<div>Dear Will,</div><div>Thanks for your help.</div><div>The interesting thing is that when there are several other .czi files under a folder, the error will recur. You can try to open a .czi file after you unzip the attachment, and then you'll get what I find.</div><div>I tested several versions of bioformats, and I found that the error exists from version 5.0.7 to 5.1.1. However, version 5.0.6 to 5.1.0-m3 is fine.</div><div>I hope the information will make me understood. Thanks again.</div><div><br></div><div>Ji</div><div>May 17, 2015</div><div><div><br></div><div><br></div><div style="font-size: 12px;font-family: Arial Narrow;padding:2px 0 2px 0;">------------------ Original ------------------</div><div style="font-size: 12px;background:#efefef;padding:8px;"><div><b>From: </b> "ome-users-request";<ome-users-request@lists.openmicroscopy.org.uk>;</div><div><b>Date: </b> Fri, May 15, 2015 05:51 PM</div><div><b>To: </b> "ome-users"<ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk>; <wbr></div><div></div><div><b>Subject: </b> ome-users Digest, Vol 122, Issue 17</div></div><div><br></div>Send ome-users mailing list submissions to<br>    ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk<br><br>To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<br>    http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users<br>or, via email, send a message with subject or body 'help' to<br>   ome-users-request@lists.openmicroscopy.org.uk<br><br>You can reach the person managing the list at<br>        ome-users-owner@lists.openmicroscopy.org.uk<br><br>When replying, please edit your Subject line so it is more specific<br>than "Re: Contents of ome-users digest..."<br><br><br>Today's Topics:<br><br>   1. Re: Error to Open .czi File (William Moore)<br><br><br>----------------------------------------------------------------------<br><br>Message: 1<br>Date: Fri, 15 May 2015 10:51:23 +0100<br>From: William Moore <will@lifesci.dundee.ac.uk><br>To: OME User Support List <ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk><br>Subject: Re: [ome-users] Error to Open .czi File<br>Message-ID:<br>  <5A6720B2-23AB-4433-B56E-A7E3014CDC1E@lifesci.dundee.ac.uk><br>Content-Type: text/plain; charset="windows-1252"<br><br>Hi Ji,<br><br>I tried opening with an updated Fiji (Bio-formats 5.1.1 and I see the same as you.<br>It looks like this is actually a 16-bit image that only contains 8-bit data.<br>The Original Metadata has:<br>BitsPerPixel    8<br>PixelType        uint16<br><br>Bio-formats is reading the BitsPerPixel incorrectly, since it's setting the "SignificantBits" attribute to 16 (see screenshot).<br>I've created a ticket to fix this bug: https://trac.openmicroscopy.org/ome/ticket/12885<br><br><br>Downloading the bioformats package from http://downloads.openmicroscopy.org/bio-formats/5.1.1/ and running<br>java -jar bioformats_package.jar ZEN\ 2\ Blue\ 8bit.czi<br>Seemed to work fine for me.<br>The Show Metadata option gave me this (showing SizeC = 1 and SizeT = 1).<br><br><Pixels BigEndian="false" DimensionOrder="XYCZT" ID="Pixels:0" Interleaved="false" PhysicalSizeX="0.09999999999999999" PhysicalSizeY="0.09999999999999999" SignificantBits="16" SizeC="1" SizeT="1" SizeX="256" SizeY="256" SizeZ="1" Type="uint16"><br><br><br>Downloading the command line tools from the above url, and running<br><br>$ ./showinf ZEN\ 2\ Blue\ 8bit.czi<br><br>seemed to open the image fine. With?<br><br>Filename = /Users/wmoore/Documents/ZEN 2 Blue 8bit.czi<br>Series count = 1<br>Series #0 :<br>      Image count = 1<br>       RGB = false (1) <br>      Interleaved = false<br>   Indexed = true (false color)<br>  Width = 256<br>   Height = 256<br>  SizeZ = 1<br>     SizeT = 1<br>     SizeC = 1<br>     Thumbnail size = 128 x 128<br>    Endianness = intel (little)<br>   Dimension order = XYCZT (certain)<br>     Pixel type = uint16<br>   Valid bits per pixel = 8<br>      Metadata complete = false<br>     Thumbnail series = false<br>      -----<br> Plane #0 <=> Z 0, C 0, T 0<br><br><br>Reading pixel data (0-0)<br>        ************ no LUT for plane #0 ************<br> Read 1/1 planes (100%)<br>[done]<br>0.121s elapsed (121.0ms per plane)<br><br>Launching image viewer<br>?.<br><br><br>Are these the exact same jars that you downloaded?<br>I'm afraid I can't reproduce the problems you're having here and can only suggest you try again.<br><br> Hope you can get this working.<br>If it still fails to open, please send us any error messages or other info that might help to fix this.<br><br> Regards,<br><br>  Will.<br><br><br><br><br><br><br>On 15 May 2015, at 07:05, "Tang Ji" <tangji0318@foxmail.com> wrote:<br><br>> Dear,<br>> I have a problem to use bioformats. I've updated my bioformats to its latest version 5.1.1. However, when I tried to open my .czi file (1st attachment) in ImageJ, it shows that it's a 16-bit image as follows. However, the original file is 8-bit image.<br>> <3006CB03@F490172D.BD8C5555><br>> <br>> Then I tried to open the .czi file with upgraded Fiji, but it fails completely.<br>> <2803D008@F490172D.BD8C5555><br>> <br>> What's worse, when I use command "java -jar bioformats_package_5.1.1.jar" to open the file, it shows that it contains 2 Z and 2 time points. However, it's only a 1-Z and 1-T image.<br>> <290ACF05@F490172D.BD8C5555><br>> <br>> Finally, if I use command "java -jar loci_tools.jar", I even cannot open the file.<br>> I'll really appreciate you if you know how to solve the problem. Thanks.<br>> <br>> Ji<br>> May 15, 2015<br>> <290ACF05@F490172D.BD8C5555><2803D008@F490172D.BD8C5555><3006CB03@F490172D.BD8C5555><ZEN 2 Blue 8bit.czi>_______________________________________________<br>> ome-users mailing list<br>> ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk<br>> http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users<br><br>-------------- next part --------------<br>An HTML attachment was scrubbed...<br>URL: <http://lists.openmicroscopy.org.uk/pipermail/ome-users/attachments/20150515/62f4239b/attachment.html><br>-------------- next part --------------<br>A non-text attachment was scrubbed...<br>Name: Screen Shot 2015-05-15 at 10.14.09.png<br>Type: image/png<br>Size: 239155 bytes<br>Desc: not available<br>URL: <http://lists.openmicroscopy.org.uk/pipermail/ome-users/attachments/20150515/62f4239b/attachment.png><br><br>------------------------------<br><br>Subject: Digest Footer<br><br>_______________________________________________<br>ome-users mailing list<br>ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk<br>http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users<br><br><br>------------------------------<br><br>End of ome-users Digest, Vol 122, Issue 17<br>******************************************<br></div>