<div dir="ltr">Hi Doug and all,<div>As an alternative to exporting/converting to tiff/bigtiff, is it an option to turn off the JpegXR compression during acquisition and then use the resulting czi files to import into OMERO or read with BioFormats?</div><div>Thanks,</div><div>- Damir</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Fri, Jul 31, 2015 at 5:23 AM, Doug Richardson <span dir="ltr"><<a href="mailto:ds.richardson@gmail.com" target="_blank">ds.richardson@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="auto"><div>Hi Alexandre,</div><div><br></div><div>If you update to ZEN2 it has much improved support for tif or bigtif export (both recognized by Fiji/Bioformats). Although it takes a very long time to open the largest files. During export we subset by scene and channel and this makes things manageable.</div><div><br></div><div>If you don't have ZEN2 you can get the somewhat clunkier stand alone czi to tif converter. Linked from here on our website: <a href="http://hcbi.fas.harvard.edu/resources_software" target="_blank">http://hcbi.fas.harvard.edu/resources_software</a></div><div><br></div><div>Zeiss should also be able to help you with this.</div><div><br></div><div>Doug</div><div><br></div><div><br><br>Sent from my iPhone</div><div><br>On Jul 31, 2015, at 8:08 AM, Alexandre Dufour <<a href="mailto:adufour@pasteur.fr" target="_blank">adufour@pasteur.fr</a>> wrote:<br><br></div><blockquote type="cite"><div>Thanks for the prompt reply Josh.<div><br></div><div>Just for my information: since it appears this isn’t going to be done anytime soon, and we do have a lot of users no this new machine, what alternative solution should I lean towards (in other words, what should I tell them)?</div><div><br></div><div>Cheers</div><div>Alexandre<br><div><br></div><div><br><div><div><div>On 31 Jul 2015, at 14:06, Josh Moore <<a href="mailto:josh@glencoesoftware.com" target="_blank">josh@glencoesoftware.com</a>> wrote:</div><br><blockquote type="cite"><div style="font-size:16px;font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px">On Fri, Jul 31, 2015 at 1:44 PM, Alexandre Dufour <<a href="mailto:adufour@pasteur.fr" target="_blank">adufour@pasteur.fr</a>> wrote:<br><blockquote type="cite">Hi everyone,<br></blockquote><br>Hi Alexandre,<br><br><br><blockquote type="cite">I was trying to fiddle with a CZI file that has JPEG-XR compression, alas it<br>won’t open via the latest Bio-Formats (official or nightly), with the<br>following error:<br><br>loci.formats.UnsupportedCompressionException: JPEG-XR not yet supported<br><br>After digging through some archives, I found:<br>- this ticket: <a href="https://trac.openmicroscopy.org/ome/ticket/8493" target="_blank">https://trac.openmicroscopy.org/ome/ticket/8493</a><br>- this PR: <a href="https://github.com/openmicroscopy/bioformats/pull/1014" target="_blank">https://github.com/openmicroscopy/bioformats/pull/1014</a><br>which suggests that the issue had been fixed over a year ago, hence my<br>surprise.<br></blockquote><br>Sorry for the surprise. We did indeed start the work on a JPEG-XR<br>codec but realized that we weren't going to be able to complete it and<br>achieve our other goals. The PR you reference (8493) added as the<br>title says the "initial structure" for the package, but the critical<br>methods are not yet implemented. Similarly, all the JPEG-XR tickets<br>(8493 and the 12 associated tasks) were all closed: "needsfunding"<br>about 3 months ago:<br><br> Resolution set to needfunding<br> Status changed from accepted to closed<br><br>We're certainly also interested in seeing this supported, but at the<br>moment, no work is ongoing.<br><br>All the best,<br>~Josh<br><br><br><br><blockquote type="cite">I have such a sample with me if you are interested (FTP access preferred).<br><br>Cheers<br>Alexandre<br><br>—<br>Alexandre Dufour, PhD<br><br>Senior Research Fellow @ Biological Image Analysis group<br>Institut Pasteur, Dpt. of Cell Biology & Infection, Paris campus (France)<br>CNRS UMR 3691 “Pathological and Physiological Cell Dynamics”<br><br>Meet Icy, the next-generation Bioimage Informatics platform<br></blockquote>_______________________________________________<br>ome-users mailing list<br><a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk" target="_blank">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a><br><a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users" target="_blank">http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users</a></div></blockquote></div><br></div></div></div></div></blockquote><blockquote type="cite"><div><span>_______________________________________________</span><br><span>ome-users mailing list</span><br><span><a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk" target="_blank">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a></span><br><span><a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users" target="_blank">http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users</a></span><br></div></blockquote></div><br>_______________________________________________<br>
ome-users mailing list<br>
<a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a><br>
<a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users</a><br>
<br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr">Damir Sudar - Staff Scientist<br>Lawrence Berkeley Laboratory / Life Sciences Division<br>One Cyclotron Road, MS 977, Berkeley, CA 94720, USA<br>T: 510/486-5346 - F: 510/486-5586 - E: <a href="mailto:DSudar@lbl.gov" target="_blank">DSudar@lbl.gov</a><br><br></div></div><div>Visiting Scientist, Oregon Health and Science University</div></div></div></div></div>
</div>