<div dir="ltr">Hi everyone,<div><br></div><div>> <span style="font-size:12.8000001907349px">Today we are releasing Bio-Formats 5.1.3.</span></div><div><span style="font-size:12.8000001907349px"><br></span></div><div><span style="font-size:12.8000001907349px">The Fiji distribution of ImageJ has now been updated with this release.</span></div><div><span style="font-size:12.8000001907349px"><br></span></div><div><span style="font-size:12.8000001907349px">Run Help > Update... to get the new version.</span></div><div><span style="font-size:12.8000001907349px"><br></span></div><div><span style="font-size:12.8000001907349px">Regards,</span></div><div><span style="font-size:12.8000001907349px">Curtis</span></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Jul 20, 2015 at 7:30 AM, Helen Flynn (Staff) <span dir="ltr"><<a href="mailto:h.flynn@dundee.ac.uk" target="_blank">h.flynn@dundee.ac.uk</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">



<div style="word-wrap:break-word">
<div>Dear All,</div>
<div><br>
</div>
<div>
<div>Today we are releasing Bio-Formats 5.1.3. This is a point release that contains bug-fixes, but also adds several new features to Bio-Formats.</div>
<div><br>
</div>
<div>Bio-Formats 5.1.3 improvements include:</div>
<div><br>
</div>
<div>
<ul>
<li>Native C++ updates:        
<ul>
<li>Added cmake superbuild to build core dependencies (zlib, bzip2, png, icu, xerces, boost)</li><li>Progress on support for Windows</li></ul>
</li><li>Bug fixes, including:
<ul>
<li>Fixed segfault in the showinf tool used with the C++ bindings</li><li>Allow reading from https URLs</li><li>ImageJ - improved performance of displaying ROIs</li><li>Command line tools - fixed bfconvert to correctly create datasets with multiple files</li></ul>
</li><li>File format fixes, including:
<ul>
<li>Metamorph
<ul>
<li>improved detection of time series</li><li>fixed .nd datasets with variable Z and T counts in each channel</li><li>fixed .nd datasets that contain invalid TIFF/STK files</li><li>fixed dimensions when the number of planes does not match the recorded Z, C, and T sizes</li></ul>
</li><li>SlideBook - improved native library detection (thanks to Richard Myers)</li><li>JPEG - fixed decompression of lossless files with multiple channels (thanks to Aaron Avery)</li><li>Imspector OBF - updated to support version 2 files (thanks to Bjoern Thiel)</li><li>Imspector MSR - improved detection of Z stacks</li><li>PerkinElmer Opera Flex - improved handling of multiple acquisitions of the same plate</li><li>Zeiss CZI - fixed error when opening single-file datasets whose names contained "(" and ")"</li><li>TIFF - improved speed of reading files with many tiles</li><li>AVI - updated to read frame index (idx1) tables</li><li>Nikon ND2 - fixed channel counts for files with more than 3 channels </li><li>PNG - fixed decoding of interlaced images with a width or height that is not a multiple of 8</li><li>PSD - improved reading of compressed images</li></ul>
</li><li>Documentation improvements, including:
<ul>
<li>updated instructions for writing a new file format reader</li><li>updated usage information for command line tools</li><li>new Javadocs for the MetadataStore and MetadataRetrieve interfaces</li></ul>
</li></ul>
</div>
<div><br>
</div>
<div>Full details can be found at <a href="http://www.openmicroscopy.org/site/support/bio-formats5.1/about/whats-new.html" target="_blank">
http://www.openmicroscopy.org/site/support/bio-formats5.1/about/whats-new.html</a></div>
<div><br>
</div>
<div>The software is available at: <a href="http://downloads.openmicroscopy.org/bio-formats/5.1.3" target="_blank">
http://downloads.openmicroscopy.org/bio-formats/5.1.3</a></div>
<div>and the C++ implementation is available from:</div>
<div><a href="http://downloads.openmicroscopy.org/bio-formats-cpp/5.1.3/" target="_blank">http://downloads.openmicroscopy.org/bio-formats-cpp/5.1.3/</a></div>
<div><br>
</div>
<div>Any problems or comments, please use the OME Forums or mailing lists:</div>
<div><br>
</div>
<div><a href="http://www.openmicroscopy.org/site/community" target="_blank">http://www.openmicroscopy.org/site/community</a></div>
<div><br>
</div>
<div>Regards,</div>
<div><br>
</div>
<div>The OME Team</div>
</div>
<div><br>
</div>
<div>
<div>
<div>Dr Helen Flynn</div>
<div>OME Technical Writer</div>
<div>Centre for Gene Regulation & Expression</div>
<div>Open Microscopy Environment</div>
<div>University of Dundee</div>
<div><a href="http://openmicroscopy.org/" target="_blank">http://openmicroscopy.org</a></div>
</div>
</div>
<br>
<br>
<span style="font-size:10pt">The University of Dundee is a registered Scottish Charity, No: SC015096</span>
</div>

<br>_______________________________________________<br>
ome-devel mailing list<br>
<a href="mailto:ome-devel@lists.openmicroscopy.org.uk">ome-devel@lists.openmicroscopy.org.uk</a><br>
<a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-devel" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-devel</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>