<div dir="ltr"><div><div><div><div>Hi all,<br><br>>Can you briefly tell me what I need to do exactly in Fiji to be able to read my file with the solution.<br><br>>For Fiji, it's a bit more annoying because you first have to remove all the existing files related to bioformats before doing this. <br><br></div>Note that Roger's instructions only apply to testing Fiji/ImageJ with unmerged branches. Once <a href="https://github.com/openmicroscopy/bioformats/pull/1724">https://github.com/openmicroscopy/bioformats/pull/1724</a> is merged, all you need to do is enable the Bio-Formats update site (<a href="http://imagej.net/How_to_follow_a_3rd_party_update_site">http://imagej.net/How_to_follow_a_3rd_party_update_site</a>) which is synchronized with the develop branch (<a href="https://github.com/openmicroscopy/bioformats">https://github.com/openmicroscopy/bioformats</a>). You would not need to manually modify any .jars, and should not need to wait for a 5.1.1 release to test this fix.<br><br></div>But note that even with this patch on the Bio-Formats update site, using a non-release version of Bio-Formats gives up reproducibility (<a href="http://imagej.net/Architecture#Reproducible_builds">http://imagej.net/Architecture#Reproducible_builds</a>) and should only be used for testing - as Roger suggested.<br><br></div>Best,<br></div>Mark<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Apr 14, 2015 at 3:57 AM, Roger Leigh <span dir="ltr"><<a href="mailto:rleigh@dundee.ac.uk" target="_blank">rleigh@dundee.ac.uk</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><span class="">On 13/04/15 19:54, Mai Tran wrote:<br>
</span><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Hi Roger,<br>
<br><span class="">
I'm new to using Fiji and coding. Can you briefly tell me what I need to<br>
do exactly in Fiji to be able to read my file with the solution. My<br>
guess is I need to append the provided code into my current Bioformat<br>
plugins but I don't know how to access the Bioformat code in window8.<br>
</span></blockquote>
<br>
You can obtain the current build with this change merged in here:<br>
<br>
<br>
<a href="https://ci.openmicroscopy.org/job/BIOFORMATS-5.1-merge-build/lastSuccessfulBuild/artifact/artifacts/" target="_blank">https://ci.openmicroscopy.org/<u></u>job/BIOFORMATS-5.1-merge-<u></u>build/lastSuccessfulBuild/<u></u>artifact/artifacts/</a><br>
<br>
For plain ImageJ, you can use either loci_tools.jar or<br>
bioformats_package.jar; just download and copy to the plugins directory<br>
and restart ImageJ.<br>
(<a href="http://www.openmicroscopy.org/site/support/bio-formats5.1/users/imagej/#upgrading" target="_blank">http://www.openmicroscopy.<u></u>org/site/support/bio-formats5.<u></u>1/users/imagej/#upgrading</a>)<br>
<br>
For Fiji, it's a bit more annoying because you first have to remove all<br>
the existing files related to bioformats before doing this.  See<br>
<br>
<br>
<a href="https://github.com/bramalingam/bioformats/blob/Doc_Fiji_BFUpdate/docs/sphinx/users/fiji/index.txt" target="_blank">https://github.com/<u></u>bramalingam/bioformats/blob/<u></u>Doc_Fiji_BFUpdate/docs/sphinx/<u></u>users/fiji/index.txt</a><br>
<br>
for some proposed instructions for doing this (it assumes the version is<br>
5.0.7; just replace this with the version Fiji is currently using).<br>
<br>
You might find it easier, for testing purposes, to use plain ImageJ<br>
though.  When 5.1.1 is released, it should be updated in Fiji shortly after.<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
<br>
<br>
Kind regards,<br>
Roger<br>
<br>
--<br>
Dr Roger Leigh -- Open Microscopy Environment<br>
Wellcome Trust Centre for Gene Regulation and Expression,<br>
College of Life Sciences, University of Dundee, Dow Street,<br>
Dundee DD1 5EH Scotland UK   Tel: (01382) 386364<br>
<br>
The University of Dundee is a registered Scottish Charity, No: SC015096<br>
______________________________<u></u>_________________<br>
ome-users mailing list<br>
<a href="mailto:ome-users@lists.openmicroscopy.org.uk" target="_blank">ome-users@lists.<u></u>openmicroscopy.org.uk</a><br>
<a href="http://lists.openmicroscopy.org.uk/mailman/listinfo/ome-users" target="_blank">http://lists.openmicroscopy.<u></u>org.uk/mailman/listinfo/ome-<u></u>users</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div>