<span><font color="#888888">

<div>

<div>

<div>

<div dir="ltr"><tt>Carmine Di <span tabindex="-1" id=":2ya.11" style="" class="">

Rienzo</span><br>

PhD </tt><tt><span><font color="#888888"><tt>Student of </tt></font></span>Molecular Biophysics<br>

<span tabindex="-1" id=":2ya.12" style="" class="">Scuola</span> <span tabindex="-1" id=":2ya.13" style="" class="">

Normale</span> <span tabindex="-1" id=":2ya.14" style="" class="">Superiore</span> and<br>

Center for Nanotechnology Innovation @NEST<br>

Piazza San <span tabindex="-1" id=":2ya.15" style="" class="">Silvestro</span> 12

<br>

56127 Pisa, Italy<br>

<br>

tel. +39-050-509124<br>

fax. +39-050-509417<br>

<a href="mailto:carmine.dirienzo@sns.it" target="_blank">ca<font color="#888888"><span tabindex="-1" id=":2ya.16" style="" class="">rmine</span>.<span tabindex="-1" id=":2ya.17" style="" class="">dirienzo</span>@<span tabindex="-1" id=":2ya.18" style="" class="">sns</span>.it</font></a></tt></div>

</div>

</div>

</div>

</font></span></div>

</div>

</div>

</div>

</div>

</div>

</div>

</div>

</div>

</div>

</div>

</div>

</div>

</div>

</div>

</div>

</span><br>

<span style="font-size:10pt;">The University of Dundee is a registered Scottish Charity, No: SC015096</span>

</body>

</html>