<div dir="ltr">Dear Mellissa,<div><br></div><div>Thanks for your prompts answer.</div><div><br></div><div>Unfortunately, we're having an error when executing </div><div><span style="font-size:12.8000001907349px">reader.</span><span style="font-size:12.8000001907349px">setFlattenedResolutions('</span><span style="font-size:12.8000001907349px">false');</span><br></div><div><span style="font-size:12.8000001907349px">>> No method 'setFlattenedResolutions' with matching signature found for class</span></div><div><span style="font-size:12.8000001907349px">'loci.formats.ChannelSeparator'.</span></div><div><span style="font-size:12.8000001907349px"><br></span></div><div><span style="font-size:12.8000001907349px">We double checked that we are using the latest version of bfmatlab (and bioformats_package.jar).</span></div><div><span style="font-size:12.8000001907349px"><br></span></div><div><span style="font-size:12.8000001907349px">Could you please help ?</span></div><div><span style="font-size:12.8000001907349px"><br></span></div><div><span style="font-size:12.8000001907349px">Best,</span></div><div><span style="font-size:12.8000001907349px"><br></span></div><div><span style="font-size:12.8000001907349px">--</span></div><div><span style="font-size:12.8000001907349px">Fethallah</span></div><div class="gmail_extra">
<br><div class="gmail_quote">On Wed, Jul 22, 2015 at 9:12 PM, Melissa Linkert <span dir="ltr"><<a href="mailto:melissa@glencoesoftware.com" target="_blank">melissa@glencoesoftware.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Fethallah,<br>
<span class=""><br>
> From Matlab, we are using the the bioformat toolbox to read vsi files<br>
> (cellSens VSI from Olympus).<br>
><br>
> The vsi file is pointing to a few frame_t.ets files located in<br>
> sub-directories as follows:<br>
> --- stack1           : code bar (not interesting for us)<br>
> --- stack10000   : low resolution whole  slide image (not interesting for<br>
> us)<br>
> --- stack10002   : high resolution image of a selected box<br>
> --- stack10005   : high res image of an other selected box<br>
><br>
> Our problem is that even if we specify to the bfGetReader function to read<br>
> the file under stack10005/frame_t.ets, it is reading stack10002/frame_t.ets<br>
> instead.<br>
<br>
</span>The .ets files are always grouped together with the corresponding .vsi<br>
file, so this is expected.  Choosing any one of the files from the<br>
dataset will initialize the whole dataset when bfGetReader is called.<br>
<span class=""><br>
> Is there a way to force it to read a specific stack from the slide ?<br>
> From the java code, it seems that when an *.ets file is passed then it<br>
> point back to the associated vsi file...<br>
<br>
</span>The easiest way to do that is something like:<br>
<br>
%%%<br>
reader = bfGetReader(); % do not specify the file name just yet<br>
reader.setFlattenedResolutions('false');<br>
reader.setId('name_of_file.vsi'); % an .ets file name can also be used here<br>
<br>
% numberOfStacks should be 5 in the above example<br>
% one for each .ets file, and one for the .vsi file<br>
numberOfStacks = reader.getSeriesCount();<br>
<br>
% this should specify 'stack10005'; the .ets files are<br>
% in the same order as their respective directory names, and<br>
% the .vsi file is last<br>
stackIndex = numberOfStacks - 1;<br>
reader.setSeries(stackIndex);<br>
<br>
% now the reader is set to retrieve the correct images<br>
% when using bfGetPlane (you may need to modify this call<br>
% to retrieve a tile instead of the whole image)<br>
image = bfGetPlane(reader, 0);<br>
%%%<br>
<br>
If that doesn't work, please let us know.<br>
<br>
Regards,<br>
-Melissa<br>
<div><div class="h5"><br>
On Wed, Jul 22, 2015 at 05:28:43PM +0200, Fethallah Benmansour wrote:<br>
> Dear Support,<br>
><br>
> From Matlab, we are using the the bioformat toolbox to read vsi files<br>
> (cellSens VSI from Olympus).<br>
><br>
> The vsi file is pointing to a few frame_t.ets files located in<br>
> sub-directories as follows:<br>
> --- stack1           : code bar (not interesting for us)<br>
> --- stack10000   : low resolution whole  slide image (not interesting for<br>
> us)<br>
> --- stack10002   : high resolution image of a selected box<br>
> --- stack10005   : high res image of an other selected box<br>
><br>
> Our problem is that even if we specify to the bfGetReader function to read<br>
> the file under stack10005/frame_t.ets, it is reading stack10002/frame_t.ets<br>
> instead.<br>
><br>
> Is there a way to force it to read a specific stack from the slide ?<br>
> From the java code, it seems that when an *.ets file is passed then it<br>
> point back to the associated vsi file...<br>
><br>
> Thank you into advance,<br>
><br>
> Kind regards,<br>
><br>
> --<br>
> Fethallah<br>
<br>
</div></div>> _______________________________________________<br>
> ome-users mailing list<br>
> <a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a><br>
> <a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users</a><br>
<br>
</blockquote></div><br></div></div>