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<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=us-ascii">

</head>

<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">

Hi James,

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">Thanks for reporting this and providing a dataset to test with.</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">I have opened a pull request to resolve this issue which can be tracked below:</div>

<div class=""><a href="https://github.com/openmicroscopy/bioformats/pull/1997" class="">https://github.com/openmicroscopy/bioformats/pull/1997</a></div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">With Thanks,</div>

<div class="">David Gault</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class=""><br class="">

<div>

<blockquote type="cite" class="">

<div class="">On 29 Sep 2015, at 14:58, James Wainwright <<a href="mailto:jimboesq@gmail.com" class="">jimboesq@gmail.com</a>> wrote:</div>

<br class="Apple-interchange-newline">

<div class="">

<div dir="ltr" class="">Hi again,

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">A user has pointed out, and I have confirmed, that the Z dimension is incorrectly sized when opening an Andor TIFF with Bioformats. I guess this is similar to Bug 12964, which I previously reported.</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">Basically, Bioformats seems to ignore the actual Z-step used and uses the frame number instead - i.e. 1um Z-step for everything.</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">I've uploaded a dataset created by the latest version of Andor iQ (3.3.2) here:</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class=""><a href="http://www.andor.com/ftp/8670/Protocol1.zip" class="">http://www.andor.com/ftp/8670/Protocol1.zip</a><br class="">

</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">The text file should show the correct metadata, namely:</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">XY (pixels) = 0.696</div>

<div class="">Z (Z-step) = 0.86</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">Let me know if it helps or if you need more!</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">Thanks a lot!</div>

<div class=""><br class="">

</div>

<div class="">James</div>

</div>

_______________________________________________<br class="">

ome-users mailing list<br class="">

<a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk" class="">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a><br class="">

http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users<br class="">

</div>

</blockquote>

</div>

<br class="">

</div>

<br>

<span style="font-size:10pt;">The University of Dundee is a registered Scottish Charity, No: SC015096</span>

</body>

</html>