<div dir="ltr"><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr"><div><div><div><div>Dear OME users,<br><br></div>I am a postdoc in neurodisease lab at CSC MRC London.<br></div>I am trying to write a IJ macro to organize several stacks taken by prairie 2 photon microscope in a format nice for the stitching plugin to process<br><br></div>I am having serious problems with the IJ macro external commands Ext.getPlanePositionX, Y and Z. I can't get them to work.<br><br></div>I wrote (just to set up the concept, it will be a part of a longer macro):<br><br>id = File.openDialog("Choose a file");<br>run("Bio-Formats Macro Extensions") <br>run("Bio-Formats Importer", "open=[" + id + "] color_mode=Default open_all_series view=[Standard ImageJ] stack_order=Default"); <br>Ext.setId(id);<br>Ext.getImageCount(imageCount);<br>positionX = newArray(imageCount);<br>positionY = newArray(imageCount);<br>positionZ = newArray(imageCount);<br>for (no=0; no<imageCount; no++) {<br>  Ext.getPlanePositionX(positionX[no], no);<br>  Ext.getPlanePositionY(positionY[no], no);<br>  Ext.getPlanePositionZ(positionZ[no], no);<br>}<br clear="all"><div><div><div><div><div><br>ideally I would like to print the data to a tile configuration file (CSV).<br><br></div><div>I am getting this error:<br></div><div><br>')' expected in line ...<br></div><div>Ext.getPlanePositionX( <positionX> [no], no);<br></div><div><br></div><div>this should work similarly to <a href="https://github.com/openmicroscopy/bioformats/blob/v5.1.1/components/bio-formats-plugins/utils/macros/planeTimings.txt" target="_blank">https://github.com/openmicroscopy/bioformats/blob/v5.1.1/components/bio-formats-plugins/utils/macros/planeTimings.txt</a>, but it complains about positionX....<br></div><div><br>Maybe I am doing something very stupid, but please can anybody help me? I am getting mad....<br></div><div><br></div><div>Thank you in advance for your time and kind regards.<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br><br></font></span></div><br></div></div></div></div></div></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr">Antonio Trabalza, Ph.D.<br>Room 3009<br>Neuroplasticity & Disease Group<br>Clinical Sciences Centre - MRC<br>Imperial College<br>Hammersmith Hospital Campus<br>Du Cane Road<br>London W12 0NN<br>Tel +44(0)2083838294<br>Mobile +44(0)7577833827<br>Mobile (IT) +393204516210<br></div></div>
</div>