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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">I can check the version on the computer. 
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">I upgraded both IJ and LOCI to daily builds last Thurs or Friday.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">No error messages.  Simply stops as though the whole thing worked fine.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">I was opening as a standard hyperstack.  IJ has 48GB allocated to it on a computer with 192GB.  When we export to TIF from the Nikon software, we can open the entire 17GB  dataset and do everything we want.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">I can put the dataset on your ftp server.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D">We also have similar problems with big CZI files.  For instance, tiling 3 X2 opens fine, but 100+ tiles pops up a message asking us for a range of tiles we want opened and then displays nothing useful.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;color:#1F497D">=========================================================================<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;color:#1F497D">Michael Cammer, Microscopy Core & Skirball Institute, NYU Langone Medical Center<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;color:#1F497D">                      Cell:  914-309-3270     **
</span><b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Adobe Fan Heiti Std B","sans-serif";color:#1F497D">MY OFFICE HAS MOVED TO SKIRBALL 2<sup>nd</sup> FLOOR, Back right **</span></b><i><span style="font-size:10.0pt;color:#1F497D"><o:p></o:p></span></i></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;color:#1F497D">          <a href="http://ocs.med.nyu.edu/microscopy">
http://ocs.med.nyu.edu/microscopy</a> & <a href="http://microscopynotes.com/">http://microscopynotes.com/</a><o:p></o:p></span></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><span style="color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in">
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"">From:</span></b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif""> ome-users [mailto:ome-users-bounces@lists.openmicroscopy.org.uk]
<b>On Behalf Of </b>Sebastien Besson (Staff)<br>
<b>Sent:</b> Tuesday, September 22, 2015 4:01 PM<br>
<b>To:</b> users OME<br>
<b>Subject:</b> Re: [ome-users] .nd2 files bug<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Hi Michael, <o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">thanks for your feedback.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Reading through your email, I suppose you are opening your nd2 files<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">using ImageJ. Which version of Bio-Formats did you download and use<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">for opening the files?<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Also when  the file opening stops, do you receive a warning or an<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">error message or does the application exit?<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Assuming the dataset started to load correctly, there might be a memory<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">issue. This page of the Bio-Formats user documentation [1] provides<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">some suggestions for dealing with large datasets. Is the dataset loaded<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">using the virtual stack for instance?<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Best regards,<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Sebastien<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">[1] <a href="https://www.openmicroscopy.org/site/support/bio-formats5.1/users/imagej/managing-memory.html">https://www.openmicroscopy.org/site/support/bio-formats5.1/users/imagej/managing-memory.html</a><o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<blockquote style="margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt">
<div>
<p class="MsoNormal">On 22 Sep 2015, at 17:39, Cammer, Michael <<a href="mailto:Michael.Cammer@med.nyu.edu">Michael.Cammer@med.nyu.edu</a>> wrote:<o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">We are having a problem opening  .nd2 files.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">We have this problem is an older version of LOCI and a daily build we downloaded late last week.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Each file is 17.8 GB with 55 timepoints of 2 channels of 15 Z positions.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">LOCI opens the first 27 timepoints, 2 channels, and 7 Z of the 28<sup>th</sup> timepoint and then just stops. 
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">If we export the file from Nikon Elements to OME TIFF, the whole thing can be operated on fine, but it would be preferable to be able to open directly into ImageJ.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Thank you.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt">=========================================================================</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt">Michael Cammer, Microscopy Core & Skirball Institute, NYU Langone Medical Center</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt">                      Cell:  914-309-3270     **
</span><b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Adobe Fan Heiti Std B","sans-serif"">MY OFFICE HAS MOVED TO SKIRBALL 2<sup>nd</sup> FLOOR, Back right **</span></b><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt">          <a href="http://ocs.med.nyu.edu/microscopy">
http://ocs.med.nyu.edu/microscopy</a> & <a href="http://microscopynotes.com/">http://microscopynotes.com/</a></span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman","serif""><br>
------------------------------------------------------------<br>
This email message, including any attachments, is for the sole use of the intended recipient(s) and may contain information that is proprietary, confidential, and exempt from disclosure under applicable law. Any unauthorized review, use, disclosure, or distribution
 is prohibited. If you have received this email in error please notify the sender by return email and delete the original message. Please note, the recipient should check this email and any attachments for the presence of viruses. The organization accepts no
 liability for any damage caused by any virus transmitted by this email.<br>
=================================<o:p></o:p></span></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman","serif"">_______________________________________________<br>
ome-users mailing list<br>
<a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a><br>
<a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users">http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users</a><o:p></o:p></span></p>
</div>
</blockquote>
</div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman","serif""><o:p> </o:p></span></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman","serif""><br>
</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Times New Roman","serif"">The University of Dundee is a registered Scottish Charity, No: SC015096</span><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman","serif"">
<o:p></o:p></span></p>
</div>
<p><br>
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