<p dir="ltr">Dear OME users,</p>
<p dir="ltr">Sorry if I double posted this.</p>
<p dir="ltr">I am trying to write a IJ macro to organize several stacks taken by prairie 2 photon microscope in a format nice for the stitching plugin to process</p>
<p dir="ltr">I am having serious problems with the IJ macro external commands Ext.getPlanePositionX, Y and Z. I can't get them to work.</p>
<p dir="ltr">I wrote (just to set up the concept, it will be a part of a longer macro):</p>
<p dir="ltr">id = File.openDialog("Choose a file");<br>
run("Bio-Formats Macro Extensions") <br>
run("Bio-Formats Importer", "open=[" + id + "] color_mode=Default open_all_series view=[Standard ImageJ] stack_order=Default"); <br>
Ext.setId(id);<br>
Ext.getImageCount(imageCount);<br>
positionX = newArray(imageCount);<br>
positionY = newArray(imageCount);<br>
positionZ = newArray(imageCount);<br>
for (no=0; no<imageCount; no++) {<br>
  Ext.getPlanePositionX(positionX[no], no);<br>
  Ext.getPlanePositionY(positionY[no], no);<br>
  Ext.getPlanePositionZ(positionZ[no], no);<br>
}</p>
<p dir="ltr">ideally I would like to print the data to a tile configuration file (CSV).</p>
<p dir="ltr">I am getting this error:</p>
<p dir="ltr">')' expected in line ...<br>
Ext.getPlanePositionX( <positionX> [no], no);</p>
<p dir="ltr">this should work similarly to <a href="https://github.com/openmicroscopy/bioformats/blob/v5.1.1/components/bio-formats-plugins/utils/macros/planeTimings.txt">https://github.com/openmicroscopy/bioformats/blob/v5.1.1/components/bio-formats-plugins/utils/macros/planeTimings.txt</a>, but it complains about positionX....</p>
<p dir="ltr">Maybe I am doing something very stupid, but please can anybody help me? I am getting mad....</p>
<p dir="ltr">Thank you in advance for your time and kind regards.</p>
<p dir="ltr">Antonio </p>