<div dir="ltr">Hi guys,<div><br></div><div>i encounter a strange behavior and I am not sure, if this is a bug or I do something wrong.</div><div><br></div><div>This is the z-Stack: <a href="https://dl.dropboxusercontent.com/u/623476/Beads_63X_NA1.35_xy%3D0.042_z%3D0.1.czi">https://dl.dropboxusercontent.com/u/623476/Beads_63X_NA1.35_xy%3D0.042_z%3D0.1.czi</a></div><div><br clear="all"><div>When I open this via Fiji (up-to-date 20150508) I get a z-Stack with 100 focal planes - OK --> see screenshot</div><div><br></div><div><img src="cid:ii_14d32793e87e34af" alt="Inline-Bild 1" width="562" height="384"><br></div><div><br></div><div>When I load this CZI vai Python Bioformats (bioformats_package 5.1.1 + python_bioformats 1.0.4) , it also works fine --> see screenshot</div><div><br></div><div><img src="cid:ii_14d327a7afbcf898" alt="Inline-Bild 2" width="562" height="218"><br></div><div><br></div><div>Now I go back to Fiji and use the BioFormats exporter to write an OME-TIFF from the open CZI and save it to disk.</div><div><br></div><div>File can be found here: <a href="https://dl.dropboxusercontent.com/u/623476/63X_NA1.35_xy%3D0.042_z%3D0.1.ome.tiff">https://dl.dropboxusercontent.com/u/623476/63X_NA1.35_xy%3D0.042_z%3D0.1.ome.tiff</a></div><div><br></div><div>When I open the OME-TIFF in Fiji I get a z-stack with 100 planes and the correct z.spacing (as expected). But when I open the OME-TIFF via python-bioformats The dimensions get mixed up --> see screenshot below.</div><div><br></div><div>So I am wondering why the python stuff seems to work for the CZI, but not for the exported OME-TIFF while it always seems to be OK for Fiji itself no matter if I open the CZI or the exported OME-TIFF.</div><div><br></div><div>And why is the z-spacing wrong? I think because the python assumes it is a NOT a z-stack.</div><div><br></div><div>Sebi</div><div><br></div><div><img src="cid:ii_14d328058944532c" alt="Inline-Bild 3" width="562" height="209"><br></div><div><br></div>
</div></div>