<div dir="ltr"><div>If you save/convert the PALM file to an .lsm5 in ZEN, you should be able to open it with Bioformats.<br><br></div>-Doug<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Apr 21, 2015 at 10:17 AM, Melissa Linkert <span dir="ltr"><<a href="mailto:melissa@glencoesoftware.com" target="_blank">melissa@glencoesoftware.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Kathrin,<br>
<span class=""><br>
> Last week I tried to open 3D PALM/STORM images that I recorded in ZEN Black with a Zeiss ELYRA microscope in Icy, but the images are not being loaded in the correct way. I end up with a black image in the viewer, whilst I am expecting a Z-stack through a cell.<br>
><br>
> I have already contacted the Icy support team about this, but they told me that it is a problem with the Bio-Formats plugin. I assume this relatively new image format might just not be supported yet?<br>
><br>
> I saved the files in the .czi format. Normally .czi files seem to open okay in Icy. I have also tried to open SIM files in the past and it was no problem.<br>
> It would be great if you could let me know if there is a way to open this file type in Icy or Fiji.<br>
><br>
> I will also upload a couple of example files onto your QA system.<br>
<br>
</span>Thank you very much for reporting this problem, and for uploading sample<br>
files.  We are aware of issues with opening PALM data from the Elyra<br>
systems, and there is an open ticket for this on our issue tracking<br>
system:<br>
<br>
<a href="http://trac.openmicroscopy.org/ome/ticket/12469" target="_blank">http://trac.openmicroscopy.org/ome/ticket/12469</a><br>
<br>
There unfortunately isn't a workaround at the moment, but we will update<br>
the ticket as we make progress on fixing this.  If you would like to be<br>
automatically notified of updates, please let us know and we'll CC you.<br>
<br>
Regards,<br>
-Melissa<br>
<div><div class="h5"><br>
On Tue, Apr 21, 2015 at 12:05:08PM +0000, Scherer, Kathrin wrote:<br>
> Hi,<br>
><br>
> Last week I tried to open 3D PALM/STORM images that I recorded in ZEN Black with a Zeiss ELYRA microscope in Icy, but the images are not being loaded in the correct way. I end up with a black image in the viewer, whilst I am expecting a Z-stack through a cell.<br>
><br>
> I have already contacted the Icy support team about this, but they told me that it is a problem with the Bio-Formats plugin. I assume this relatively new image format might just not be supported yet?<br>
><br>
> I saved the files in the .czi format. Normally .czi files seem to open okay in Icy. I have also tried to open SIM files in the past and it was no problem.<br>
> It would be great if you could let me know if there is a way to open this file type in Icy or Fiji.<br>
><br>
> I will also upload a couple of example files onto your QA system.<br>
><br>
> Many thanks,<br>
><br>
> Kathrin<br>
><br>
> Kathrin Scherer PhD BSc<br>
> Light Microscopy Officer<br>
><br>
> Room 2.10<br>
> MRC Laboratory for Molecular Cell Biology (LMCB)<br>
> University College London<br>
> Gower Street<br>
> London, WC1E 6BT<br>
><br>
><br>
><br>
><br>
<br>
</div></div>> _______________________________________________<br>
> ome-users mailing list<br>
> <a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a><br>
> <a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users" target="_blank">http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users</a><br>
<br>
_______________________________________________<br>
ome-users mailing list<br>
<a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk">ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk</a><br>
<a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users" target="_blank">http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users</a><br>
</blockquote></div><br></div>