<div dir="ltr"><div><div><div><div><div><div><div><div><div>Dear Balaji and Melissa,<br><br></div><div>firstly thanks for your great effort regarding bioformats! Following is a problem, which I believe could be another bug:<br></div><div><br></div>last year I submitted a problem about wrong indexing of x,y data of nd2 files (#<span>12569</span>: BUG: ND2 files - x,y position of the different multi points returned in the wrong order).<br><br></div><div>I still use matlab for loading nd2 files and retrieve metadata with commands like:<br><br>r = loci.formats.ChannelFiller();<br>r = loci.formats.ChannelSeparator(r);<br>r.setMetadataStore(loci.formats.MetadataTools.createOMEXMLMetadata());<br>r.setId( FileName);<br>metadata=r.getMetadataStore();<br></div><div>i=positionIndex;<br></div><div>j=loci.formats.FormatTools.getIndex(r, z, channel, time)<br></div><div>x=double(metadata.getPlanePositionX(i,j).value)<br></div><div>t=double(metadata.getPlaneDeltaT(i,j).value)<br></div><br></div>Position
 data for x,y,z retrieved with 5.1.1 for the nd2 file I submitted with 
my previous problem, are correct now. However, time-points retrieved 
with metadata.getPlaneDeltaT(i,j) in the same manner are in the wrong 
order.<br></div><br>Furthermore the position data for nd2 files acquired
 with several z-slices is wrongly indexed. I have an example nd2 files 
with T(1) x XY(8) x Z(4)  dimensions. Version 5.0.3 shows the correct 
order of 4 z-steps at the first XY position, which is then repeated at 
the remaining 7 positions. Version 5.1.1 shows the x,y,z values jumping 
about in the wrong order.<br><br></div>As an aside: I noted that with 
5.1.1 the number of the dimensions of nd2 files with all four T, XY, Z 
and lambda dimensions are correctly identified. Previously I could only 
use bioformats with 3 different types of dimensions. However, as soon as
 an nd2 files is modified and saved in NIS elements, the numbers of the 
dimensions are not correct anymore.<br><br></div>I can supply example nd2 files if needed, but will need to upload them via the qa system.<br><br></div>Hope this helps, and again many thanks for maintaining and developing such a great product!<br><br></div>Best,<br></div>Enno</div>