<p dir="ltr">Hi Curtis,</p>
<p dir="ltr">Thank you !<br>
You spared me a lot of mental health!</p>
<p dir="ltr">How long this fix would take?<br>
Can I use an earlier version for the time being?<br>
Antonio</p>
<div class="gmail_quote">On 30 Apr 2015 23:36, "Curtis Rueden" <<a href="mailto:ctrueden@wisc.edu">ctrueden@wisc.edu</a>> wrote:<br type="attribution"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Antonio,<div><br></div><div><div>> I am getting this error:</div><div>></div><div>> ')' expected in line ...</div><div>> Ext.getPlanePositionX( <positionX> [no], no);</div></div><div><br></div><div>Unfortunately, it appears that the Ext.getPlanePosition* methods are broken since v5.1.0 [1]. (The error ImageJ gives here is misleading.) This will need to be fixed on the Bio-Formats side.</div><div><br></div><div>Regards,</div><div>Curtis</div><div><br></div><div>[1] Commit introducing the breakage:</div><div><a href="https://github.com/openmicroscopy/bioformats/commit/70c134c04030f093d19ffeb8df0d99eda9ba4441" target="_blank">https://github.com/openmicroscopy/bioformats/commit/70c134c04030f093d19ffeb8df0d99eda9ba4441</a><br></div><div><br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, Apr 30, 2015 at 8:15 AM, Antonio Trabalza <span dir="ltr"><<a href="mailto:a.trabalza@csc.mrc.ac.uk" target="_blank">a.trabalza@csc.mrc.ac.uk</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr"><div><div><div><div>Dear OME users,<br><br></div>I am a postdoc in neurodisease lab at CSC MRC London.<br></div>I am trying to write a IJ macro to organize several stacks taken by prairie 2 photon microscope in a format nice for the stitching plugin to process<br><br></div>I am having serious problems with the IJ macro external commands Ext.getPlanePositionX, Y and Z. I can't get them to work.<br><br></div>I wrote (just to set up the concept, it will be a part of a longer macro):<br><br>id = File.openDialog("Choose a file");<br>run("Bio-Formats Macro Extensions") <br>run("Bio-Formats Importer", "open=[" + id + "] color_mode=Default open_all_series view=[Standard ImageJ] stack_order=Default"); <br>Ext.setId(id);<br>Ext.getImageCount(imageCount);<br>positionX = newArray(imageCount);<br>positionY = newArray(imageCount);<br>positionZ = newArray(imageCount);<br>for (no=0; no<imageCount; no++) {<br>  Ext.getPlanePositionX(positionX[no], no);<br>  Ext.getPlanePositionY(positionY[no], no);<br>  Ext.getPlanePositionZ(positionZ[no], no);<br>}<br clear="all"><div><div><div><div><div><br>ideally I would like to print the data to a tile configuration file (CSV).<br><br></div><div>I am getting this error:<br></div><div><br>')' expected in line ...<br></div><div>Ext.getPlanePositionX( <positionX> [no], no);<br></div><div><br></div><div>this should work similarly to <a href="https://github.com/openmicroscopy/bioformats/blob/v5.1.1/components/bio-formats-plugins/utils/macros/planeTimings.txt" target="_blank">https://github.com/openmicroscopy/bioformats/blob/v5.1.1/components/bio-formats-plugins/utils/macros/planeTimings.txt</a>, but it complains about positionX....<br></div><div><br>Maybe I am doing something very stupid, but please can anybody help me? I am getting mad....<br></div><div><br></div><div>Thank you in advance for your time and kind regards.<span><font color="#888888"><span><font color="#888888"><br><br></font></span></font></span></div><span><font color="#888888"><br></font></span></div></div></div></div></div></div><span><font color="#888888">-- <br><div><div dir="ltr">Antonio Trabalza, Ph.D.<br>Room 3009<br>Neuroplasticity & Disease Group<br>Clinical Sciences Centre - MRC<br>Imperial College<br>Hammersmith Hospital Campus<br>Du Cane Road<br>London W12 0NN<br>Tel <a href="tel:%2B44%280%292083838294" value="+442083838294" target="_blank">+44(0)2083838294</a><br>Mobile <a href="tel:%2B44%280%297577833827" value="+447577833827" target="_blank">+44(0)7577833827</a><br>Mobile (IT) <a href="tel:%2B393204516210" value="+393204516210" target="_blank">+393204516210</a><br></div></div>
</font></span></div>
<br>_______________________________________________<br>
ome-users mailing list<br>
<a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk" target="_blank">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a><br>
<a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users" target="_blank">http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users</a><br>
<br></blockquote></div><br></div></div>
<br>_______________________________________________<br>
ome-users mailing list<br>
<a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a><br>
<a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users" target="_blank">http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users</a><br>
<br></blockquote></div>