<p dir="ltr">Hi Roger,</p>
<p dir="ltr">The ImageJ plugin does apply color tables from the reader to the images; see ImageProcessorReader.</p>
<p dir="ltr">I think the question is more: does that Channel Color property in the OME-XML get transformed into an 8-bit color table in the relevant Bio-Formats readers? When I checked the code last night I could not find any such logic, but may have missed it.</p>
<p dir="ltr">Regards,<br>
Curtis</p>
<div class="gmail_quote">On Apr 29, 2015 4:12 AM, "Roger Leigh" <<a href="mailto:rleigh@dundee.ac.uk">rleigh@dundee.ac.uk</a>> wrote:<br type="attribution"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">On 29/04/15 05:18, Dmitry Fedorov wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Hi Roger,<br>
<br>
Thank you, the Color property is exactly what I needed! Somehow I missed<br>
that and I would never have guessed the encoding:) This was super<br>
helpful! Do you know if bioformats, in ImageJ for example, would pickup<br>
the stored lookup table and use it for visualization?<br>
</blockquote>
<br>
Looking at the code in<br>
  components/bio-formats-plugins/src/loci/plugins/in/ImportProcess.java<br>
it does get an 8-bit LUT, but then doesn't do anything with it, so it<br>
looks like support on import into ImageJ is unfortunately incomplete at<br>
present, limited to channel colour only.<br>
<br>
We do have a ticket for improving this here<br>
  <a href="https://trac.openmicroscopy.org/ome/ticket/12168" target="_blank">https://trac.openmicroscopy.org/ome/ticket/12168</a><br>
as part of the model and code changes needed to improve support for<br>
rendering.<br>
<br>
<br>
Regards,<br>
Roger<br>
<br>
--<br>
Dr Roger Leigh -- Open Microscopy Environment<br>
Wellcome Trust Centre for Gene Regulation and Expression,<br>
College of Life Sciences, University of Dundee, Dow Street,<br>
Dundee DD1 5EH Scotland UK   Tel: (01382) 386364<br>
<br>
The University of Dundee is a registered Scottish Charity, No: SC015096<br>
_______________________________________________<br>
ome-users mailing list<br>
<a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk" target="_blank">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a><br>
<a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users" target="_blank">http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users</a><br>
</blockquote></div>